More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3160 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3160  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  594  1e-169  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.272458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2305  two component transcriptional regulator  75 
 
 		 263 aa  393  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1088  two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237646 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2795  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 266 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2217  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.72 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00294817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0818  two component transcriptional regulator  32.06 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000529672  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2094  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.12 
 
 		 231 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.5 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.5 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.4 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  31.23 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4049  two component transcriptional regulator  29.37 
 
 		 229 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0587  two component transcriptional regulator  34.4 
 
 		 222 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  30.28 
 
 		 231 aa  100  4e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  31.1 
 
 		 236 aa  100  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.76 
 
 		 237 aa  100  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.62 
 
 		 261 aa  99.4  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 480 aa  99  8e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4483  two component transcriptional regulator  28.69 
 
 		 226 aa  99  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.759432  decreased coverage  0.000734691 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0452  response regulator ompr  31.23 
 
 		 222 aa  99  8e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  28.17 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30 
 
 		 472 aa  97.8  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0834  two component transcriptional regulator  28.97 
 
 		 226 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1549  response regulator receiver protein  32.4 
 
 		 241 aa  97.1  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0273908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4161  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 271 aa  96.3  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 245 aa  95.9  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0593  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 267 aa  95.5  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.501754 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4856  two component transcriptional regulator  32.94 
 
 		 229 aa  95.1  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0324014 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3661  two component transcriptional regulator  28.17 
 
 		 226 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.394742  normal  0.594777 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1777  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.29 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0722021  normal  0.591414 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2454  response regulator receiver  33.33 
 
 		 334 aa  94.7  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.811467  normal  0.554659 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0715  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.27 
 
 		 224 aa  94.7  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.4 
 
 		 237 aa  94.7  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.88 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 461 aa  93.6  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.03 
 
 		 219 aa  94  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  30.71 
 
 		 232 aa  94  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2160  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.94 
 
 		 449 aa  94  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 457 aa  94  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0596  response regulator receiver domain protein  26.91 
 
 		 250 aa  93.6  4e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.29 
 
 		 237 aa  93.2  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 474 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.29 
 
 		 230 aa  92.8  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.31 
 
 		 231 aa  92.4  7e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 230 aa  92.4  7e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1493  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.17 
 
 		 233 aa  92.4  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0879  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.37 
 
 		 466 aa  92.4  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3647  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 471 aa  92.4  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209004  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.7 
 
 		 481 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3169  regulatory protein VanR  27.84 
 
 		 229 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.16404  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3826  response regulator receiver  32.17 
 
 		 228 aa  92  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0204609  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  30.33 
 
 		 223 aa  92  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  27.84 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.91 
 
 		 225 aa  92  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.76 
 
 		 239 aa  92  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.68 
 
 		 233 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3029  two component transcriptional regulator  34 
 
 		 265 aa  92  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.253727 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.7 
 
 		 481 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0470  sigma-54 dependent response regulator  38.51 
 
 		 453 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253212  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  28.23 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.16 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.56 
 
 		 227 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  30.28 
 
 		 235 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.03 
 
 		 236 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  28.63 
 
 		 223 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  33.86 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  28.23 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.56 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0833  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 466 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.96038  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  29.08 
 
 		 225 aa  91.3  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.02 
 
 		 722 aa  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  27.02 
 
 		 222 aa  90.9  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  91.3  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.28 
 
 		 242 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.03 
 
 		 449 aa  91.3  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  28.63 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  28.23 
 
 		 223 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2604  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.08 
 
 		 246 aa  90.5  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35 
 
 		 448 aa  90.5  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  28.23 
 
 		 223 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1240  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.73 
 
 		 227 aa  90.9  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  26.74 
 
 		 238 aa  90.5  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2379  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 446 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373235  normal  0.0399931 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2067  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.8 
 
 		 233 aa  90.1  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000016314  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  28.23 
 
 		 223 aa  90.1  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 227 aa  90.1  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.8 
 
 		 228 aa  90.1  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  30.71 
 
 		 244 aa  90.1  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.8 
 
 		 234 aa  90.1  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0276045  hitchhiker  9.727110000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1230  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.02 
 
 		 254 aa  90.1  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.211629  normal  0.177188 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6985  two component transcriptional regulator  31.1 
 
 		 229 aa  90.1  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0162975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0684  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 469 aa  90.1  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000150794 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0598  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.67 
 
 		 470 aa  89.7  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0883  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.37 
 
 		 466 aa  89.7  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879866  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  28.23 
 
 		 223 aa  89.7  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3209  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory proteinphoP  29.67 
 
 		 220 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  29.37 
 
 		 221 aa  89.7  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.98 
 
 		 246 aa  89.7  5e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2313  two component transcriptional regulator  25.97 
 
 		 228 aa  89.7  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0313786  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0671  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.58 
 
 		 469 aa  89.7  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>