More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2383 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2383  ABC transporter component  100 
 
 
333 aa  648    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.302389  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4537  ABC transporter related  63.11 
 
 
312 aa  381  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67365  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4639  ABC transporter related  61.04 
 
 
312 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.493735  normal  0.263146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5061  ABC transporter related  62.78 
 
 
312 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0223  ABC transporter, ATP-binding protein  60.39 
 
 
312 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0214  ABC transporter, ATP-binding protein  60.39 
 
 
312 aa  375  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2380  ABC transporter, ATP-binding protein  60.84 
 
 
312 aa  371  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.850605  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0297  ABC transporter related  60.06 
 
 
312 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0497  ABC proline/glycine betaine transporter, ATPase subunit  61.49 
 
 
312 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.975936  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1993  amine ABC transporter, ATP-binding protein  60.19 
 
 
312 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.780492  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1140  ABC transporter, ATP-binding protein  59.87 
 
 
312 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0408912  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0239  amine ABC transporter, ATP-binding protein  59.87 
 
 
312 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.46205  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2132  ABC transporter, ATP-binding protein  59.87 
 
 
312 aa  364  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0920  amine ABC transporter, ATP-binding protein  59.87 
 
 
312 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1974  amine ABC transporter, ATP-binding protein  59.87 
 
 
312 aa  364  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1580  amine ABC transporter, ATP-binding protein  59.87 
 
 
312 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3511  ABC transporter related  61.49 
 
 
312 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0143  ABC transporter related  56.09 
 
 
314 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0149  ABC transporter related  56.41 
 
 
314 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5139  ABC transporter related  60.19 
 
 
317 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192374  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3224  ABC transporter related  60.19 
 
 
317 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5143  ABC transporter related  60.19 
 
 
317 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310364  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4888  ABC transporter related  59.67 
 
 
310 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359774  hitchhiker  0.00773492 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2945  ABC transporter related  46.02 
 
 
354 aa  285  8e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00675888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3117  ABC transporter related  51.16 
 
 
312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0287879  normal  0.0491103 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1154  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  46.01 
 
 
318 aa  282  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1447  ABC transporter-related protein  47.88 
 
 
311 aa  277  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.908489  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02059  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  46.6 
 
 
308 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02017  hypothetical protein  46.6 
 
 
308 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1518  ABC transporter related  46.6 
 
 
308 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.961531  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0844  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, ATP-binding protein  46.6 
 
 
308 aa  273  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0915  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  46.6 
 
 
308 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.530478 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3254  ABC transporter, quaternary amine uptake (QAT) family, ATP-binding protein  46.6 
 
 
308 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000625793 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1528  ABC transporter related protein  46.28 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.917455  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1856  ABC transporter related  45.75 
 
 
310 aa  272  6e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.500244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2418  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  45.95 
 
 
308 aa  271  9e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2264  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  46.28 
 
 
308 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2981  ABC transporter related  46.62 
 
 
317 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0577  ABC transporter related  47.42 
 
 
334 aa  267  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00000339076  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0985  ABC transporter related  47.13 
 
 
321 aa  267  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.997708  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0478  ABC transporter related  50 
 
 
333 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201964  hitchhiker  0.00297277 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2728  ABC transporter related  47.4 
 
 
316 aa  265  5.999999999999999e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3624  ABC transporter related  47.12 
 
 
314 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7553  ABC glycine betaine/L-proline transporter, ATPase subunit  48.04 
 
 
391 aa  265  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.588989 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1329  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  46.43 
 
 
312 aa  265  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.371543  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2863  ABC transporter related  46.43 
 
 
312 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.466149  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2784  quaternary amine ABC transporter ATP-binding protein  46.43 
 
 
312 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1620  ABC transporter related  56.16 
 
 
317 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.290952  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37600  ABC-type proline/glycine betaine transport system, ATPase component  49.67 
 
 
353 aa  261  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6584  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.39 
 
 
392 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00553818  normal  0.0117418 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6102  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  47.39 
 
