92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3397 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3397  hypothetical protein  100 
 
 		 177 aa  350  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.028147  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2044  hypothetical protein  88.7 
 
 		 176 aa  300  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0213707  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2183  putative exported protein of unknown function  87.08 
 
 		 178 aa  278  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.546287  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2062  hypothetical protein  75.14 
 
 		 170 aa  261  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.142574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1211  hypothetical protein  72.88 
 
 		 170 aa  256  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.176992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1468  hypothetical protein  71.75 
 
 		 170 aa  254  4e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.932196  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3458  hypothetical protein  69.33 
 
 		 178 aa  227  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220051 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4258  putative transmembrane signal peptide protein  56.67 
 
 		 245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.105923 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2013  hypothetical protein  41.22 
 
 		 235 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.620932  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1975  putative transmembrane signal peptide protein  42.07 
 
 		 230 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4379  putative transmembrane signal peptide protein  49.59 
 
 		 233 aa  97.8  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0759389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0868  putative transmembrane signal peptide protein  48.44 
 
 		 230 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.533074  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0907  putative transmembrane signal peptide protein  48.44 
 
 		 230 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0170092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3772  putative transmembrane signal peptide protein  47.54 
 
 		 235 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0841  conserved hypothetical transmembrane signal peptide protein  47.66 
 
 		 230 aa  94.4  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.414493  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0864  hypothetical protein  39.83 
 
 		 234 aa  89.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2084  hypothetical protein  39.67 
 
 		 233 aa  89.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.347175  normal  0.824973 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0855  hypothetical protein  39.83 
 
 		 220 aa  89.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2321  hypothetical protein  39.34 
 
 		 233 aa  87  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1606  putative transmembrane signal peptide protein  40.91 
 
 		 233 aa  86.3  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.284627  normal  0.150765 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2363  hypothetical protein  38.98 
 
 		 234 aa  85.1  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2820  putative protease  37.86 
 
 		 169 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.292087  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1550  hypothetical protein  40.68 
 
 		 232 aa  81.3  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0292681  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2391  putative protease  37.19 
 
 		 169 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.283206  normal  0.0115884 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2044  hypothetical protein  36.36 
 
 		 166 aa  77.4  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00747676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0506  hypothetical protein  36.3 
 
 		 169 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.480359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1315  hypothetical protein  34.13 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.037732  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1817  hypothetical protein  36.13 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.384251 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0952  hypothetical protein  30.88 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0256489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0303  hypothetical protein  35.54 
 
 		 170 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0830105  normal  0.23764 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1054  hypothetical protein  38.79 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.404862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0265  putative aspartyl protease  34.13 
 
 		 261 aa  74.7  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.556138 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0576  hypothetical protein  36.52 
 
 		 161 aa  74.3  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0478  hypothetical protein  35.54 
 
 		 172 aa  74.3  0.0000000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4466  hypothetical protein  31.82 
 
 		 189 aa  74.3  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.115981  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2562  aspartyl protease-like protein  31.82 
 
 		 269 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0535  conserved hypothetical protein; putative signal peptide; putative protease  30.3 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0956  hypothetical protein  36.44 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.246456 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0457  hypothetical protein  27.88 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.530921  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0360  hypothetical protein  29.7 
 
 		 175 aa  72.4  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.591707 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4178  hypothetical protein  31.84 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7351  putative protease  35.48 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2473  hypothetical protein  34.04 
 
 		 225 aa  70.9  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.964119  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0905  hypothetical protein  33.61 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19223  normal  0.0470095 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1347  hypothetical protein  34.97 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.156932 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0232  hypothetical protein  35.45 
 
 		 173 aa  69.7  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0548  hypothetical protein  35.54 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.480167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11490  hypothetical protein  37.5 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4853  hypothetical protein  34.82 
 
 		 169 aa  67.8  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1053  hypothetical protein  36.54 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0236  hypothetical protein  28.32 
 
 		 171 aa  65.9  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.94297  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1124  aspartyl protease-like protein  33.02 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0950664 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1079  hypothetical protein  30.99 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.524311  normal  0.629911 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3849  aspartyl protease-like protein  36.54 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1424  aspartyl protease-like protein  31.28 
 
 		 184 aa  61.2  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1541  hypothetical protein  31.78 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1566  aspartyl protease-like protein  32.08 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2897  hypothetical protein  32.08 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.905057  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0553  hypothetical protein  30.43 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.616419  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4961  hypothetical protein  33.6 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0585  hypothetical protein  30.66 
 
 		 212 aa  57  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.013644 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1922  peptidase A2A  32.1 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.331274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1595  hypothetical protein  34.62 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0502  hypothetical protein  35.9 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3040  peptidase  31.62 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3770  hypothetical protein  33.06 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3451  hypothetical protein  33.07 
 
 		 223 aa  53.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000912858 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4782  hypothetical protein  36.44 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0468476  normal  0.490808 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0455  hypothetical protein  34.75 
 
 		 193 aa  51.6  0.000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3346  hypothetical protein  33.05 
 
 		 158 aa  51.2  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3026  hypothetical protein  32.69 
 
 		 216 aa  50.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.300104  normal  0.926342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4705  hypothetical protein  36.36 
 
 		 172 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.103794  normal  0.943314 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2135  hypothetical protein  35.4 
 
 		 213 aa  50.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000225345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4789  hypothetical protein  35.92 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0567723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4913  hypothetical protein  35.92 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1241  peptidase aspartic family  33.67 
 
 		 231 aa  50.1  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.319117 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65630  hypothetical protein  29.45 
 
 		 174 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0877  hypothetical protein  33.33 
 
 		 215 aa  48.5  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1853  hypothetical protein  34.51 
 
 		 214 aa  47.8  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2662  hypothetical protein  30.88 
 
 		 216 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4966  hypothetical protein  33.98 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.590906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5694  hypothetical protein  35.35 
 
 		 161 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03229  predicted aspartyl protease  29.37 
 
 		 172 aa  45.4  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0206524  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1983  hypothetical protein  26.26 
 
 		 163 aa  45.4  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1988  hypothetical protein  26.26 
 
 		 163 aa  45.4  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0602  aspartyl protease-like protein  31.31 
 
 		 174 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3634  hypothetical protein  33.06 
 
 		 160 aa  44.7  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00176543  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4231  aspartyl protease-like protein  27.94 
 
 		 175 aa  44.7  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2751  hypothetical protein  34.74 
 
 		 214 aa  44.3  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.448599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2241  hypothetical protein  33.33 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.103232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3391  putative peptidase A2A  25 
 
 		 425 aa  42  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4812  hypothetical protein  25.22 
 
 		 188 aa  42  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>