More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0490 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2795  3-isopropylmalate dehydrogenase  86.45 
 
 		 370 aa  665    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0226  3-isopropylmalate dehydrogenase  94.58 
 
 		 370 aa  712    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  96.22 
 
 		 370 aa  726    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0240  3-isopropylmalate dehydrogenase  90.24 
 
 		 378 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.198337  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0490  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 370 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3595  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.91 
 
 		 370 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.78 
 
 		 370 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300052  normal  0.0119637 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0834  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.37 
 
 		 370 aa  558  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.653748  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0890  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.37 
 
 		 370 aa  558  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3510  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.7 
 
 		 370 aa  559  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2589  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.84 
 
 		 370 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3287  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.37 
 
 		 371 aa  560  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.339501  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3178  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.28 
 
 		 370 aa  554  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.01 
 
 		 370 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.143543  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4224  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.74 
 
 		 370 aa  551  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.185237 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4359  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.91 
 
 		 370 aa  550  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3381  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.1 
 
 		 370 aa  544  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.461666  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1182  3-isopropylmalate dehydrogenase  76.37 
 
 		 369 aa  529  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2747  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.84 
 
 		 369 aa  512  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.260828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2524  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.31 
 
 		 369 aa  511  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.714708  normal  0.231769 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2452  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.57 
 
 		 369 aa  509  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0855456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7390  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.46 
 
 		 368 aa  504  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6646  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.57 
 
 		 368 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2669  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.67 
 
 		 369 aa  478  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1425  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.22 
 
 		 368 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2147  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.92 
 
 		 370 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.377914  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0162  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.68 
 
 		 369 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0081  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.14 
 
 		 368 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0813149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.68 
 
 		 366 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2518  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.05 
 
 		 369 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3282  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.51 
 
 		 370 aa  434  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.225159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3762  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.51 
 
 		 367 aa  436  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1191  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.76 
 
 		 370 aa  430  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0440  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.73 
 
 		 373 aa  429  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.506295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0859  3-isopropylmalate dehydrogenase  60 
 
 		 351 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.07 
 
 		 359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0213  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.44 
 
 		 350 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.55 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 359 aa  399  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.28 
 
 		 360 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.92 
 
 		 379 aa  395  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.01 
 
 		 360 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.46 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.46 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.46 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.72 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.01 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.19 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.7 
 
 		 359 aa  385  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.73 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.01 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.01 
 
 		 360 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.42 
 
 		 361 aa  383  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.89 
 
 		 357 aa  380  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.64 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.07 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.76 
 
 		 356 aa  375  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.04 
 
 		 362 aa  371  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.08 
 
 		 362 aa  374  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1901  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.27 
 
 		 352 aa  371  1e-102  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.03 
 
 		 359 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.24 
 
 		 357 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.52 
 
 		 357 aa  373  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.33 
 
 		 357 aa  374  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.6 
 
 		 357 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.8 
 
 		 350 aa  368  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.88 
 
 		 357 aa  368  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.64 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.04 
 
 		 357 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.88 
 
 		 356 aa  368  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.33 
 
 		 367 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.88 
 
 		 356 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.59 
 
 		 362 aa  364  1e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.37 
 
 		 354 aa  364  1e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.59 
 
 		 362 aa  364  1e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.08 
 
 		 353 aa  363  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0740  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.04 
 
 		 353 aa  364  2e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.9 
 
 		 362 aa  363  3e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.73 
 
 		 356 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2173  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.63 
 
 		 352 aa  361  1e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.63 
 
 		 362 aa  361  1e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.9 
 
 		 362 aa  361  1e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.75 
 
 		 361 aa  361  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0738  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.17 
 
 		 358 aa  360  2e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.96 
 
 		 362 aa  360  2e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1720  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.93 
 
 		 353 aa  360  2e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424747 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.69 
 
 		 351 aa  360  3e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0603  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.59 
 
 		 353 aa  359  5e-98  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.78 
 
 		 356 aa  359  5e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0850  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.45 
 
 		 352 aa  358  6e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.898844  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.42 
 
 		 353 aa  358  7e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1934  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.34 
 
 		 367 aa  358  9e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00169189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 		 371 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.67 
 
 		 369 aa  357  9.999999999999999e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.93 
 
 		 363 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.69 
 
 		 357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.41 
 
 		 363 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1410  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.73 
 
 		 367 aa  356  2.9999999999999997e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.531545  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.69 
 
 		 357 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.18 
 
 		 358 aa  355  5e-97  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>