93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3507 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3507  hypothetical protein  100 
 
 		 192 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.315458 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1952  hypothetical protein  92.19 
 
 		 192 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3055  hypothetical protein  78.65 
 
 		 193 aa  320  6e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1402  hypothetical protein  79.58 
 
 		 192 aa  315  3e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.394678  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2072  protein of unknown function DUF1214  81.36 
 
 		 192 aa  306  9e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1786  hypothetical protein  80.73 
 
 		 192 aa  303  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.347459  normal  0.0683375 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1149  hypothetical protein  74.35 
 
 		 192 aa  279  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1410  hypothetical protein  47.64 
 
 		 191 aa  181  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1663  protein of unknown function DUF1214  46.07 
 
 		 192 aa  164  8e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372229 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0863  protein of unknown function DUF1214  46.43 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.659505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0877  hypothetical protein  43.6 
 
 		 227 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  hitchhiker  0.000472414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0927  hypothetical protein  42.33 
 
 		 243 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0888  protein of unknown function DUF1214  45.83 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1116  hypothetical protein  45.03 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.521677 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1322  hypothetical protein  37.56 
 
 		 215 aa  123  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0719  protein of unknown function DUF1214  44.89 
 
 		 237 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0506594  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0625  hypothetical protein  40.21 
 
 		 195 aa  119  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.769425  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0582  hypothetical protein  37.77 
 
 		 203 aa  116  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0921735  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0582  hypothetical protein  37.77 
 
 		 203 aa  116  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1632  hypothetical protein  42.86 
 
 		 188 aa  114  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.208054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1021  protein of unknown function DUF1214  35.42 
 
 		 195 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0893  protein of unknown function DUF1214  35.42 
 
 		 195 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.547941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2678  hypothetical protein  35.75 
 
 		 200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0895  hypothetical protein  37.5 
 
 		 194 aa  105  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0882  hypothetical protein  35.56 
 
 		 194 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.314045  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0841  hypothetical protein  32.91 
 
 		 191 aa  84.3  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0839  hypothetical protein  31.45 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0072  hypothetical protein  27.51 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  26.54 
 
 		 490 aa  60.5  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  33.87 
 
 		 459 aa  59.7  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  34.68 
 
 		 478 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2218  hypothetical protein  25.41 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  34.68 
 
 		 490 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  32.39 
 
 		 465 aa  54.7  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  32.26 
 
 		 488 aa  54.3  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  36.07 
 
 		 462 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  29.03 
 
 		 512 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  34.68 
 
 		 442 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  34.26 
 
 		 473 aa  52.4  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  32.08 
 
 		 470 aa  52.4  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  29.92 
 
 		 488 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  28.91 
 
 		 445 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  29.41 
 
 		 485 aa  50.8  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  31.78 
 
 		 476 aa  50.1  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  29.45 
 
 		 222 aa  49.3  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  31.4 
 
 		 479 aa  49.3  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  30.5 
 
 		 464 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  32.21 
 
 		 438 aa  48.5  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  29.03 
 
 		 469 aa  48.5  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  39.45 
 
 		 447 aa  48.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  31.45 
 
 		 476 aa  48.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  28.47 
 
 		 435 aa  47.4  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3377  putative lipoprotein  27.93 
 
 		 499 aa  47.8  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  28.3 
 
 		 445 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  32.47 
 
 		 421 aa  46.2  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  27.16 
 
 		 474 aa  46.2  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  35 
 
 		 798 aa  46.2  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  28.69 
 
 		 467 aa  45.8  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  26.61 
 
 		 492 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  31.47 
 
 		 482 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  29.37 
 
 		 482 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  31.58 
 
 		 473 aa  45.1  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  34.18 
 
 		 477 aa  44.7  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  34.51 
 
 		 484 aa  44.3  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  23.84 
 
 		 461 aa  44.3  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5319  hypothetical protein  35.63 
 
 		 467 aa  44.3  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  29.6 
 
 		 480 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  29.91 
 
 		 480 aa  43.5  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3704  hypothetical protein  30.43 
 
 		 436 aa  43.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  32.12 
 
 		 437 aa  43.5  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  26.88 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  35.14 
 
 		 480 aa  43.5  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  40.98 
 
 		 472 aa  43.5  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  26.17 
 
 		 465 aa  43.5  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  24.49 
 
 		 484 aa  42.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3163  hypothetical protein  33.96 
 
 		 479 aa  42.7  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  35.4 
 
 		 473 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  33.63 
 
 		 473 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  35.4 
 
 		 473 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  35.4 
 
 		 432 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  35.4 
 
 		 473 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  35.4 
 
 		 473 aa  42.4  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  35.4 
 
 		 473 aa  42.4  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2624  protein of unknown function DUF1214  32.89 
 
 		 459 aa  42  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000350326  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  30.13 
 
 		 478 aa  42  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3213  hypothetical protein  33.96 
 
 		 479 aa  42.4  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211255  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3151  hypothetical protein  33.96 
 
 		 479 aa  42.4  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00208087  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1209  hypothetical protein  28.57 
 
 		 445 aa  41.6  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.376745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  34.95 
 
 		 472 aa  41.2  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  34.04 
 
 		 480 aa  41.2  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  29.6 
 
 		 436 aa  41.2  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3037  hypothetical protein  30.39 
 
 		 496 aa  41.2  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.533722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  29.87 
 
 		 493 aa  41.2  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>