44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1383 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_2294  exodeoxyribonuclease VIII  47.56 
 
 		 866 aa  683    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000104441  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2022  exodeoxyribonuclease 8  96.09 
 
 		 368 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1078  gifsy-1 prophage RecE  58.13 
 
 		 1062 aa  860    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.673362  decreased coverage  0.00000173114 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1383  exonuclease VIII  100 
 
 		 896 aa  1863    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000167765 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2028  exodeoxyribonuclease 8  96.72 
 
 		 315 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.732924  normal  0.0551147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1433  exodeoxyribonuclease 8  96.07 
 
 		 315 aa  549  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0736689  normal  0.285326 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01337  hypothetical protein  87.55 
 
 		 276 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2083  rac prophage; exonuclease VIII, 5' -> 3' specific dsdna exonuclease  93.95 
 
 		 217 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.182666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1822  exonuclease family protein  33.88 
 
 		 771 aa  282  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267479  hitchhiker  0.0000000000000385953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3177  exonuclease family protein  33.88 
 
 		 814 aa  282  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000796892  hitchhiker  0.00000000000000114787 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2289  gifsy-1 prophage RecE  42.46 
 
 		 975 aa  237  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.164176 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1046  gifsy-1 prophage RecE  42.74 
 
 		 961 aa  237  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.74306  decreased coverage  0.00000020097 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2842  gifsy-1 prophage RecE  42.46 
 
 		 975 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377327  normal  0.0706472 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1152  exonuclease family protein  32.26 
 
 		 813 aa  196  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000192952  hitchhiker  2.23987e-16 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1850  exonuclease VIII, 5' -> 3' specific dsDNA exonuclease  37.36 
 
 		 270 aa  137  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0122914  hitchhiker  0.0000001977 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5358  hypothetical protein  27.82 
 
 		 331 aa  89.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0659794 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2267  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.92 
 
 		 834 aa  83.6  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00156112  unclonable  0.00000492559 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4312  hypothetical protein  26.48 
 
 		 341 aa  83.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1188  hypothetical protein  26.56 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0597786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1536  hypothetical protein  27.2 
 
 		 315 aa  76.6  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0110516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5046  hypothetical protein  27.2 
 
 		 315 aa  76.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0598107  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5087  hypothetical protein  25.98 
 
 		 301 aa  73.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.277852 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0214  hypothetical protein  29.2 
 
 		 307 aa  73.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1416  exonuclease family protein  27.16 
 
 		 823 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2281  hypothetical protein  25.44 
 
 		 282 aa  60.5  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.242274 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2815  exonuclease family protein  35.29 
 
 		 823 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00747401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1139  exonuclease family protein  35.29 
 
 		 823 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.53396 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2054  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.63 
 
 		 825 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0160649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6908  hypothetical protein  35.25 
 
 		 206 aa  55.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.204627  normal  0.59164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1784  exonuclease family protein  36.63 
 
 		 825 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.982095  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2253  hypothetical protein  23.75 
 
 		 688 aa  55.5  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000180404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1427  exonuclease family protein  37.62 
 
 		 823 aa  54.3  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000107129  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1745  exonuclease family protein  36.27 
 
 		 823 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000113116  decreased coverage  0.0000795102 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0978  hypothetical protein  25.7 
 
 		 288 aa  53.9  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0700517  hitchhiker  0.00000000101699 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1133  hypothetical protein  39.5 
 
 		 754 aa  53.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.299719  hitchhiker  1.5018600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4076  hypothetical protein  29.49 
 
 		 318 aa  53.5  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.59721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2490  hypothetical protein  25.18 
 
 		 294 aa  52.4  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.213338  normal  0.320962 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1251  exonuclease family protein  35.64 
 
 		 510 aa  52.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0667  hypothetical protein  26.67 
 
 		 311 aa  48.5  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.570382 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2284  exonuclease family protein  34.65 
 
 		 376 aa  48.1  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0506505  hitchhiker  9.41038e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2287  exonuclease family protein  28.76 
 
 		 460 aa  47.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.118532  hitchhiker  0.00000000000465845 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4221  hypothetical protein  25.32 
 
 		 420 aa  47  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.723086 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5093  hypothetical protein  27.27 
 
 		 320 aa  46.6  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2506  hypothetical protein  26.24 
 
 		 358 aa  45.1  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.955687  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>