More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1904 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 365 aa  734    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.59 
 
 		 362 aa  568  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.86 
 
 		 362 aa  569  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.14 
 
 		 362 aa  570  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.86 
 
 		 362 aa  568  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.59 
 
 		 362 aa  568  1e-161  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.76 
 
 		 362 aa  564  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.03 
 
 		 363 aa  566  1e-160  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.81 
 
 		 363 aa  476  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.69 
 
 		 363 aa  472  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.97 
 
 		 363 aa  471  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.81 
 
 		 363 aa  472  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.53 
 
 		 363 aa  472  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.81 
 
 		 363 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.26 
 
 		 363 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.81 
 
 		 363 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  62.29 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.01 
 
 		 363 aa  465  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 363 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.41 
 
 		 363 aa  464  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 363 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3406  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.53 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 363 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.01 
 
 		 363 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 		 363 aa  461  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 363 aa  463  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.16 
 
 		 363 aa  461  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.06 
 
 		 358 aa  458  9.999999999999999e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0785  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.85 
 
 		 369 aa  457  1e-127  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.537709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3608  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 363 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.69 
 
 		 360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.39 
 
 		 365 aa  444  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3269  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.05 
 
 		 366 aa  441  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.69 
 
 		 360 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4209  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.66 
 
 		 362 aa  438  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 360 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.13 
 
 		 360 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.64 
 
 		 356 aa  436  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.17 
 
 		 364 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.44 
 
 		 364 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.13 
 
 		 360 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.44 
 
 		 364 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 		 360 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.13 
 
 		 360 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.45 
 
 		 364 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 360 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.38 
 
 		 357 aa  431  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 350 aa  431  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.25 
 
 		 359 aa  431  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.44 
 
 		 364 aa  434  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.73 
 
 		 364 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.73 
 
 		 364 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.33 
 
 		 364 aa  431  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.13 
 
 		 360 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.45 
 
 		 364 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.44 
 
 		 364 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 		 360 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 		 364 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 357 aa  430  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 364 aa  425  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.81 
 
 		 356 aa  427  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 360 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.22 
 
 		 364 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  61 
 
 		 360 aa  422  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.61 
 
 		 364 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.6 
 
 		 364 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.33 
 
 		 364 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.67 
 
 		 362 aa  419  1e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.46 
 
 		 356 aa  414  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.26 
 
 		 354 aa  414  9.999999999999999e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  60 
 
 		 357 aa  415  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.55 
 
 		 371 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.68 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.06 
 
 		 357 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.26 
 
 		 354 aa  414  9.999999999999999e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 		 356 aa  414  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.22 
 
 		 357 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.54 
 
 		 353 aa  411  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 355 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 357 aa  411  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.5 
 
 		 379 aa  412  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.15 
 
 		 358 aa  411  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 		 359 aa  408  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 		 357 aa  408  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4627  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 355 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 		 357 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.91 
 
 		 358 aa  411  1e-113  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0674  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.33 
 
 		 355 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00238259  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.5 
 
 		 362 aa  410  1e-113  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 		 357 aa  408  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3576  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 355 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4415  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 		 355 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 		 356 aa  410  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>