81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4059 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4732  nitrous-oxide reductase  51.09 
 
 
617 aa  639    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0664  nitrous-oxide reductase  71.34 
 
 
652 aa  932    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4059  nitrous-oxide reductase  100 
 
 
649 aa  1355    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00566192  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1483  nitrous-oxide reductase  81.67 
 
 
644 aa  1073    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.150565 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2564  nitrous-oxide reductase  51.73 
 
 
628 aa  638    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164032  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1060  nitrous-oxide reductase  81.46 
 
 
645 aa  1074    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.620388  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1368  nitrous-oxide reductase  93.53 
 
 
646 aa  1266    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3400  nitrous-oxide reductase  51.97 
 
 
628 aa  645    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206231  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2115  nitrous-oxide reductase  64.88 
 
 
655 aa  868    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2060  nitrous-oxide reductase  64.05 
 
 
693 aa  866    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840269  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4171  nitrous-oxide reductase  100 
 
 
649 aa  1355    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1139  nitrous-oxide reductase  81.77 
 
 
646 aa  1084    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.494075 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4917  nitrous-oxide reductase  89.35 
 
 
646 aa  1196    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0125108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2219  nitrous-oxide reductase  50.76 
 
 
628 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000181055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3199  nitrous-oxide reductase  68.5 
 
 
650 aa  900    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.324425  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2325  nitrous-oxide reductase  64.64 
 
 
690 aa  867    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0995  nitrous-oxide reductase  64.39 
 
 
660 aa  867    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.599003  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1389  nitrous-oxide reductase  67.64 
 
 
646 aa  919    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2255  nitrous-oxide reductase  64.39 
 
 
691 aa  868    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20200  nitrous-oxide reductase  50.08 
 
 
636 aa  633  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.89249 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3078  nitrous-oxide reductase  54.08 
 
 
631 aa  630  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1738  nitrous-oxide reductase  51.83 
 
 
636 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1074  nitrous-oxide reductase  48.62 
 
 
640 aa  619  1e-176  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.198434  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1428  nitrous-oxide reductase  49.77 
 
 
630 aa  620  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0428  nitrous-oxide reductase  49.28 
 
 
649 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6008  nitrous-oxide reductase  50.17 
 
 
639 aa  567  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180938  normal  0.0225703 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3319  nitrous-oxide reductase  48.74 
 
 
644 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0698213  normal  0.2184 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0275  nitrous-oxide reductase  50 
 
 
639 aa  564  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.275953  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2861  nitrous-oxide reductase  47.99 
 
 
645 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.7379  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3142  nitrous-oxide reductase  48.48 
 
 
648 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0251  nitrous-oxide reductase  49.83 
 
 
639 aa  561  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4346  nitrous-oxide reductase  49.33 
 
 
638 aa  561  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0394445  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2351  nitrous-oxide reductase  46.81 
 
 
645 aa  555  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4219  nitrous-oxide reductase  47.51 
 
 
652 aa  547  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522351  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3194  nitrous-oxide reductase  45.09 
 
 
647 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1165  nitrous-oxide reductase  41.56 
 
 
699 aa  497  1e-139  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.804263  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0209  Nitrous-oxide reductase  38.08 
 
 
632 aa  352  8.999999999999999e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1803  nitrous-oxide reductase  34.17 
 
 
648 aa  335  2e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.625051  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1461  Nitrous-oxide reductase  35.6 
 
 
620 aa  324  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1556  Nitrous-oxide reductase  35.93 
 
 
620 aa  323  5e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.298548  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2012  Nitrous-oxide reductase  33.14 
 
 
663 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0244  nitrous-oxide reductase  35.03 
 
 
647 aa  320  5e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.677359  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2402  nitrous-oxide reductase  35.93 
 
 
620 aa  317  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00162507  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0010  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.48 
 
 
863 aa  290  5.0000000000000004e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0271061  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1729  methyl-accepting chemotaxis protein  33.83 
 
 
862 aa  290  5.0000000000000004e-77  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.371209  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0440  nitrous-oxide reductase  34.36 
 
 
864 aa  288  2e-76  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.136119  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0693  Nitrous-oxide reductase  31.78 
 
 
658 aa  281  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.112553  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1770  nitrous-oxide reductase NosZ  31.2 
 
 
864 aa  281  3e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1298  nitrous-oxide reductase  33.77 
 
 
865 aa  276  1.0000000000000001e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000502464  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1575  cytochrome c oxidase, subunit II  33.66 
 
 
760 aa  267  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1571  cytochrome c oxidase, subunit II  33.66 
 
 
760 aa  267  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.915615 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1928  nitrous-oxide reductase  30.71 
 
 
673 aa  258  2e-67  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0464  cytochrome c oxidase subunit II  32.63 
 
 
266 aa  60.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2385  cytochrome c oxidase subunit II  31.09 
 
 
156 aa  58.5  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2967  cytochrome c oxidase subunit II  35.23 
 
 
162 aa  56.2  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000376263 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1574  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 
168 aa  54.3  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226069  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1826  cytochrome c oxidase subunit II  32.29 
 
 
160 aa  52.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00813215  normal  0.126007 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1899  cytochrome c oxidase subunit II  26.89 
 
 
156 aa  51.6  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.71816  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2021  cytochrome c oxidase subunit II  31.76 
 
 
160 aa  50.8  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.388315  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0933  cytochrome c oxidase, subunit II  29.55 
 
 
168 aa  50.8  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  31.71 
 
 
367 aa  50.8  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  30.53 
 
 
359 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  30.49 
 
 
370 aa  49.7  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  28.24 
 
 
321 aa  48.1  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1565  cytochrome c oxidase subunit II  26.61 
 
 
155 aa  48.1  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  30.49 
 
 
314 aa  47.8  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  30 
 
 
311 aa  46.6  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0884  cytochrome c oxidase, subunit II  32.47 
 
 
120 aa  47  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555731  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  31.51 
 
 
389 aa  46.2  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.85 
 
 
316 aa  46.2  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3802  cytochrome c oxidase subunit II  28.95 
 
 
262 aa  45.8  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  29.33 
 
 
342 aa  46.2  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0599  cytochrome c oxidase subunit II  34.78 
 
 
124 aa  45.8  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.632482 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  35.71 
 
 
302 aa  45.4  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06421  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  30.38 
 
 
274 aa  45.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0878998 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0446  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  29.27 
 
 
324 aa  44.7  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  27.78 
 
 
362 aa  44.7  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2641  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 
321 aa  45.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.398022  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  29.87 
 
 
316 aa  44.7  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  26.32 
 
 
362 aa  43.9  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  26.32 
 
 
362 aa  43.9  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>