84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6008 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009504  BOV_A0251  nitrous-oxide reductase  71.76 
 
 
639 aa  978    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3078  nitrous-oxide reductase  63.48 
 
 
631 aa  796    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1428  nitrous-oxide reductase  61.55 
 
 
630 aa  796    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4219  nitrous-oxide reductase  62.6 
 
 
652 aa  813    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522351  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20200  nitrous-oxide reductase  58.83 
 
 
636 aa  787    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.89249 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1074  nitrous-oxide reductase  61.73 
 
 
640 aa  785    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.198434  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3400  nitrous-oxide reductase  63.53 
 
 
628 aa  804    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206231  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3319  nitrous-oxide reductase  67.01 
 
 
644 aa  836    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0698213  normal  0.2184 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2219  nitrous-oxide reductase  61.72 
 
 
628 aa  809    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000181055  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0428  nitrous-oxide reductase  75.73 
 
 
649 aa  1038    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3142  nitrous-oxide reductase  77 
 
 
648 aa  1038    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6008  nitrous-oxide reductase  100 
 
 
639 aa  1337    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180938  normal  0.0225703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1738  nitrous-oxide reductase  58.68 
 
 
636 aa  778    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4346  nitrous-oxide reductase  72.97 
 
 
638 aa  992    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0394445  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3194  nitrous-oxide reductase  63.39 
 
 
647 aa  797    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2861  nitrous-oxide reductase  73.68 
 
 
645 aa  1011    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.7379  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4732  nitrous-oxide reductase  60.38 
 
 
617 aa  790    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2351  nitrous-oxide reductase  74.19 
 
 
645 aa  1023    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2564  nitrous-oxide reductase  60.71 
 
 
628 aa  745    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164032  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0275  nitrous-oxide reductase  71.92 
 
 
639 aa  981    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.275953  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1389  nitrous-oxide reductase  49.77 
 
 
646 aa  624  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2325  nitrous-oxide reductase  47.65 
 
 
690 aa  599  1e-170  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2255  nitrous-oxide reductase  47.58 
 
 
691 aa  597  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3199  nitrous-oxide reductase  48.02 
 
 
650 aa  597  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.324425  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2115  nitrous-oxide reductase  50 
 
 
655 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2060  nitrous-oxide reductase  50 
 
 
693 aa  596  1e-169  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840269  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0995  nitrous-oxide reductase  49.83 
 
 
660 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.599003  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4171  nitrous-oxide reductase  50.17 
 
 
649 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4059  nitrous-oxide reductase  50.17 
 
 
649 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00566192  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1368  nitrous-oxide reductase  46.92 
 
 
646 aa  567  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1483  nitrous-oxide reductase  47.34 
 
 
644 aa  563  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.150565 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0664  nitrous-oxide reductase  47.6 
 
 
652 aa  559  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4917  nitrous-oxide reductase  47.42 
 
 
646 aa  561  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0125108 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1139  nitrous-oxide reductase  48.33 
 
 
646 aa  547  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.494075 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1060  nitrous-oxide reductase  48.33 
 
 
645 aa  545  1e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.620388  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1165  nitrous-oxide reductase  44.6 
 
 
699 aa  536  1e-151  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.804263  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0209  Nitrous-oxide reductase  39.67 
 
 
632 aa  397  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0244  nitrous-oxide reductase  37.05 
 
 
647 aa  358  1.9999999999999998e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.677359  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1803  nitrous-oxide reductase  34.21 
 
 
648 aa  355  2e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.625051  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1556  Nitrous-oxide reductase  36.32 
 
 
620 aa  352  1e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.298548  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1461  Nitrous-oxide reductase  35.99 
 
 
620 aa  350  5e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2402  nitrous-oxide reductase  35.5 
 
 
620 aa  348  2e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00162507  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2012  Nitrous-oxide reductase  31.77 
 
 
663 aa  325  2e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0693  Nitrous-oxide reductase  33.33 
 
 
658 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.112553  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1729  methyl-accepting chemotaxis protein  33.03 
 
 
862 aa  304  3.0000000000000004e-81  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.371209  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1298  nitrous-oxide reductase  32.96 
 
 
865 aa  303  8.000000000000001e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000502464  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0010  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.04 
 
 
863 aa  302  1e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0271061  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1770  nitrous-oxide reductase NosZ  31.84 
 
 
864 aa  300  4e-80  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0440  nitrous-oxide reductase  31.71 
 
 
864 aa  300  5e-80  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.136119  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1571  cytochrome c oxidase, subunit II  33.04 
 
 
760 aa  292  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.915615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1575  cytochrome c oxidase, subunit II  33.04 
 
 
760 aa  292  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1928  nitrous-oxide reductase  30.94 
 
 
673 aa  273  7e-72  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0464  cytochrome c oxidase subunit II  32.32 
 
 
266 aa  62  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0933  cytochrome c oxidase, subunit II  36.71 
 
 
168 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1899  cytochrome c oxidase subunit II  31.91 
 
 
156 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.71816  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1574  cytochrome c oxidase subunit II  35.44 
 
 
168 aa  57.4  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226069  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3802  cytochrome c oxidase subunit II  32.5 
 
 
262 aa  57  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1826  cytochrome c oxidase subunit II  27.62 
 
 
160 aa  56.2  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00813215  normal  0.126007 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2385  cytochrome c oxidase subunit II  32 
 
 
156 aa  55.5  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2967  cytochrome c oxidase subunit II  38.16 
 
 
162 aa  55.1  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000376263 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2021  cytochrome c oxidase subunit II  27.18 
 
 
160 aa  53.9  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.388315  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0599  cytochrome c oxidase subunit II  32.91 
 
 
124 aa  52.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.632482 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  32.98 
 
 
302 aa  51.2  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.08 
 
 
316 aa  49.7  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0320  cytochrome c oxidase, subunit II  36.84 
 
 
147 aa  49.7  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3756  cytochrome c oxidase subunit II  28.04 
 
 
300 aa  49.7  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1565  cytochrome c oxidase subunit II  41.07 
 
 
155 aa  48.9  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  35 
 
 
316 aa  48.9  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  32.26 
 
 
314 aa  47.8  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  30.43 
 
 
342 aa  47.8  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 
367 aa  47.8  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  29.17 
 
 
351 aa  47.4  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  28.16 
 
 
244 aa  46.6  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  29.09 
 
 
389 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3373  cytochrome c oxidase subunit II  33.75 
 
 
172 aa  45.8  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.208365  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  31.75 
 
 
370 aa  46.2  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  29.27 
 
 
350 aa  45.8  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  29.76 
 
 
311 aa  44.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  29.11 
 
 
330 aa  44.3  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  28.26 
 
 
359 aa  44.3  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0761  cytochrome c oxidase subunit II  35.38 
 
 
146 aa  43.9  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.254887  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2412  cytochrome c oxidase subunit II  27.66 
 
 
171 aa  43.9  0.009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  28.05 
 
 
350 aa  43.9  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  28.05 
 
 
350 aa  43.9  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>