More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0602 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  90.61 
 
 		 362 aa  678    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  95.58 
 
 		 362 aa  711    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  92.27 
 
 		 362 aa  689    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 362 aa  738    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  88.95 
 
 		 363 aa  659    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  90.61 
 
 		 362 aa  679    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.57 
 
 		 362 aa  660    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.76 
 
 		 365 aa  564  1e-160  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0785  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.67 
 
 		 369 aa  489  1e-137  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.537709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 		 363 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 363 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.28 
 
 		 363 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 		 363 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 363 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 363 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 363 aa  455  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 363 aa  455  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 363 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 363 aa  455  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 363 aa  457  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 363 aa  455  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  60.61 
 
 		 363 aa  455  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 363 aa  455  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 363 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 363 aa  452  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.17 
 
 		 358 aa  454  1.0000000000000001e-126  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 363 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3406  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.89 
 
 		 363 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 363 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.22 
 
 		 363 aa  444  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 363 aa  443  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 360 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4209  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.21 
 
 		 362 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 		 350 aa  433  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 		 364 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.67 
 
 		 365 aa  434  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 360 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 		 364 aa  428  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 360 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 		 360 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 		 364 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.54 
 
 		 355 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 		 364 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3608  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 		 363 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 		 364 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 		 364 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 		 364 aa  428  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 360 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 360 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 360 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 		 364 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 		 364 aa  430  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 360 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.16 
 
 		 356 aa  427  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.77 
 
 		 360 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.54 
 
 		 364 aa  425  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.99 
 
 		 355 aa  427  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3269  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.6 
 
 		 366 aa  425  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 		 364 aa  427  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.91 
 
 		 364 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.27 
 
 		 363 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 		 356 aa  423  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 357 aa  422  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.43 
 
 		 356 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 		 357 aa  423  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 359 aa  423  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.54 
 
 		 364 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.72 
 
 		 360 aa  421  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1819  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.22 
 
 		 356 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.7246  normal  0.707373 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.43 
 
 		 357 aa  419  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.22 
 
 		 351 aa  418  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.4 
 
 		 354 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.38 
 
 		 362 aa  421  1e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.39 
 
 		 360 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.76 
 
 		 356 aa  414  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.78 
 
 		 357 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 360 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.98 
 
 		 364 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2143  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.39 
 
 		 356 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2887  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.07 
 
 		 355 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.423656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.91 
 
 		 364 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.52 
 
 		 355 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.17 
 
 		 359 aa  413  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.1 
 
 		 354 aa  412  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.3 
 
 		 358 aa  412  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.1 
 
 		 357 aa  412  1e-114  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.1 
 
 		 354 aa  412  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 		 357 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.46 
 
 		 358 aa  414  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 		 364 aa  413  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 		 356 aa  408  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4369  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.52 
 
 		 355 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.04 
 
 		 357 aa  408  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 356 aa  408  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>