276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2338 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2338  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 314 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633615  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  83.76 
 
 		 314 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2195  anti-FecI sigma factor, FecR  83.76 
 
 		 314 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  59.48 
 
 		 321 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  39.54 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  38.82 
 
 		 320 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  37.5 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  36.81 
 
 		 319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  36.19 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  35.56 
 
 		 327 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  34.5 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  34.29 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  37.74 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  37.62 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  37.29 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  36.36 
 
 		 326 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  39.47 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  36.31 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  34.82 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  37.3 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  33.54 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  36.96 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  37.42 
 
 		 328 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  33.12 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  37.69 
 
 		 336 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  35.6 
 
 		 317 aa  149  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  31.94 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  33.64 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  32.26 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  32.26 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  35.6 
 
 		 318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  38.69 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  34.26 
 
 		 328 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  33.33 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  31.29 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  34.37 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  31.29 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  31.29 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  31.29 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  33.43 
 
 		 353 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  34.08 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  35.11 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  34.62 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  30.97 
 
 		 317 aa  142  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  34.08 
 
 		 320 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  34.29 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  34.95 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  33.76 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  34.95 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  35.24 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  34.26 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  34.17 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  35.37 
 
 		 334 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  35.37 
 
 		 334 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  30.94 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1150  anti-FecI sigma factor, FecR  29.64 
 
 		 322 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  36.1 
 
 		 314 aa  139  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  36.09 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  35.37 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  34.7 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  35.37 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  35.55 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  34.73 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  31.65 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  37.46 
 
 		 321 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  31.39 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  34.5 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4300  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  28.66 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.060712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  33.23 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  33.02 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  32.29 
 
 		 318 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  34.22 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  34.85 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  31.73 
 
 		 318 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  33.78 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  34.36 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  38.96 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  38.96 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  31.97 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  38.96 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  31.41 
 
 		 318 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  32.38 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  32.92 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  33.99 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  32.1 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  31.83 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  32.8 
 
 		 340 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  32.79 
 
 		 340 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37980  putative Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  31.96 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00265184  normal  0.0208679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  32.78 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0850  3-compartiment signal transduction system, component PRHR transmembrane protein  31.43 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.360715  normal  0.400424 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17700  anti-sigma factor, FecR family  32.9 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  33.23 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1827  anti-FecI sigma factor, FecR  31.01 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  0.321003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37420  putative transmembrane sensor protein  32.11 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.267456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0691  anti-FecI sigma factor, FecR  29.94 
 
 		 332 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1050  putative FecR  29.5 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>