77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1212 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1212  DNA/RNA non-specific endonuclease  100 
 
 		 348 aa  725    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0744  putative DNA/RNA non-specific endonuclease protein  49.06 
 
 		 275 aa  249  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4634  DNA/RNA non-specific endonuclease  48.71 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0693957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2053  DNA/RNA non-specific endonuclease  46.62 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3924  DNA/RNA non-specific endonuclease  47.14 
 
 		 342 aa  229  6e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.204737  hitchhiker  0.000259019 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5192  DNA/RNA non-specific endonuclease  48.15 
 
 		 235 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3398  DNA/RNA non-specific endonuclease  45.52 
 
 		 248 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.736844  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4799  DNA/RNA non-specific endonuclease  41.57 
 
 		 359 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0364  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.26 
 
 		 341 aa  183  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.761571 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0363  DNA/RNA non-specific endonuclease  39 
 
 		 348 aa  181  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0233  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.59 
 
 		 268 aa  168  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2565  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.82 
 
 		 267 aa  165  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000966984  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1871  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.91 
 
 		 263 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000105859  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4899  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.31 
 
 		 265 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835138  normal  0.203553 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0175  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.92 
 
 		 268 aa  159  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000379253  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5415  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.29 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2295  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.46 
 
 		 348 aa  152  8e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000402922  decreased coverage  0.000101093 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2350  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.33 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000288623  hitchhiker  0.00789181 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2047  DNA/RNA non-specific endonuclease (Mg-dependent)  31.07 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.000000000000019362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4118  DNA/RNA non-specific endonuclease  38.31 
 
 		 249 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6354  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.77 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7050  DNA/RNA non-specific endonuclease  38.33 
 
 		 211 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7139  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.78 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2787  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.56 
 
 		 272 aa  139  1e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.148277  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3461  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.02 
 
 		 300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.500571 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2213  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.05 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1828  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.46 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1937  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.66 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0092281  normal  0.635085 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4319  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.57 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5224  DNA/RNA non-specific endonuclease  40 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1560  DNA/RNA non-specific endonuclease  40 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02818  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.48 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6268  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.65 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2129  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.66 
 
 		 283 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000700063 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2226  DNA/RNA non-specific endonuclease  38 
 
 		 229 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2089  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.66 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4373  DNA/RNA non-specific endonuclease  46.6 
 
 		 117 aa  90.9  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000971862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0623  DNA/RNA endonuclease G NUC1-like protein  45.05 
 
 		 148 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.214808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_79520  Mitochondrial nuclease  26.75 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.553306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0630  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.88 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.826915 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0413  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.88 
 
 		 293 aa  72  0.00000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4380  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.34 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_6229  predicted protein  26.8 
 
 		 224 aa  68.9  0.0000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02185  endodeoxyribonuclease (Eurofung)  34.45 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.221302 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2952  DNA/RNA non-specific endonuclease  40.91 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0320896 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4000  DNA/RNA non-specific endonuclease  38.64 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_29606  predicted protein  29.37 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0259516  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0336  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.29 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000503068  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1138  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.5 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08316  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.19 
 
 		 471 aa  57.8  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1834  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.99 
 
 		 294 aa  57  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2726  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.7 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.564947  normal  0.0294848 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0792  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.65 
 
 		 356 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.275213 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03360  nuclease, putative  27.78 
 
 		 364 aa  54.7  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3644  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.23 
 
 		 279 aa  52.8  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000556838  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3176  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.69 
 
 		 309 aa  52.8  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2671  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.58 
 
 		 470 aa  52.4  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0295423  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1441  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.57 
 
 		 217 aa  52  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  hitchhiker  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0885  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.55 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.167923  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6632  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.78 
 
 		 289 aa  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0108  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.87 
 
 		 420 aa  51.2  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.94824  normal  0.647846 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0414  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.4 
 
 		 277 aa  50.8  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0566  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.77 
 
 		 217 aa  50.4  0.00004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.00041996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0573  endonuclease  25.98 
 
 		 256 aa  50.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1028  endonuclease  28.57 
 
 		 319 aa  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600333  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0081  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.33 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0770  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.89 
 
 		 273 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.827563  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4436  DNA/RNA non-specific endonuclease  23.24 
 
 		 311 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1035  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.48 
 
 		 305 aa  47.4  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.969234  normal  0.342127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4063  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.18 
 
 		 644 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47090  putative protease  23.38 
 
 		 642 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2957  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.71 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0934  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.77 
 
 		 217 aa  44.3  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.311565  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2239  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.36 
 
 		 314 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2616  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.51 
 
 		 446 aa  43.9  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0874115  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1075  DNA/RNA non-specific endonuclease  28 
 
 		 216 aa  43.9  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.510114  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0622  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.92 
 
 		 216 aa  42.7  0.009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.17136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>