180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01963 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01963  hypothetical protein  100 
 
 		 167 aa  348  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.229622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4915  type VI secretion system effector, Hcp1 family  76.05 
 
 		 167 aa  255  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00101993  hitchhiker  0.00306602 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3642  hypothetical protein  72.46 
 
 		 167 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0878118  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3633  hypothetical protein  72.46 
 
 		 167 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3658  hypothetical protein  72.46 
 
 		 167 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2962  hypothetical protein  71.86 
 
 		 167 aa  239  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2928  Hcp1 family type VI secretion system effector  71.26 
 
 		 167 aa  236  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3561  hypothetical protein  69.46 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00586235  normal  0.966398 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2637  hypothetical protein  69.46 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0034666  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0383  hypothetical protein  69.46 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.211293  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0404  Hcp1 family type VI secretion system effector  69.46 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000425347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0469  hypothetical protein  69.46 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000529011  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0447  Hcp1 family type VI secretion system effector  69.46 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0406517  normal  0.642596 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2175  hypothetical protein  49.71 
 
 		 178 aa  167  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000201065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02047  Hcp family protein  41.92 
 
 		 165 aa  145  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106829  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0101  hypothetical protein  37.67 
 
 		 166 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1209  type VI secretion system effector, Hcp1 family  37.35 
 
 		 165 aa  89  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3041  type VI secretion system effector, Hcp1 family  36.75 
 
 		 165 aa  88.6  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0192  Hcp1 family type VI secretion system effector  33.95 
 
 		 162 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.65069 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1935  hypothetical protein  32.69 
 
 		 164 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2258  hypothetical protein  37.08 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0708616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4886  hypothetical protein  35.19 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.793717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3375  hypothetical protein  27.78 
 
 		 161 aa  70.9  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.693838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4039  hypothetical protein  37.76 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.999117  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0772  Hcp1 family type VI secretion system effector  37.59 
 
 		 162 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3089  hypothetical protein  32.54 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34030  hypothetical protein  28.22 
 
 		 165 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142054  normal  0.0892897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2634  hypothetical protein  32.54 
 
 		 172 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2894  hypothetical protein  28.22 
 
 		 165 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3476  hypothetical protein  27.67 
 
 		 161 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.669725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2776  Hcp1 family type VI secretion system effector  32.54 
 
 		 172 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.496256  normal  0.273091 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3308  putative cytoplasmic protein  27.67 
 
 		 161 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2498  Hcp1 family type VI secretion system effector  32.54 
 
 		 172 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.575217  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3382  putative cytoplasmic protein  27.67 
 
 		 161 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.963871 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0938  protein of unknown function DUF796  29.19 
 
 		 160 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1465  hypothetical protein  26.71 
 
 		 160 aa  67.4  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50820  DUF796 family protein  27.81 
 
 		 165 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.743665  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3302  putative cytoplasmic protein  27.04 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3909  Hcp1 family type VI secretion system effector  28.4 
 
 		 161 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3031  type VI secretion system effector, Hcp1 family  29.38 
 
 		 160 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.350836  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1693  hypothetical protein  29.7 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.792973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3958  hypothetical protein  27.85 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.161152  normal  0.0988998 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3476  hypothetical protein  30.67 
 
 		 161 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0982  hypothetical protein  28.4 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0123  hypothetical protein  27.33 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26650  hypothetical protein  24.03 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.410921  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1911  hypothetical protein  29.63 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0924  hypothetical protein  29.63 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1211  hypothetical protein  29.63 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.433299  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0331  SciM protein  29.63 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0240  SciM protein  29.63 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.939428  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2186  hypothetical protein  29.63 
 
 		 161 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3837  hypothetical protein  26.88 
 
 		 160 aa  62.4  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0274684  normal  0.040602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3408  hypothetical protein  25.83 
 
 		 165 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01030  hypothetical protein  30.43 
 
 		 162 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0159  SciM protein  27.33 
 
 		 160 aa  62  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0136  SciM protein  27.33 
 
 		 160 aa  62  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3005  hypothetical protein  26.25 
 
 		 160 aa  62  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0157  hypothetical protein  30.43 
 
 		 162 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1607  hypothetical protein  27.33 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0819391  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0311  hemolysin-coregulated protein  27.95 
 
 		 161 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.562407 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0314  hemolysin-coregulated protein  27.33 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0317  hemolysin-coregulated protein  27.33 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0313059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0302  hemolysin-coregulated protein  27.33 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0388692  normal  0.0548881 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6112  Hcp1 family type VI secretion system effector  28.4 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.24668 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1537  histidine kinase  29.11 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0665  hypothetical protein  28.57 
 
 		 157 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0305  hemolysin-coregulated protein  27.33 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0351717  normal  0.0452208 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0308  hemolysin-coregulated protein  27.33 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.869463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1586  hypothetical protein  25.93 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0453642  normal  0.164589 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2362  type VI secretion system effector, Hcp1 family  27.61 
 
 		 161 aa  58.2  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0568076 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4661  Hcp1 family type VI secretion system effector  34.48 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.222598  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0260  hypothetical protein  28.57 
 
 		 163 aa  57  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0405  hypothetical protein  25.31 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.961093  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0300  hemolysin-coregulated protein  26.71 
 
 		 161 aa  56.6  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.550474 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1198  hypothetical protein  25.31 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1602  hypothetical protein  25.31 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1785  hypothetical protein  25.31 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2958  hypothetical protein  25.31 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2833  hypothetical protein  25.31 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0601722  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0455  hypothetical protein  25.31 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0770  Hcp1 family type VI secretion system effector  35.17 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.827402  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1681  type VI secretion system effector, Hcp1 family  29.01 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.666792  normal  0.0213097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5238  hypothetical protein  31.93 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6675  hypothetical protein  28.47 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.499457  normal  0.705135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2045  hypothetical protein  24.8 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4089  hypothetical protein  30 
 
 		 161 aa  54.3  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000825402 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2459  protein of unknown function DUF796  24.54 
 
 		 160 aa  54.3  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.683109  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3341  hypothetical protein  25.16 
 
 		 160 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.183081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1731  hypothetical protein  26.17 
 
 		 160 aa  53.9  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0163556  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0195  protein of unknown function DUF796  21.25 
 
 		 160 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3479  hypothetical protein  29.45 
 
 		 163 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0327685  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4863  putative cytoplasmic protein  27.34 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.676773  normal  0.639801 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3026  hypothetical protein  29.19 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2324  hypothetical protein  31.1 
 
 		 162 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233734  normal  0.010966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4913  hypothetical protein  27.34 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4839  putative cytoplasmic protein  27.34 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4764  putative cytoplasmic protein  27.34 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.775701 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5980  hypothetical protein  27.43 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0548  protein of unknown function DUF796  27.16 
 
 		 160 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>