74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3610 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3610  general secretion pathway M protein  100 
 
 
158 aa  322  2e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4349  general secretion pathway M protein  73.42 
 
 
158 aa  248  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0153  general secretion pathway M protein  71.52 
 
 
158 aa  247  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.122002  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3558  general secretion pathway M protein  73.42 
 
 
158 aa  247  6e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0162  general secretion pathway M protein  72.15 
 
 
158 aa  243  8e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0482645 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4725  general secretion pathway M protein  72.78 
 
 
158 aa  242  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4197  general secretion pathway M protein  72.15 
 
 
158 aa  241  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0160  general secretion pathway M protein  70.89 
 
 
158 aa  240  7e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0160  general secretion pathway M protein  70.89 
 
 
158 aa  240  7e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0165  general secretion pathway M protein  70.89 
 
 
158 aa  240  7e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0175  general secretion pathway protein M  70.89 
 
 
158 aa  239  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0163  General secretion pathway M protein  69.62 
 
 
158 aa  237  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0158  general secretion pathway M protein  68.99 
 
 
158 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0114  general secretion pathway M protein  65.19 
 
 
158 aa  224  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0130  general secretion pathway M protein  61.39 
 
 
158 aa  213  8e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0178  general secretion pathway protein M  62.66 
 
 
158 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0577682  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4582  general secretion pathway protein M  44.52 
 
 
156 aa  141  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00610  general secretion pathway protein M  36.36 
 
 
164 aa  123  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2297  cholera toxin secretion protein EpsM  34.62 
 
 
166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0240  general secretion pathway M protein  39.62 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001883  general secretion pathway protein M  35.06 
 
 
163 aa  117  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03965  general secretion pathway protein M  33.76 
 
 
159 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2915  general secretion pathway protein M  31.25 
 
 
163 aa  103  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1421  General secretion pathway M protein  33.12 
 
 
164 aa  97.8  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2851  General secretion pathway M protein  32.5 
 
 
164 aa  92  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3571  hypothetical protein  29.61 
 
 
162 aa  83.6  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.614114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0106  general secretion pathway M protein  29.49 
 
 
160 aa  82.4  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1479  General secretion pathway M protein  28.22 
 
 
162 aa  80.5  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3238  putative general secretion pathway protein YghD  29.66 
 
 
178 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.310294  normal  0.927971 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1308  General secretion pathway M protein  28.4 
 
 
162 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02778  hypothetical protein  30.14 
 
 
178 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000246305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02829  predicted secretion pathway M-type protein, membrane anchored  30.14 
 
 
178 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000034154  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0012  EtpM  29.56 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.804249 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3129  putative general secretion pathway protein YghD  28.28 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3418  putative general secretion pathway protein YghD  28.28 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0728  General secretion pathway M protein  28.28 
 
 
178 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3403  putative general secretion pathway protein YghD  29.05 
 
 
178 aa  67  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2384  general secretion pathway M protein  31.25 
 
 
164 aa  64.3  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000664832 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0237  General secretion pathway M protein  27.45 
 
 
158 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2387  general secretion pathway M protein  26.77 
 
 
174 aa  62.8  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3227  general secretion pathway M protein  26.28 
 
 
202 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.243519  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3390  general secretion pathway M protein  26.95 
 
 
188 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0150  General secretion pathway M protein  28.86 
 
 
172 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2038  general secretion pathway protein M  26.53 
 
 
174 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0018  general secretion pathway M protein  26.36 
 
 
168 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00637635  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0052  general secretion pathway M protein  26.36 
 
 
168 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0147385  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0071  general secretion pathway M protein  26.36 
 
 
168 aa  48.5  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434377  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3234  general secretion pathway M protein  26.36 
 
 
168 aa  47.4  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.108205  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0052  general secretion pathway M protein  25.58 
 
 
168 aa  47.4  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.563062  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0042  general secretion pathway M protein  25.58 
 
 
168 aa  47.4  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0324  hypothetical protein  29.77 
 
 
160 aa  43.9  0.0009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3397  General secretion pathway M protein  25 
 
 
189 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0053  general secretion pathway M protein  24.8 
 
 
168 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.771859  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1840  hypothetical protein  21.43 
 
 
156 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0259  general secretion pathway M protein  25.68 
 
 
167 aa  42.4  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.510842  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3050  General secretion pathway M protein  24.65 
 
 
189 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.242882  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3112  general secretory pathway M transmembrane protein  25.19 
 
 
192 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0390  general secretion pathway M protein  25.66 
 
 
165 aa  42  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.383902 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2672  general secretion pathway protein M  24.24 
 
 
175 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126224  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03136  hypothetical protein  23.08 
 
 
153 aa  42  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0379  general secretion pathway M protein  23.08 
 
 
153 aa  42  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.717052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3528  general secretion pathway protein M  23.08 
 
 
161 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952815  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0018  general secretory pathway protein M  24.24 
 
 
175 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.563775  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0018  general secretory pathway protein M  24.24 
 
 
168 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.687218  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1880  general secretion pathway protein M  24.24 
 
 
168 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121479  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3508  general secretion pathway protein M  24.24 
 
 
168 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.928199  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2648  hypothetical protein  26.09 
 
 
159 aa  41.6  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0230  general secretory pathway protein M  24.24 
 
 
168 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2775  general secretion pathway protein M  24.24 
 
 
168 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0379  General secretion pathway M protein  23.08 
 
 
153 aa  42  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03185  general secretory pathway component, cryptic  23.08 
 
 
153 aa  42  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2585  general secretion pathway M protein  23.94 
 
 
168 aa  41.2  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3080  general secretion pathway M protein  22.14 
 
 
167 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.233013  hitchhiker  0.000000230148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24100  general secretion pathway protein M  26.53 
 
 
174 aa  40.8  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000242731  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>