29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1078 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A1383  exonuclease VIII  58.13 
 
 		 896 aa  855    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000167765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1078  gifsy-1 prophage RecE  100 
 
 		 1062 aa  2201    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.673362  decreased coverage  0.00000173114 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2289  gifsy-1 prophage RecE  93.18 
 
 		 975 aa  1155    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.164176 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1046  gifsy-1 prophage RecE  90.42 
 
 		 961 aa  1112    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.74306  decreased coverage  0.00000020097 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2842  gifsy-1 prophage RecE  93.18 
 
 		 975 aa  1155    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377327  normal  0.0706472 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2022  exodeoxyribonuclease 8  50.58 
 
 		 368 aa  299  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2083  rac prophage; exonuclease VIII, 5' -> 3' specific dsdna exonuclease  66.2 
 
 		 217 aa  267  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.182666  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2294  exodeoxyribonuclease VIII  31.21 
 
 		 866 aa  236  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000104441  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1822  exonuclease family protein  32.05 
 
 		 771 aa  199  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267479  hitchhiker  0.0000000000000385953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3177  exonuclease family protein  31.5 
 
 		 814 aa  198  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000796892  hitchhiker  0.00000000000000114787 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2028  exodeoxyribonuclease 8  37.64 
 
 		 315 aa  198  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.732924  normal  0.0551147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1433  exodeoxyribonuclease 8  37.64 
 
 		 315 aa  197  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0736689  normal  0.285326 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2267  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.21 
 
 		 834 aa  150  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00156112  unclonable  0.00000492559 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1152  exonuclease family protein  26.85 
 
 		 813 aa  122  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000192952  hitchhiker  2.23987e-16 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1133  hypothetical protein  61.02 
 
 		 754 aa  72.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.299719  hitchhiker  1.5018600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2815  exonuclease family protein  27.52 
 
 		 823 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00747401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1139  exonuclease family protein  36.27 
 
 		 823 aa  63.5  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.53396 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1784  exonuclease family protein  27.44 
 
 		 825 aa  61.6  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.982095  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1427  exonuclease family protein  27.91 
 
 		 823 aa  60.8  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000107129  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1850  exonuclease VIII, 5' -> 3' specific dsDNA exonuclease  30.38 
 
 		 270 aa  60.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0122914  hitchhiker  0.0000001977 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2054  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.73 
 
 		 825 aa  59.7  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0160649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1745  exonuclease family protein  37.25 
 
 		 823 aa  57  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000113116  decreased coverage  0.0000795102 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1251  exonuclease family protein  36.63 
 
 		 510 aa  55.1  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2281  hypothetical protein  30.43 
 
 		 282 aa  55.1  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.242274 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2253  hypothetical protein  24.15 
 
 		 688 aa  55.1  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000180404  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2284  exonuclease family protein  26.51 
 
 		 376 aa  52.8  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0506505  hitchhiker  9.41038e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01337  hypothetical protein  37.18 
 
 		 276 aa  52  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1416  exonuclease family protein  77.78 
 
 		 823 aa  48.5  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2287  exonuclease family protein  74.07 
 
 		 460 aa  47.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.118532  hitchhiker  0.00000000000465845 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>