71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1153 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1153  CRISPR-associated Cas2 family protein  100 
 
 		 96 aa  192  9e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3908  hypothetical protein  75 
 
 		 96 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48914  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0650  CRISPR-associated Cas2 family protein  61.46 
 
 		 96 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0910876  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2721  CRISPR-associated Cas2 family protein  55.21 
 
 		 96 aa  108  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0818  CRISPR-associated protein Cas2  56.25 
 
 		 96 aa  108  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0492  hypothetical protein  52.08 
 
 		 96 aa  102  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1663  CRISPR-associated protein Cas2  48.96 
 
 		 96 aa  98.2  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0276459  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2972  CRISPR-associated Cas2 family protein  51.04 
 
 		 96 aa  98.6  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3370  hypothetical protein  52.13 
 
 		 99 aa  96.7  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1476  CRISPR-associated protein Cas2  51.06 
 
 		 99 aa  96.3  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.46179 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1430  CRISPR-associated Cas2 family protein  47.92 
 
 		 96 aa  94.7  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0151581  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1301  hypothetical protein  47.92 
 
 		 96 aa  94.4  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.312014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1073  hypothetical protein  57.73 
 
 		 97 aa  92.8  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0137603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0791  CRISPR-associated protein Cas2  52.08 
 
 		 96 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.551484  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4329  CRISPR-associated Cas2 family protein  47.92 
 
 		 96 aa  91.3  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00448142  normal  0.268879 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1977  CRISPR-associated protein Cas2  47.92 
 
 		 96 aa  89  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1004  hypothetical protein  45.83 
 
 		 96 aa  89.4  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000128367  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0233  hypothetical protein  46.81 
 
 		 97 aa  88.2  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2189  CRISPR-associated protein Cas2  41.67 
 
 		 99 aa  84.3  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02695  crispr-associated protein Cas2  41.67 
 
 		 96 aa  83.6  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.617835  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3645  CRISPR-associated protein Cas2  40.62 
 
 		 99 aa  83.6  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1973  CRISPR-associated protein Cas2  44.79 
 
 		 99 aa  82  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.514425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3525  CRISPR-associated Cas2 family protein  44.79 
 
 		 95 aa  82  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.262442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1483  CRISPR-associated protein Cas2  40.62 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0834  CRISPR-associated Cas2 family protein  44.21 
 
 		 95 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0441097  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0853  hypothetical protein  41.67 
 
 		 96 aa  77.4  0.00000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.468384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1008  CRISPR-associated Cas2 family protein  39.58 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1728  CRISPR-associated Cas2 family protein  45.83 
 
 		 96 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0481  hypothetical protein  42.71 
 
 		 96 aa  73.9  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.187986  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2650  CRISPR-associated protein Cas2  50.68 
 
 		 96 aa  73.9  0.0000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000760904  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0607  hypothetical protein  42.55 
 
 		 97 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.822652 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1935  hypothetical protein  42.71 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1634  CRISPR-associated protein Cas2  51.55 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.589587 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3347  hypothetical protein  47.22 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000459873  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2357  CRISPR-associated Cas2 family protein  37.23 
 
 		 94 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31570  CRISPR-associated protein Cas2  46.88 
 
 		 95 aa  58.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1726  hypothetical protein  32.39 
 
 		 91 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.828783 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1081  CRISPR-associated Cas2 family protein  37.84 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2387  CRISPR-associated Cas2 family protein  31.94 
 
 		 92 aa  50.4  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2060  CRISPR-associated Cas2 family protein  43.86 
 
 		 89 aa  50.4  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2674  CRISPR-associated Cas2 family protein  38.03 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.46343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0128  CRISPR-associated protein Cas2  32.58 
 
 		 87 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5842  CRISPR-associated protein Cas2  32.88 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1244  CRISPR-associated protein Cas2  37.14 
 
 		 94 aa  47.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107639  normal  0.587434 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1356  CRISPR-associated Cas2 family protein  38.71 
 
 		 92 aa  47.4  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.365392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2840  CRISPR-associated protein Cas2  41.89 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.016788  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2484  CRISPR-associated Cas2 family protein  37.5 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00090653  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3452  CRISPR-associated protein Cas2  37.5 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0545024  normal  0.115549 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4177  hypothetical protein  35.21 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344603  hitchhiker  0.0000136631 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1231  CRISPR-associated protein Cas2  35.09 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5341  CRISPR-associated protein Cas2  29.03 
 
 		 92 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.29646 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0503  CRISPR-associated protein Cas2  31.88 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1802  hypothetical protein  34.85 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0520  CRISPR-associated protein Cas2  31.88 
 
 		 97 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00000806628  hitchhiker  0.000000945034 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1393  CRISPR-associated Cas2 family protein  34.52 
 
 		 87 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.128319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4556  CRISPR-associated protein Cas2  36.23 
 
 		 90 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3505  hypothetical protein  34.78 
 
 		 93 aa  43.9  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310945  normal  0.541343 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1985  CRISPR-associated Cas2 family protein  37.5 
 
 		 93 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.503159 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0150  CRISPR-associated protein Cas2  37.35 
 
 		 95 aa  43.5  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.752001 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3010  CRISPR-associated Cas2 family protein  36.62 
 
 		 91 aa  43.5  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000764596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0998  CRISPR-associated Cas2 family protein  32.14 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1719  CRISPR-associated protein Cas2  30.43 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66907e-22 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12830  hypothetical protein  32.39 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000022807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0311  CRISPR-associated protein Cas2  28.09 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.449685  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0928  CRISPR-associated protein Cas2  30.61 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.98778  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0393  CRISPR-associated protein Cas2  30.49 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0694049  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1748  hypothetical protein  34.15 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1650  CRISPR-associated Cas2 family protein  32.39 
 
 		 86 aa  40.8  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.405387  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4853  CRISPR-associated protein Cas2  31.82 
 
 		 98 aa  40  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0920  CRISPR-associated protein Cas2  28.57 
 
 		 92 aa  40  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000827801 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2463  CRISPR-associated protein Cas2  31.88 
 
 		 97 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.556859 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>