More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2173 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2173  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
352 aa  726    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0738  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.9 
 
 
358 aa  629  1e-179  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1901  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.24 
 
 
352 aa  622  1e-177  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0850  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.09 
 
 
352 aa  621  1e-177  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.898844  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0603  3-isopropylmalate dehydrogenase  81.59 
 
 
353 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1720  3-isopropylmalate dehydrogenase  78.69 
 
 
353 aa  580  1e-164  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.424747 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0740  3-isopropylmalate dehydrogenase  77.56 
 
 
353 aa  574  1.0000000000000001e-163  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.63 
 
 
358 aa  426  1e-118  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.75 
 
 
362 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 
357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.56 
 
 
357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.57 
 
 
362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.23 
 
 
355 aa  402  1e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.87 
 
 
355 aa  401  9.999999999999999e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.86 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.57 
 
 
371 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.23 
 
 
355 aa  395  1e-109  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.34 
 
 
357 aa  396  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.11 
 
 
357 aa  395  1e-109  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 
357 aa  395  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 
361 aa  396  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.93 
 
 
359 aa  394  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.65 
 
 
364 aa  392  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.21 
 
 
356 aa  391  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 
360 aa  390  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
362 aa  388  1e-107  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.57 
 
 
371 aa  390  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2987  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.21 
 
 
362 aa  388  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0123626  normal  0.372327 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.65 
 
 
361 aa  388  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.65 
 
 
361 aa  388  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.42 
 
 
362 aa  387  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 
356 aa  387  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1865  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 
357 aa  386  1e-106  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.436203  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.93 
 
 
357 aa  387  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.29 
 
 
357 aa  387  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4403  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 
360 aa  387  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2147  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.89 
 
 
370 aa  385  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.377914  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.28 
 
 
358 aa  384  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.91 
 
 
356 aa  386  1e-106  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.62 
 
 
354 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.21 
 
 
359 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.24 
 
 
353 aa  381  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.56 
 
 
379 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.67 
 
 
357 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.18 
 
 
363 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.65 
 
 
360 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.39 
 
 
353 aa  380  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.7 
 
 
362 aa  380  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.67 
 
 
357 aa  380  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 
357 aa  380  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.49 
 
 
351 aa  378  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.24 
 
 
357 aa  381  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29616  predicted protein  54.37 
 
 
361 aa  379  1e-104  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.21 
 
 
363 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.24 
 
 
350 aa  376  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.52 
 
 
360 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.2 
 
 
358 aa  375  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0794  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.13 
 
 
357 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.86487  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.48 
 
 
358 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.65 
 
 
359 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.26 
 
 
363 aa  377  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.78 
 
 
357 aa  377  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.17 
 
 
357 aa  374  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.8 
 
 
360 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.8 
 
 
360 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3775  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.93 
 
 
358 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.54 
 
 
358 aa  374  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.75 
 
 
356 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1505  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.08 
 
 
365 aa  374  1e-102  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0654454  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.26 
 
 
354 aa  371  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.54 
 
 
358 aa  374  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.8 
 
 
360 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.75 
 
 
356 aa  371  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.26 
 
 
354 aa  371  1e-102  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.8 
 
 
360 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07951  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.85 
 
 
357 aa  373  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.17 
 
 
359 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.25 
 
 
363 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.25 
 
 
363 aa  368  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.97 
 
 
363 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.67 
 
 
360 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  52.25 
 
 
363 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.97 
 
 
363 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.97 
 
 
363 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.25 
 
 
363 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.25 
 
 
363 aa  368  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.97 
 
 
363 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.25 
 
 
363 aa  368  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.69 
 
 
360 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.21 
 
 
366 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2589  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.3 
 
 
370 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.53 
 
 
363 aa  368  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.97 
 
 
363 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.97 
 
 
363 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.25 
 
 
363 aa  368  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.25 
 
 
363 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.94 
 
 
363 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2452  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.35 
 
 
369 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0855456  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2795  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.37 
 
 
370 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>