62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4219 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4732  nitrous-oxide reductase  58.54 
 
 		 617 aa  747    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2564  nitrous-oxide reductase  57.66 
 
 		 628 aa  709    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164032  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2351  nitrous-oxide reductase  60.4 
 
 		 645 aa  820    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2861  nitrous-oxide reductase  62.97 
 
 		 645 aa  811    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.7379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3194  nitrous-oxide reductase  74.87 
 
 		 647 aa  961    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4346  nitrous-oxide reductase  64.69 
 
 		 638 aa  823    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0394445  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1738  nitrous-oxide reductase  57.47 
 
 		 636 aa  721    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0251  nitrous-oxide reductase  63.84 
 
 		 639 aa  805    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6008  nitrous-oxide reductase  63.15 
 
 		 639 aa  817    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180938  normal  0.0225703 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3319  nitrous-oxide reductase  80.58 
 
 		 644 aa  1016    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0698213  normal  0.2184 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3400  nitrous-oxide reductase  60.2 
 
 		 628 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3078  nitrous-oxide reductase  60.14 
 
 		 631 aa  721    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1428  nitrous-oxide reductase  61.47 
 
 		 630 aa  756    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4219  nitrous-oxide reductase  100 
 
 		 652 aa  1359    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20200  nitrous-oxide reductase  57.86 
 
 		 636 aa  730    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89249 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1074  nitrous-oxide reductase  59.69 
 
 		 640 aa  731    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.198434  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0275  nitrous-oxide reductase  64.01 
 
 		 639 aa  807    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.275953  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0428  nitrous-oxide reductase  61.31 
 
 		 649 aa  833    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2219  nitrous-oxide reductase  58.54 
 
 		 628 aa  760    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000181055  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3142  nitrous-oxide reductase  61.2 
 
 		 648 aa  825    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1389  nitrous-oxide reductase  46.82 
 
 		 646 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3199  nitrous-oxide reductase  47.37 
 
 		 650 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.324425  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2115  nitrous-oxide reductase  46.53 
 
 		 655 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2255  nitrous-oxide reductase  46.53 
 
 		 691 aa  555  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0995  nitrous-oxide reductase  46.37 
 
 		 660 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.599003  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1368  nitrous-oxide reductase  48.01 
 
 		 646 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2060  nitrous-oxide reductase  46.39 
 
 		 693 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840269  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2325  nitrous-oxide reductase  45.84 
 
 		 690 aa  551  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4917  nitrous-oxide reductase  48.59 
 
 		 646 aa  548  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0125108 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4059  nitrous-oxide reductase  47.51 
 
 		 649 aa  547  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00566192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4171  nitrous-oxide reductase  47.51 
 
 		 649 aa  547  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1139  nitrous-oxide reductase  47.43 
 
 		 646 aa  544  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494075 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0664  nitrous-oxide reductase  46.94 
 
 		 652 aa  541  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1060  nitrous-oxide reductase  47.43 
 
 		 645 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.620388  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1483  nitrous-oxide reductase  45.57 
 
 		 644 aa  534  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.150565 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1165  nitrous-oxide reductase  41.48 
 
 		 699 aa  490  1e-137  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.804263  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0209  Nitrous-oxide reductase  35.02 
 
 		 632 aa  349  7e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1803  nitrous-oxide reductase  34.02 
 
 		 648 aa  322  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.625051  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0244  nitrous-oxide reductase  35.31 
 
 		 647 aa  306  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.677359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2402  nitrous-oxide reductase  34.46 
 
 		 620 aa  300  5e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00162507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1461  Nitrous-oxide reductase  34.14 
 
 		 620 aa  300  7e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1556  Nitrous-oxide reductase  34.43 
 
 		 620 aa  299  9e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.298548  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1575  cytochrome c oxidase, subunit II  34.33 
 
 		 760 aa  296  6e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1571  cytochrome c oxidase, subunit II  34.33 
 
 		 760 aa  296  6e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.915615 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2012  Nitrous-oxide reductase  32.9 
 
 		 663 aa  288  2e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1729  methyl-accepting chemotaxis protein  33.66 
 
 		 862 aa  286  1.0000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.371209  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1770  nitrous-oxide reductase NosZ  32.75 
 
 		 864 aa  286  1.0000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0010  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.49 
 
 		 863 aa  284  4.0000000000000003e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0271061  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0440  nitrous-oxide reductase  32.95 
 
 		 864 aa  278  3e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.136119  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1298  nitrous-oxide reductase  33.87 
 
 		 865 aa  277  4e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000502464  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0693  Nitrous-oxide reductase  31.96 
 
 		 658 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.112553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1928  nitrous-oxide reductase  30.71 
 
 		 673 aa  248  3e-64  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1574  cytochrome c oxidase subunit II  31.4 
 
 		 168 aa  48.9  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0933  cytochrome c oxidase, subunit II  30.23 
 
 		 168 aa  48.9  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1899  cytochrome c oxidase subunit II  28.72 
 
 		 156 aa  46.6  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.71816  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1826  cytochrome c oxidase subunit II  25.77 
 
 		 160 aa  46.6  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00813215  normal  0.126007 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1565  cytochrome c oxidase subunit II  31.58 
 
 		 155 aa  45.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2967  cytochrome c oxidase subunit II  30.86 
 
 		 162 aa  44.7  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000376263 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2385  cytochrome c oxidase subunit II  32.14 
 
 		 156 aa  44.7  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0884  cytochrome c oxidase, subunit II  32.47 
 
 		 120 aa  45.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.16 
 
 		 316 aa  44.7  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0464  cytochrome c oxidase subunit II  29.29 
 
 		 266 aa  44.3  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>