More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1425 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1425  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 368 aa  747    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4224  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.58 
 
 		 370 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.185237 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3178  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.21 
 
 		 370 aa  509  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2589  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.6 
 
 		 370 aa  507  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3287  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.03 
 
 		 371 aa  501  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.339501  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0890  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.57 
 
 		 370 aa  502  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0834  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.57 
 
 		 370 aa  502  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.653748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.12 
 
 		 370 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.143543  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2524  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.51 
 
 		 369 aa  499  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.714708  normal  0.231769 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2747  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.85 
 
 		 369 aa  499  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.260828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.12 
 
 		 370 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300052  normal  0.0119637 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2452  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.96 
 
 		 369 aa  496  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0855456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0240  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.49 
 
 		 378 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.198337  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4359  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.76 
 
 		 370 aa  487  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3595  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.67 
 
 		 370 aa  485  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3381  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.87 
 
 		 370 aa  484  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.461666  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0440  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.04 
 
 		 373 aa  484  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.506295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2795  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.4 
 
 		 370 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0226  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.12 
 
 		 370 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.22 
 
 		 370 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3510  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.19 
 
 		 370 aa  481  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100166 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7390  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.57 
 
 		 368 aa  484  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6646  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.57 
 
 		 368 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2669  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.3 
 
 		 369 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2518  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.93 
 
 		 369 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0490  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.22 
 
 		 370 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0162  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.65 
 
 		 369 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1191  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 370 aa  474  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.19 
 
 		 366 aa  468  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0081  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.64 
 
 		 368 aa  463  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0813149 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3282  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 		 370 aa  461  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.225159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0859  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.42 
 
 		 351 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2147  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.38 
 
 		 370 aa  457  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.377914  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3762  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.33 
 
 		 367 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1182  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.48 
 
 		 369 aa  442  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0213  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.94 
 
 		 350 aa  434  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 		 359 aa  423  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.74 
 
 		 360 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.2 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.85 
 
 		 359 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 		 357 aa  410  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.3 
 
 		 357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.65 
 
 		 360 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.1 
 
 		 360 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.92 
 
 		 357 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.35 
 
 		 362 aa  397  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.2 
 
 		 357 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.2 
 
 		 361 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.65 
 
 		 360 aa  394  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.39 
 
 		 353 aa  394  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.63 
 
 		 354 aa  393  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.66 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1934  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.22 
 
 		 367 aa  390  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00169189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.46 
 
 		 357 aa  386  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.32 
 
 		 379 aa  385  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.65 
 
 		 359 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1410  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.66 
 
 		 367 aa  382  1e-105  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.531545  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.46 
 
 		 357 aa  383  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.55 
 
 		 356 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 		 351 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.74 
 
 		 356 aa  381  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.97 
 
 		 361 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.99 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.97 
 
 		 361 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0603  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.22 
 
 		 353 aa  372  1e-102  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1571  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.66 
 
 		 367 aa  374  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.468335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.99 
 
 		 357 aa  372  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.7 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.67 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.52 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0740  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.37 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.43 
 
 		 362 aa  365  1e-100  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.66 
 
 		 371 aa  365  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1901  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.24 
 
 		 352 aa  368  1e-100  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0850  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.09 
 
 		 352 aa  365  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.898844  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.68 
 
 		 363 aa  364  1e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.52 
 
 		 356 aa  363  2e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.1 
 
 		 358 aa  364  2e-99  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1720  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.97 
 
 		 353 aa  363  4e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424747 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.97 
 
 		 356 aa  362  4e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  55 
 
 		 352 aa  362  4e-99  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2173  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.7 
 
 		 352 aa  362  8e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.44 
 
 		 355 aa  361  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3576  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.47 
 
 		 355 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.47 
 
 		 357 aa  359  3e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4415  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.47 
 
 		 355 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.82 
 
 		 363 aa  359  3e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3952  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.47 
 
 		 355 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.47 
 
 		 355 aa  359  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.17 
 
 		 355 aa  359  4e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4627  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.47 
 
 		 355 aa  359  4e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29616  predicted protein  54.17 
 
 		 361 aa  359  5e-98  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0674  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.34 
 
 		 355 aa  358  8e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00238259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>