73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3908 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3908  hypothetical protein  100 
 
 		 96 aa  192  9e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48914  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0650  CRISPR-associated Cas2 family protein  61.46 
 
 		 96 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0910876  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1153  CRISPR-associated Cas2 family protein  75 
 
 		 96 aa  119  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0818  CRISPR-associated protein Cas2  58.33 
 
 		 96 aa  116  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0492  hypothetical protein  54.17 
 
 		 96 aa  106  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2721  CRISPR-associated Cas2 family protein  53.12 
 
 		 96 aa  105  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0791  CRISPR-associated protein Cas2  56.7 
 
 		 96 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.551484  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1663  CRISPR-associated protein Cas2  53.61 
 
 		 96 aa  101  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0276459  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1301  hypothetical protein  53.61 
 
 		 96 aa  101  4e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.312014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1430  CRISPR-associated Cas2 family protein  53.61 
 
 		 96 aa  100  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0151581  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2972  CRISPR-associated Cas2 family protein  53.61 
 
 		 96 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1977  CRISPR-associated protein Cas2  51.55 
 
 		 96 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1004  hypothetical protein  50.52 
 
 		 96 aa  94.4  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000128367  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1073  hypothetical protein  56.7 
 
 		 97 aa  92  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0137603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1728  CRISPR-associated Cas2 family protein  52.58 
 
 		 96 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1476  CRISPR-associated protein Cas2  48.94 
 
 		 99 aa  90.9  5e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.46179 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3370  hypothetical protein  50 
 
 		 99 aa  90.5  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4329  CRISPR-associated Cas2 family protein  47.92 
 
 		 96 aa  87.8  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00448142  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0481  hypothetical protein  50.52 
 
 		 96 aa  88.2  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.187986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3645  CRISPR-associated protein Cas2  44.79 
 
 		 99 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1008  CRISPR-associated Cas2 family protein  45.83 
 
 		 106 aa  87  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0834  CRISPR-associated Cas2 family protein  49.47 
 
 		 95 aa  86.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0441097  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2189  CRISPR-associated protein Cas2  44.79 
 
 		 99 aa  85.9  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0233  hypothetical protein  46.81 
 
 		 97 aa  85.5  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02695  crispr-associated protein Cas2  46.39 
 
 		 96 aa  85.1  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.617835  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1483  CRISPR-associated protein Cas2  42.71 
 
 		 96 aa  84.3  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3525  CRISPR-associated Cas2 family protein  48.45 
 
 		 95 aa  84.3  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.262442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0607  hypothetical protein  45.45 
 
 		 97 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.822652 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0853  hypothetical protein  44.33 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.468384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1973  CRISPR-associated protein Cas2  46.39 
 
 		 99 aa  80.5  0.000000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.514425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1634  CRISPR-associated protein Cas2  54.64 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.589587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1935  hypothetical protein  46.88 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2650  CRISPR-associated protein Cas2  40.62 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000760904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2357  CRISPR-associated Cas2 family protein  43.16 
 
 		 94 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3347  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000459873  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31570  CRISPR-associated protein Cas2  50.52 
 
 		 95 aa  64.7  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1081  CRISPR-associated Cas2 family protein  41.89 
 
 		 93 aa  60.8  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2387  CRISPR-associated Cas2 family protein  34.12 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1726  hypothetical protein  31.88 
 
 		 91 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.828783 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0150  CRISPR-associated protein Cas2  41.03 
 
 		 95 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.752001 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3452  CRISPR-associated protein Cas2  43.24 
 
 		 93 aa  51.6  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0545024  normal  0.115549 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2674  CRISPR-associated Cas2 family protein  39.44 
 
 		 91 aa  50.8  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.46343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2484  CRISPR-associated Cas2 family protein  40.28 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00090653  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3010  CRISPR-associated Cas2 family protein  39.44 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000764596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0520  CRISPR-associated protein Cas2  30.77 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00000806628  hitchhiker  0.000000945034 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5842  CRISPR-associated protein Cas2  35.21 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0503  CRISPR-associated protein Cas2  30.77 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1719  CRISPR-associated protein Cas2  27.59 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66907e-22 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1985  CRISPR-associated Cas2 family protein  37.33 
 
 		 93 aa  46.2  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.503159 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4177  hypothetical protein  35.21 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344603  hitchhiker  0.0000136631 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1393  CRISPR-associated Cas2 family protein  37.14 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.128319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4556  CRISPR-associated protein Cas2  34.78 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2296  CRISPR-associated Cas2 family protein  33.8 
 
 		 87 aa  44.3  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0123503  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1356  CRISPR-associated Cas2 family protein  44.44 
 
 		 92 aa  44.7  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.365392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0128  CRISPR-associated protein Cas2  32.39 
 
 		 87 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2060  CRISPR-associated Cas2 family protein  43.28 
 
 		 89 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5341  CRISPR-associated protein Cas2  31.51 
 
 		 92 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.29646 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2463  CRISPR-associated protein Cas2  34.78 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2334  CRISPR-associated protein Cas2  27.84 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0928  CRISPR-associated protein Cas2  29.9 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.98778  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2840  CRISPR-associated protein Cas2  38.24 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.016788  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1231  CRISPR-associated protein Cas2  32.81 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0998  CRISPR-associated Cas2 family protein  33.33 
 
 		 87 aa  42.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0943  CRISPR-associated Cas2 family protein  32 
 
 		 87 aa  42.7  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.932067  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0393  CRISPR-associated protein Cas2  34.25 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0694049  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0666  CRISPR-associated protein Cas2  33.82 
 
 		 99 aa  42  0.003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0709  CRISPR-associated protein Cas2  41.77 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000457759  hitchhiker  0.00541423 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12830  hypothetical protein  38.16 
 
 		 113 aa  40.8  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000022807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3219  CRISPR-associated Cas2 family protein  31.51 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180403  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0620  CRISPR-associated Cas2 family protein  37.88 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0662433  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1153  CRISPR-associated Cas2 family protein  39.39 
 
 		 124 aa  40.4  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0359094  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1748  hypothetical protein  35.62 
 
 		 109 aa  40  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1802  hypothetical protein  35.48 
 
 		 95 aa  40  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>