63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3400 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009504  BOV_A0251  nitrous-oxide reductase  65.7 
 
 
639 aa  824    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1074  nitrous-oxide reductase  65.76 
 
 
640 aa  882    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.198434  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20200  nitrous-oxide reductase  65.46 
 
 
636 aa  894    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.89249 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4219  nitrous-oxide reductase  61.36 
 
 
652 aa  750    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522351  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1428  nitrous-oxide reductase  84.63 
 
 
630 aa  1123    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3078  nitrous-oxide reductase  71.19 
 
 
631 aa  898    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3400  nitrous-oxide reductase  100 
 
 
628 aa  1320    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206231  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3319  nitrous-oxide reductase  63.59 
 
 
644 aa  772    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0698213  normal  0.2184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6008  nitrous-oxide reductase  65.24 
 
 
639 aa  801    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180938  normal  0.0225703 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4732  nitrous-oxide reductase  82.5 
 
 
617 aa  1117    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1738  nitrous-oxide reductase  65.46 
 
 
636 aa  885    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4346  nitrous-oxide reductase  65.42 
 
 
638 aa  821    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0394445  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3194  nitrous-oxide reductase  61.16 
 
 
647 aa  742    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2861  nitrous-oxide reductase  62.62 
 
 
645 aa  811    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.7379  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4059  nitrous-oxide reductase  51.36 
 
 
649 aa  643    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00566192  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2351  nitrous-oxide reductase  60.35 
 
 
645 aa  805    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2564  nitrous-oxide reductase  60.19 
 
 
628 aa  783    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164032  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4171  nitrous-oxide reductase  51.36 
 
 
649 aa  643    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1389  nitrous-oxide reductase  50.61 
 
 
646 aa  644    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2219  nitrous-oxide reductase  85.51 
 
 
628 aa  1169    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000181055  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0428  nitrous-oxide reductase  62.05 
 
 
649 aa  800    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0275  nitrous-oxide reductase  65.87 
 
 
639 aa  827    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.275953  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1368  nitrous-oxide reductase  51.41 
 
 
646 aa  638    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3142  nitrous-oxide reductase  62.58 
 
 
648 aa  798    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3199  nitrous-oxide reductase  50 
 
 
650 aa  630  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.324425  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1483  nitrous-oxide reductase  49.92 
 
 
644 aa  631  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.150565 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2325  nitrous-oxide reductase  48.71 
 
 
690 aa  629  1e-179  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2115  nitrous-oxide reductase  52.28 
 
 
655 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2255  nitrous-oxide reductase  52.28 
 
 
691 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2060  nitrous-oxide reductase  52.28 
 
 
693 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840269  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1139  nitrous-oxide reductase  50.38 
 
 
646 aa  627  1e-178  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.494075 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1060  nitrous-oxide reductase  50.46 
 
 
645 aa  625  1e-178  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.620388  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4917  nitrous-oxide reductase  51.17 
 
 
646 aa  627  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0125108 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0995  nitrous-oxide reductase  52.12 
 
 
660 aa  622  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.599003  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0664  nitrous-oxide reductase  49.66 
 
 
652 aa  587  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1165  nitrous-oxide reductase  43.98 
 
 
699 aa  528  1e-149  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.804263  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0209  Nitrous-oxide reductase  38.73 
 
 
632 aa  381  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0244  nitrous-oxide reductase  37.52 
 
 
647 aa  358  9.999999999999999e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.677359  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1803  nitrous-oxide reductase  34.54 
 
 
648 aa  355  1e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.625051  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1556  Nitrous-oxide reductase  37.33 
 
 
620 aa  353  5.9999999999999994e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.298548  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1461  Nitrous-oxide reductase  37.16 
 
 
620 aa  352  2e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2402  nitrous-oxide reductase  36.49 
 
 
620 aa  343  4e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00162507  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2012  Nitrous-oxide reductase  33.59 
 
 
663 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1575  cytochrome c oxidase, subunit II  35.51 
 
 
760 aa  327  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1571  cytochrome c oxidase, subunit II  35.51 
 
 
760 aa  327  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.915615 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0440  nitrous-oxide reductase  35.1 
 
 
864 aa  325  2e-87  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.136119  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0693  Nitrous-oxide reductase  33.28 
 
 
658 aa  323  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.112553  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1729  methyl-accepting chemotaxis protein  33.38 
 
 
862 aa  314  2.9999999999999996e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.371209  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0010  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.49 
 
 
863 aa  314  3.9999999999999997e-84  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0271061  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1770  nitrous-oxide reductase NosZ  32.89 
 
 
864 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1298  nitrous-oxide reductase  33.91 
 
 
865 aa  306  6e-82  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000502464  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1928  nitrous-oxide reductase  30.16 
 
 
673 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1826  cytochrome c oxidase subunit II  29.7 
 
 
160 aa  52  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00813215  normal  0.126007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2021  cytochrome c oxidase subunit II  29.7 
 
 
160 aa  50.4  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.388315  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1574  cytochrome c oxidase subunit II  26.61 
 
 
168 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226069  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0933  cytochrome c oxidase, subunit II  25.81 
 
 
168 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0464  cytochrome c oxidase subunit II  30.53 
 
 
266 aa  48.5  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1565  cytochrome c oxidase subunit II  29.47 
 
 
155 aa  47.4  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1899  cytochrome c oxidase subunit II  28.24 
 
 
156 aa  46.2  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.71816  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0599  cytochrome c oxidase subunit II  33.8 
 
 
124 aa  45.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.632482 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2967  cytochrome c oxidase subunit II  32 
 
 
162 aa  44.7  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000376263 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2385  cytochrome c oxidase subunit II  28.68 
 
 
156 aa  44.3  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  31.71 
 
 
367 aa  43.9  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>