172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0247 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0247  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  100 
 
 
210 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0645114 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  65.79 
 
 
335 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  45.35 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  49.37 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  43.3 
 
 
328 aa  78.2  0.00000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  46.51 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  45.35 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  48.72 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  47.78 
 
 
689 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  41.76 
 
 
387 aa  73.6  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  43.48 
 
 
810 aa  73.6  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  44.58 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.58 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  45.05 
 
 
580 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  45.78 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  46.67 
 
 
354 aa  71.6  0.000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.64 
 
 
329 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.58 
 
 
329 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  41.05 
 
 
819 aa  70.9  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.71 
 
 
334 aa  70.9  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  45.56 
 
 
391 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  44.44 
 
 
1094 aa  70.1  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  42.53 
 
 
335 aa  70.1  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  43.04 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.38 
 
 
335 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.76 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.56 
 
 
326 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  47.5 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  42.05 
 
 
314 aa  69.3  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  36.79 
 
 
1667 aa  68.2  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.51 
 
 
320 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.95 
 
 
324 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.59 
 
 
362 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  45 
 
 
327 aa  66.2  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  40 
 
 
362 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.5 
 
 
517 aa  65.1  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.25 
 
 
324 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.18 
 
 
1170 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  38.46 
 
 
250 aa  63.5  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  33.33 
 
 
334 aa  63.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.56 
 
 
312 aa  63.2  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.56 
 
 
415 aa  63.5  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.08 
 
 
329 aa  63.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  40.51 
 
 
366 aa  63.5  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.14 
 
 
320 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  38.3 
 
 
971 aa  63.2  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  36.14 
 
 
312 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.1 
 
 
334 aa  62.8  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  37.29 
 
 
354 aa  62.4  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  45.95 
 
 
348 aa  62  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.67 
 
 
821 aa  61.6  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  44.3 
 
 
353 aa  61.6  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.56 
 
 
323 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.14 
 
 
338 aa  60.1  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.48 
 
 
345 aa  60.1  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.16 
 
 
321 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  39.24 
 
 
776 aa  59.7  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  43.28 
 
 
348 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  36.27 
 
 
272 aa  59.3  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.33 
 
 
311 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  35.94 
 
 
556 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  33.75 
 
 
325 aa  58.9  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.98 
 
 
347 aa  58.5  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.56 
 
 
366 aa  58.2  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.25 
 
 
311 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  39.56 
 
 
313 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  40.26 
 
 
366 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.39 
 
 
323 aa  57.4  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0103  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  38.89 
 
 
192 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  36.71 
 
 
329 aa  57  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.2 
 
 
320 aa  57  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.79 
 
 
406 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.04 
 
 
752 aa  57  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  38.89 
 
 
479 aa  56.6  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  37.66 
 
 
488 aa  56.2  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  36.26 
 
 
1189 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.96 
 
 
366 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.08 
 
 
336 aa  55.8  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0105  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  34.23 
 
 
140 aa  55.5  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1789  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  37.66 
 
 
336 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  36.26 
 
 
332 aa  55.5  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.14 
 
 
491 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.14 
 
 
491 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  34.44 
 
 
487 aa  55.1  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.63 
 
 
417 aa  55.1  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6217  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.11 
 
 
829 aa  54.7  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.597655  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.19 
 
 
328 aa  55.1  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1814  hypothetical protein  43.48 
 
 
129 aa  54.7  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.05 
 
 
383 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.47 
 
 
493 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  34.41 
 
 
329 aa  53.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.37 
 
 
478 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.37 
 
 
478 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.83 
 
 
314 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  34.12 
 
 
479 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5399  hypothetical protein  33.72 
 
 
500 aa  52.8  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.57 
 
 
362 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5321  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.57 
 
 
362 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5410  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.57 
 
 
362 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.186249 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>