38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_2054 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_1745  exonuclease family protein  91.38 
 
 		 823 aa  1565    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000113116  decreased coverage  0.0000795102 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2284  exonuclease family protein  91.48 
 
 		 376 aa  691    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0506505  hitchhiker  9.41038e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2287  exonuclease family protein  87.61 
 
 		 460 aa  842    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.118532  hitchhiker  0.00000000000465845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2815  exonuclease family protein  84.22 
 
 		 823 aa  1438    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00747401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1427  exonuclease family protein  97.09 
 
 		 823 aa  1667    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000107129  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1152  exonuclease family protein  71.28 
 
 		 813 aa  788    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000192952  hitchhiker  2.23987e-16 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2054  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 825 aa  1721    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0160649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3177  exonuclease family protein  64.09 
 
 		 814 aa  667    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000796892  hitchhiker  0.00000000000000114787 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1784  exonuclease family protein  95.53 
 
 		 825 aa  1616    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.982095  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1416  exonuclease family protein  92.72 
 
 		 823 aa  1589    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1251  exonuclease family protein  87.89 
 
 		 510 aa  930    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1139  exonuclease family protein  84.22 
 
 		 823 aa  1438    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.53396 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1822  exonuclease family protein  59.68 
 
 		 771 aa  535  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267479  hitchhiker  0.0000000000000385953 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1250  exonuclease family protein  88.58 
 
 		 255 aa  465  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0693294  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01545  predicted protein  98.8 
 
 		 168 aa  345  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000845259  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01537  hypothetical protein  99.39 
 
 		 165 aa  344  4e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000664873  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1505  exodeoxyribonuclease VIII  100 
 
 		 114 aa  240  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.313387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2299  endodeoxyribonuclease  57.22 
 
 		 189 aa  223  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0895049  hitchhiker  6.23741e-18 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2294  exodeoxyribonuclease VIII  39.07 
 
 		 866 aa  211  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000104441  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1007  exodeoxyribonuclease VIII  97 
 
 		 101 aa  210  9e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257845  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2267  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  53.19 
 
 		 834 aa  201  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00156112  unclonable  0.00000492559 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2806  endodeoxyribonuclease  47.51 
 
 		 189 aa  169  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2743  endodeoxyribonuclease  41.52 
 
 		 186 aa  150  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628227  hitchhiker  0.000774224 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00846  Endodeoxyribonuclease  43.72 
 
 		 194 aa  148  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.343412  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2635  hypothetical protein  41.3 
 
 		 192 aa  139  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0288656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3408  endodeoxyribonuclease  38.51 
 
 		 188 aa  127  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000363386  decreased coverage  0.000737222 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1133  hypothetical protein  30.27 
 
 		 754 aa  108  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.299719  hitchhiker  1.5018600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2289  gifsy-1 prophage RecE  24.94 
 
 		 975 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.164176 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2842  gifsy-1 prophage RecE  24.94 
 
 		 975 aa  74.7  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377327  normal  0.0706472 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0669  exonuclease  30.99 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1046  gifsy-1 prophage RecE  27.67 
 
 		 961 aa  65.1  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.74306  decreased coverage  0.00000020097 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2253  hypothetical protein  39.81 
 
 		 688 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000180404  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1078  gifsy-1 prophage RecE  26.73 
 
 		 1062 aa  59.7  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.673362  decreased coverage  0.00000173114 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5533  endodeoxyribonuclease  80.65 
 
 		 38 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1383  exonuclease VIII  36.63 
 
 		 896 aa  56.6  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000167765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1433  exodeoxyribonuclease 8  76.92 
 
 		 315 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0736689  normal  0.285326 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2083  rac prophage; exonuclease VIII, 5' -> 3' specific dsdna exonuclease  73.08 
 
 		 217 aa  45.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.182666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2028  exodeoxyribonuclease 8  73.08 
 
 		 315 aa  45.4  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.732924  normal  0.0551147 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>