82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1952 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1952  hypothetical protein  100 
 
 		 192 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3507  hypothetical protein  92.19 
 
 		 192 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.315458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3055  hypothetical protein  76.56 
 
 		 193 aa  317  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2072  protein of unknown function DUF1214  83.05 
 
 		 192 aa  311  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1402  hypothetical protein  78.53 
 
 		 192 aa  311  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.394678  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1786  hypothetical protein  78.65 
 
 		 192 aa  298  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.347459  normal  0.0683375 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1149  hypothetical protein  74.35 
 
 		 192 aa  282  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1410  hypothetical protein  48.17 
 
 		 191 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1663  protein of unknown function DUF1214  47.12 
 
 		 192 aa  168  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0877  hypothetical protein  44.77 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  hitchhiker  0.000472414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0863  protein of unknown function DUF1214  44.31 
 
 		 227 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.659505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0927  hypothetical protein  40.43 
 
 		 243 aa  124  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0888  protein of unknown function DUF1214  43.71 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1322  hypothetical protein  38.14 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0719  protein of unknown function DUF1214  44.89 
 
 		 237 aa  121  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0506594  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1116  hypothetical protein  43.27 
 
 		 250 aa  121  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.521677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0625  hypothetical protein  39.69 
 
 		 195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.769425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1632  hypothetical protein  43.42 
 
 		 188 aa  115  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.208054 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2678  hypothetical protein  36.81 
 
 		 200 aa  110  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0582  hypothetical protein  36.7 
 
 		 203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0582  hypothetical protein  36.7 
 
 		 203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0921735  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1021  protein of unknown function DUF1214  34.9 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0893  protein of unknown function DUF1214  34.9 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.547941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0895  hypothetical protein  37.5 
 
 		 194 aa  105  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0882  hypothetical protein  34.44 
 
 		 194 aa  98.2  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.314045  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0839  hypothetical protein  31.45 
 
 		 189 aa  85.9  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0841  hypothetical protein  31.65 
 
 		 191 aa  85.1  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0072  hypothetical protein  26.46 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  33.87 
 
 		 459 aa  64.7  0.0000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  25.93 
 
 		 490 aa  62  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  35.48 
 
 		 490 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  33.06 
 
 		 488 aa  58.5  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  33.1 
 
 		 465 aa  58.2  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  31.45 
 
 		 478 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2218  hypothetical protein  25.41 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  30.25 
 
 		 485 aa  53.9  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  32.67 
 
 		 447 aa  53.9  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  33.02 
 
 		 470 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  33.33 
 
 		 473 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  30.65 
 
 		 476 aa  53.1  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  30.23 
 
 		 476 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  33.61 
 
 		 462 aa  52  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  30.84 
 
 		 465 aa  51.6  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  26.56 
 
 		 445 aa  50.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  27.27 
 
 		 445 aa  50.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  25.95 
 
 		 461 aa  50.8  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  32.26 
 
 		 442 aa  50.1  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  28.75 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  30.81 
 
 		 479 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  31.33 
 
 		 438 aa  49.7  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  28.26 
 
 		 492 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5319  hypothetical protein  36.71 
 
 		 467 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  29.08 
 
 		 464 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  28.95 
 
 		 488 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  28.47 
 
 		 435 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  31.58 
 
 		 473 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  27.4 
 
 		 222 aa  48.5  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  27.97 
 
 		 482 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  29.03 
 
 		 469 aa  47.8  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  27.16 
 
 		 474 aa  47.4  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3377  putative lipoprotein  26.4 
 
 		 499 aa  46.6  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  32.26 
 
 		 798 aa  46.6  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  24.63 
 
 		 462 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  27.45 
 
 		 467 aa  47  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  26.81 
 
 		 512 aa  46.6  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  28.8 
 
 		 436 aa  45.4  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  31.58 
 
 		 477 aa  45.4  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  24.49 
 
 		 484 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  27.97 
 
 		 482 aa  43.9  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  31.17 
 
 		 421 aa  44.3  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  28 
 
 		 480 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  29.93 
 
 		 437 aa  43.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  33.01 
 
 		 472 aa  43.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  28.8 
 
 		 481 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  32.54 
 
 		 484 aa  42.4  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  35 
 
 		 479 aa  42.4  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2624  protein of unknown function DUF1214  32.03 
 
 		 459 aa  42.4  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000350326  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  31.43 
 
 		 493 aa  42.4  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  35.44 
 
 		 480 aa  41.6  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  34.21 
 
 		 472 aa  41.6  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1209  hypothetical protein  28.12 
 
 		 445 aa  41.6  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.376745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  32.04 
 
 		 465 aa  41.6  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>