More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4149 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4149  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 156 aa  315  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0266463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1810  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.27 
 
 		 157 aa  278  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48447  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1309  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.85 
 
 		 135 aa  255  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6883  putative TolR protein  60.28 
 
 		 159 aa  171  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604254  normal  0.0755944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  49.64 
 
 		 152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.2 
 
 		 149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.18 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.28 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.03 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  45.16 
 
 		 152 aa  100  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  44.03 
 
 		 151 aa  100  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  44.03 
 
 		 151 aa  100  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.35 
 
 		 151 aa  99  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  42.86 
 
 		 150 aa  98.2  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.65 
 
 		 151 aa  97.8  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  43.55 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  43.57 
 
 		 150 aa  97.4  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  43.57 
 
 		 150 aa  97.4  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.38 
 
 		 166 aa  95.5  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  36.09 
 
 		 147 aa  95.1  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  38.19 
 
 		 152 aa  92.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.38 
 
 		 154 aa  92.8  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.42 
 
 		 154 aa  90.5  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  36.11 
 
 		 139 aa  90.1  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.6 
 
 		 173 aa  89.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.33 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.94 
 
 		 148 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 		 146 aa  88.2  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  42.15 
 
 		 141 aa  88.2  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  41.94 
 
 		 153 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  40.65 
 
 		 153 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  40.65 
 
 		 153 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 		 145 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  42.15 
 
 		 141 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.24 
 
 		 144 aa  87  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  35.42 
 
 		 139 aa  87  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  36.3 
 
 		 146 aa  86.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  42.15 
 
 		 141 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  37.88 
 
 		 147 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 		 149 aa  86.7  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  41.79 
 
 		 134 aa  85.9  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  36.59 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 146 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.7 
 
 		 149 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.41 
 
 		 144 aa  85.5  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  37.59 
 
 		 140 aa  85.5  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  39.02 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.89 
 
 		 149 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  34.72 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.89 
 
 		 149 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  36.81 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  37.88 
 
 		 145 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  40.91 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  34.33 
 
 		 139 aa  84.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  35.03 
 
 		 167 aa  85.1  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.02 
 
 		 156 aa  84.7  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  39.02 
 
 		 141 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  39.84 
 
 		 141 aa  84.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  39.02 
 
 		 141 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  35.97 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  39.02 
 
 		 141 aa  85.1  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.02 
 
 		 156 aa  84.7  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  39.39 
 
 		 148 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  38.03 
 
 		 150 aa  84.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  38.03 
 
 		 150 aa  84.3  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.03 
 
 		 150 aa  84.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  40.16 
 
 		 142 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  39.52 
 
 		 158 aa  84  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  38.21 
 
 		 141 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  41.32 
 
 		 142 aa  84  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  40.44 
 
 		 146 aa  84  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  40.44 
 
 		 146 aa  84  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  38.21 
 
 		 143 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  38.21 
 
 		 143 aa  83.6  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  38.21 
 
 		 143 aa  83.6  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  40.16 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.71 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  36.43 
 
 		 139 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  38.21 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 		 136 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  40.16 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.44 
 
 		 152 aa  82.4  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  35.42 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.71 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  40.16 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  39.1 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.71 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  38.71 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.6 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>