More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3414 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3414  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 111 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.218982  normal  0.91457 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1936  ArsR family transcriptional regulator  81.44 
 
 		 97 aa  159  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1644  ArsR family transcriptional regulator  74.23 
 
 		 97 aa  147  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3418  regulatory protein ArsR  72.16 
 
 		 99 aa  143  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.799155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3941  regulatory protein ArsR  72.92 
 
 		 99 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1407  regulatory protein, ArsR  76.19 
 
 		 92 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4077  transcriptional regulator, ArsR family  77.92 
 
 		 99 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0520951  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4201  ArsR family transcriptional regulator  67.02 
 
 		 94 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.314782  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0493  transcriptional regulator  52 
 
 		 117 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.877737 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4387  ArsR family transcriptional regulator  48 
 
 		 115 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0574  ArsR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 114 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.191131 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0532  ArsR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 114 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0532  arsenical resistence operon repressor  50 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3781  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00283923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2400  ArsR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 115 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3499  ArsR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 114 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3834  regulatory protein ArsR  48.68 
 
 		 114 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0532  ArsR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 114 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0491  regulatory protein, ArsR  48.68 
 
 		 114 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3960  ArsR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 114 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3738  ArsR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 116 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3777  transcriptional regulator, ArsR family  48.68 
 
 		 114 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0417  ArsR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 115 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2463  transcriptional regulator, ArsR family  37.5 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.104943  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35130  arsenic resistance transcriptional regulator  45.68 
 
 		 116 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.362165  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3358  ArsR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 275 aa  70.9  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.426914  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1851  regulatory protein ArsR  41.86 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120336  hitchhiker  0.00320391 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2391  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  38.67 
 
 		 106 aa  70.5  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0047  transcriptional repressor of chromosomal ars operon  46.15 
 
 		 112 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0346943  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3820  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  34.74 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1291  ArsR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.00000700515  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03350  DNA-binding transcriptional repressor  34.74 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449816  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0213  transcriptional regulator, ArsR family  34.74 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1301  transcriptional regulator, ArsR family  44.12 
 
 		 112 aa  68.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3703  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  34.74 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03303  hypothetical protein  34.74 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.521109  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3984  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  34.74 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0215  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  34.74 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.807623 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1112  regulatory protein, ArsR  53.45 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.202553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3415  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  39.74 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.64554  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0944  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  39.74 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0793455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3281  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  39.74 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1220  regulatory protein, ArsR  41.33 
 
 		 115 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2563  transcriptional regulator, ArsR family  46.77 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000881945  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3638  regulatory protein, ArsR  37.14 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3793  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  33.68 
 
 		 117 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.462226 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3820  regulatory protein, ArsR  42.67 
 
 		 115 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2335  ArsR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 115 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0758735 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4850  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  33.68 
 
 		 117 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1705  ArsR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0202215  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2718  arsenic resistance transcriptional regulator  39.51 
 
 		 115 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0829  regulatory protein, ArsR  39.24 
 
 		 87 aa  65.9  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000111816  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1925  putative transcriptional regulator, ArsR family  45.07 
 
 		 117 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.26024  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4255  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  36 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0970362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3077  ArsR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 115 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11041  regulatory proteins, ArsR family protein  47.06 
 
 		 92 aa  66.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.74054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1519  ArsR family transcriptional regulator  44 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.760386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3265  DNA-binding transcriptional repressor ArsR  32.94 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.426244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3034  regulatory protein, ArsR  39.51 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03333  predicted transcriptional regulator  38.67 
 
 		 113 aa  64.7  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4155  transcriptional regulator, ArsR family  45 
 
 		 104 aa  64.3  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0245  transcriptional regulator, ArsR family  45.95 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.13897  normal  0.794809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1504  regulatory protein, ArsR  34.07 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3239  ArsR family transcriptional regulator  38 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.366453 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2071  regulatory protein, ArsR  36.71 
 
 		 107 aa  63.5  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.3776  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1324  regulatory protein, ArsR  36.71 
 
 		 107 aa  63.5  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4004  transcriptional regulator, ArsR family protein  40 
 
 		 270 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0563  ArsR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3398  ArsR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.88548  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1930  arsenic resistance transcriptional regulator  43.21 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406567  unclonable  0.000000264829 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14690  regulatory protein ArsR  34.48 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  3.27611e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2350  transcriptional regulator, ArsR family  42.47 
 
 		 112 aa  63.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.917554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1608  transcriptional regulator, ArsR family  41.43 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0446  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 107 aa  62  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.613441  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11581  ArsR family regulatory protein  40.51 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0535916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1112  ArsR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1847  ArsR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 105 aa  61.2  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.006299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8609  transcriptional regulator, ArsR family  33.01 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.498066 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20100  regulatory protein ArsR  45.31 
 
 		 113 aa  60.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0726  ArsR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.676551  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6418  transcriptional regulator, ArsR family  38.71 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3552  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  44.74 
 
 		 305 aa  60.8  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2713  ArsR family transcriptional regulator  44 
 
 		 114 aa  60.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1872  transcriptional regulator, ArsR family  41.67 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1091  arsenical resistance operon repressor  32.29 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000544872  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5146  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.426195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25920  regulatory protein, ArsR family  36.78 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0561  regulatory protein, ArsR  31.87 
 
 		 108 aa  60.5  0.000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3637  transcriptional regulator of ArsR family protein  38.82 
 
 		 115 aa  60.5  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.227676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0208  transcriptional regulator, ArsR family  39.53 
 
 		 133 aa  60.1  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1005  ArsR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.146198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1189  transcriptional regulator, ArsR family  38.71 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3326  transcriptional regulator, ArsR family  40.24 
 
 		 115 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4496  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.77 
 
 		 113 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.698258  normal  0.92567 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2827  transcriptional regulator, ArsR family  49.21 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5422  transcriptional regulator, ArsR family  37.97 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.424313 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1709  regulatory protein, ArsR  36.11 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.641159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1900  regulatory protein, ArsR  41.98 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0821  ArsR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12351  ArsR family regulatory protein  35.8 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>