More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0335 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2795  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 		 370 aa  659    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0226  3-isopropylmalate dehydrogenase  94.04 
 
 		 370 aa  710    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 370 aa  750    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.24 
 
 		 370 aa  637    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300052  normal  0.0119637 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0240  3-isopropylmalate dehydrogenase  91.6 
 
 		 378 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.198337  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0490  3-isopropylmalate dehydrogenase  96.22 
 
 		 370 aa  726    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3595  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.09 
 
 		 370 aa  649    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2589  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.39 
 
 		 370 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3287  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.64 
 
 		 371 aa  560  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.339501  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0890  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.37 
 
 		 370 aa  557  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0834  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.37 
 
 		 370 aa  557  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.653748  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3510  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.89 
 
 		 370 aa  554  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100166 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.2 
 
 		 370 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.143543  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3178  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.01 
 
 		 370 aa  550  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4224  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.2 
 
 		 370 aa  547  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.185237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3381  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.64 
 
 		 370 aa  547  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.461666  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4359  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.83 
 
 		 370 aa  544  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1182  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.27 
 
 		 369 aa  525  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2747  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.38 
 
 		 369 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.260828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2524  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.13 
 
 		 369 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.714708  normal  0.231769 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2452  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.38 
 
 		 369 aa  514  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0855456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7390  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.54 
 
 		 368 aa  512  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6646  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.65 
 
 		 368 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1425  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.22 
 
 		 368 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2669  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.94 
 
 		 369 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2147  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.73 
 
 		 370 aa  450  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.377914  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0081  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.14 
 
 		 368 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0813149 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0162  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.68 
 
 		 369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2518  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.6 
 
 		 369 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 		 366 aa  444  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3282  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 370 aa  438  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.225159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1191  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.4 
 
 		 370 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3762  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 367 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0440  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.63 
 
 		 373 aa  428  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.506295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0859  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.57 
 
 		 351 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0213  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.72 
 
 		 350 aa  409  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.64 
 
 		 360 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.07 
 
 		 359 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.1 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.04 
 
 		 359 aa  399  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.92 
 
 		 379 aa  395  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.83 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.28 
 
 		 360 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.52 
 
 		 359 aa  392  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.97 
 
 		 361 aa  392  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.37 
 
 		 360 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.73 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.73 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.83 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.73 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.46 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.01 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.17 
 
 		 357 aa  385  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.01 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.19 
 
 		 362 aa  381  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.06 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.62 
 
 		 357 aa  381  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.15 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.35 
 
 		 350 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.31 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.5 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.91 
 
 		 356 aa  378  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.03 
 
 		 359 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.28 
 
 		 357 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.1 
 
 		 365 aa  373  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 356 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.04 
 
 		 357 aa  371  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.04 
 
 		 367 aa  372  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.41 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.96 
 
 		 357 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.63 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.35 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.59 
 
 		 356 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.41 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.22 
 
 		 357 aa  365  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1901  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.45 
 
 		 352 aa  366  1e-100  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.88 
 
 		 362 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.86 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.68 
 
 		 351 aa  365  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.42 
 
 		 361 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.26 
 
 		 371 aa  365  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.04 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.22 
 
 		 357 aa  364  1e-99  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  50 
 
 		 358 aa  363  2e-99  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.96 
 
 		 362 aa  363  2e-99  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.9 
 
 		 362 aa  363  3e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.05 
 
 		 362 aa  363  4e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.12 
 
 		 353 aa  362  4e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.78 
 
 		 356 aa  362  8e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.38 
 
 		 363 aa  360  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.21 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.68 
 
 		 362 aa  359  4e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.18 
 
 		 364 aa  359  5e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0740  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.48 
 
 		 353 aa  357  1.9999999999999998e-97  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.07 
 
 		 356 aa  357  2.9999999999999997e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.1 
 
 		 355 aa  357  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.51 
 
 		 363 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0674  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.28 
 
 		 355 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00238259  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2173  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.35 
 
 		 352 aa  355  5e-97  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>