 
392 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0172  ABC transporter related  51.9 
 
 
310 aa  259  4e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.319596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2137  ABC transporter related  47.08 
 
 
312 aa  258  8e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.811751 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2992  ABC glycine betaine/L-proline transporter, ATPase subunit  45.75 
 
 
400 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18440  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  41.42 
 
 
377 aa  258  8e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00065366  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2352  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  44.63 
 
 
315 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2401  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  44.63 
 
 
315 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.584641  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2308  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  44.63 
 
 
315 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0351  ABC transporter related  44 
 
 
324 aa  258  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0304446  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2509  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  44.63 
 
 
315 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.280806  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2397  glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein opuCA  44.3 
 
 
315 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0912  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.55 
 
 
385 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0909  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.55 
 
 
335 aa  257  3e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0150426 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4291  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  46.06 
 
 
351 aa  256  5e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.603453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0868  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.55 
 
 
385 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.429182  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0898  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.55 
 
 
385 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706016  normal  0.516388 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2530  ABC transporter related  47.42 
 
 
326 aa  255  9e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.484579  hitchhiker  0.00171141 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3565  ABC transporter related  43.99 
 
 
333 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.230396 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1033  ABC transporter related protein  49.14 
 
 
322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.117975 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1352  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  52 
 
 
369 aa  253  5.000000000000001e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.739461  normal  0.456479 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1815  ABC transporter related  48.39 
 
 
326 aa  252  6e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0121521 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4310  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  43.56 
 
 
385 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944105  normal  0.26992 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1921  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  42.19 
 
 
382 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2668  ABC transporter related  50.16 
 
 
346 aa  250  2e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.194568  normal  0.0593639 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1622  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  40.72 
 
 
398 aa  251  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1201  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  39.94 
 
 
370 aa  250  3e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5180  glycine betaine/L-proline ABC transporter ATPase subunit  51.88 
 
 
392 aa  249  4e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.860702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4962  ABC transporter related  45.18 
 
 
328 aa  249  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal  0.20317 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2523  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  41.8 
 
 
408 aa  249  6e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0108992  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2475  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  41.8 
 
 
408 aa  249  6e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00846223  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00640  glycine betaine/L-proline transport ATP binding subunit  51.38 
 
 
386 aa  248  1e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.253633  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2051  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  50.74 
 
 
370 aa  248  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0546  ABC transporter related  49.68 
 
 
368 aa  247  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0136652  normal  0.294941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4575  glycine betaine/choline OpuC ABC transporter, ATP-binding protein  44.55 
 
 
385 aa  247  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449322  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4151  ABC transporter related protein  44.62 
 
 
389 aa  246  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1635  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  41.39 
 
 
397 aa  247  3e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.839045 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4249  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  44.55 
 
 
388 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2493  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  44.92 
 
 
388 aa  246  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.957361  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1593  choline transport ATP-binding protein opuBA  42.19 
 
 
382 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.108629 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1602  choline transport ATP-binding protein opuBA  42.19 
 
 
382 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.844336  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1681  choline transport ATP-binding protein opuBA  42.19 
 
 
382 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.413883  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0244  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.32 
 
 
381 aa  246  4.9999999999999997e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1848  choline transport ATP-binding protein opuBA  42.19 
 
 
382 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.607667  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1661  choline transport ATP-binding protein OpuBA  42.19 
 
 
382 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0622  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  48.49 
 
 
394 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0803  glycine betaine/L-proline transport ATP-binding subunit  44.22 
 
 
386 aa  245  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0426806  normal  0.439463 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4726  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  46.84 
 
 
364 aa  245  6.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.631244  hitchhiker  0.000147167 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1175  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  42.77 
 
 
375 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2099  glycine betaine/L-proline ABC transporter, ATPase subunit  44.68 
 
 
321 aa  245  9e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.158223  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0186  ABC transporter related  47.11 
 
 
256 aa  244  9.999999999999999e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>