More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6883 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6883  putative TolR protein  100 
 
 		 159 aa  314  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604254  normal  0.0755944 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1810  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.12 
 
 		 157 aa  173  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48447  normal  0.302248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4149  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.43 
 
 		 156 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0266463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1309  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.58 
 
 		 135 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.53 
 
 		 149 aa  127  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  48.2 
 
 		 152 aa  116  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.72 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  45.68 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  45.68 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  46.63 
 
 		 150 aa  104  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.1 
 
 		 151 aa  101  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  43.45 
 
 		 153 aa  102  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.93 
 
 		 151 aa  102  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  43.45 
 
 		 153 aa  101  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  43.45 
 
 		 153 aa  101  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  42.65 
 
 		 152 aa  99.8  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.45 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  42.65 
 
 		 149 aa  98.2  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  45.6 
 
 		 158 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  39.13 
 
 		 167 aa  93.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.55 
 
 		 154 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  39.46 
 
 		 152 aa  93.2  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.1 
 
 		 147 aa  93.2  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.82 
 
 		 145 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  42.45 
 
 		 145 aa  87.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  40.94 
 
 		 141 aa  87.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  41.89 
 
 		 157 aa  87.4  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  39.84 
 
 		 177 aa  87  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  40.65 
 
 		 155 aa  87  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  42.52 
 
 		 141 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  39.37 
 
 		 151 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  39.37 
 
 		 151 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.18 
 
 		 162 aa  86.7  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.89 
 
 		 154 aa  85.5  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  40.31 
 
 		 139 aa  86.3  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  40.94 
 
 		 141 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  39.84 
 
 		 169 aa  85.9  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 142 aa  85.5  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  42.52 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 		 146 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.69 
 
 		 145 aa  85.5  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  36 
 
 		 173 aa  84.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.11 
 
 		 149 aa  84.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.89 
 
 		 149 aa  84.7  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.11 
 
 		 149 aa  84.7  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  39.37 
 
 		 141 aa  84.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  35.86 
 
 		 155 aa  84.3  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.2 
 
 		 155 aa  84.3  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.06 
 
 		 137 aa  84.3  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  37.34 
 
 		 147 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  35.61 
 
 		 146 aa  83.6  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.66 
 
 		 145 aa  84  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  42.97 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  42.97 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 		 156 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  35.82 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.4 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  43.75 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  41.73 
 
 		 145 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  35.82 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  38.58 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  38.58 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  38.58 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  42.97 
 
 		 142 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  42.86 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  39.31 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  38.58 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  41.73 
 
 		 141 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  43.31 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 		 138 aa  82  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  40.16 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  41.46 
 
 		 157 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  41.73 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.52 
 
 		 167 aa  81.3  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 		 156 aa  80.9  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  40.65 
 
 		 153 aa  80.9  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.62 
 
 		 166 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.53 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  40.48 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  37.75 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  41.73 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  41.09 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3966  TonB system transport protein ExbD  40.65 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.05 
 
 		 152 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  37.8 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  38.76 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  38.24 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.33 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.55 
 
 		 156 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.55 
 
 		 156 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.3 
 
 		 148 aa  78.2  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>