61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3112 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3112  general secretory pathway M transmembrane protein  100 
 
 		 192 aa  384  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3397  General secretion pathway M protein  85.96 
 
 		 189 aa  272  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3050  General secretion pathway M protein  85.71 
 
 		 189 aa  265  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.242882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3227  general secretion pathway M protein  57.67 
 
 		 202 aa  192  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.243519  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3390  general secretion pathway M protein  59.52 
 
 		 188 aa  184  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0053  general secretion pathway M protein  40.51 
 
 		 168 aa  122  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.771859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0052  general secretion pathway M protein  39.38 
 
 		 168 aa  121  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.563062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0042  general secretion pathway M protein  39.38 
 
 		 168 aa  120  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0052  general secretion pathway M protein  38.75 
 
 		 168 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0147385  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0018  general secretion pathway M protein  38.75 
 
 		 168 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00637635  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4491  putative general secretory pathway protein M  41.18 
 
 		 167 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584495  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0071  general secretion pathway M protein  38.75 
 
 		 168 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3508  general secretion pathway protein M  41.14 
 
 		 168 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.928199  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1880  general secretion pathway protein M  41.14 
 
 		 168 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121479  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0018  general secretory pathway protein M  41.14 
 
 		 168 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.687218  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0018  general secretory pathway protein M  41.14 
 
 		 175 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.563775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0230  general secretory pathway protein M  41.14 
 
 		 168 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2775  general secretion pathway protein M  41.14 
 
 		 168 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3946  General secretion pathway M protein  41.18 
 
 		 167 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.487407  normal  0.51049 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2672  general secretion pathway protein M  41.14 
 
 		 175 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126224  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0017  general secretion pathway protein M  40.51 
 
 		 168 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3080  general secretion pathway M protein  38.61 
 
 		 167 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.233013  hitchhiker  0.000000230148 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3234  general secretion pathway M protein  38.12 
 
 		 168 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.108205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3425  general secretion pathway M protein  34.52 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000548407 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4725  general secretion pathway M protein  25.55 
 
 		 158 aa  57.4  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0175  general secretion pathway protein M  26.09 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0178  general secretion pathway protein M  24.64 
 
 		 158 aa  55.5  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0577682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1892  general secretion pathway M protein  32.14 
 
 		 163 aa  54.7  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0153  general secretion pathway M protein  26.8 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.122002  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2387  general secretion pathway M protein  30.06 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0160  general secretion pathway M protein  25.36 
 
 		 158 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55460  type II secretion system protein  30.77 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000029628  normal  0.0351347 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0160  general secretion pathway M protein  24.68 
 
 		 158 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0165  general secretion pathway M protein  24.68 
 
 		 158 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3418  putative general secretion pathway protein YghD  32.41 
 
 		 178 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4197  general secretion pathway M protein  26.09 
 
 		 158 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0237  General secretion pathway M protein  27.22 
 
 		 158 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3610  general secretion pathway M protein  25.19 
 
 		 158 aa  52.8  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3129  putative general secretion pathway protein YghD  32.33 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4582  general secretion pathway protein M  25.71 
 
 		 156 aa  52  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2297  cholera toxin secretion protein EpsM  26.81 
 
 		 166 aa  52  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0162  general secretion pathway M protein  25.36 
 
 		 158 aa  51.2  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0482645 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4349  general secretion pathway M protein  25.55 
 
 		 158 aa  50.8  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3403  putative general secretion pathway protein YghD  31.03 
 
 		 178 aa  51.2  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03965  general secretion pathway protein M  23.01 
 
 		 159 aa  49.7  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0728  General secretion pathway M protein  27.27 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3238  putative general secretion pathway protein YghD  26.57 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.310294  normal  0.927971 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0158  general secretion pathway M protein  26.12 
 
 		 158 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1421  General secretion pathway M protein  24.05 
 
 		 164 aa  48.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3558  general secretion pathway M protein  23.49 
 
 		 158 aa  47.8  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3571  hypothetical protein  26.11 
 
 		 162 aa  47.8  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.614114 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0163  General secretion pathway M protein  25.37 
 
 		 158 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2038  general secretion pathway protein M  31.15 
 
 		 174 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0130  general secretion pathway M protein  27.13 
 
 		 158 aa  45.8  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3176  general secretion pathway M protein  25.97 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.317851  normal  0.0212721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02829  predicted secretion pathway M-type protein, membrane anchored  23.94 
 
 		 178 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000034154  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02778  hypothetical protein  23.94 
 
 		 178 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000246305  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0240  general secretion pathway M protein  24.79 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2915  general secretion pathway protein M  25.36 
 
 		 163 aa  43.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3134  general secretion pathway protein M  27.27 
 
 		 168 aa  43.1  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.013923 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2851  General secretion pathway M protein  23.42 
 
 		 164 aa  41.2  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>