282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4612 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  100 
 
 		 308 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  90.23 
 
 		 308 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  54.37 
 
 		 305 aa  322  7e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  54.29 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  53.16 
 
 		 325 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  48.22 
 
 		 317 aa  265  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  47.44 
 
 		 317 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  42.86 
 
 		 314 aa  231  9e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  43.85 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  39.87 
 
 		 328 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  40.82 
 
 		 328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  36.16 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  40.8 
 
 		 332 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  39.48 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  40.51 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  39.05 
 
 		 330 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  39.05 
 
 		 330 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  40.91 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  38.73 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  39.25 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  38.02 
 
 		 327 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  39.93 
 
 		 323 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  38.63 
 
 		 328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  38.11 
 
 		 316 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  38.69 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  38.16 
 
 		 316 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  38.14 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  38.64 
 
 		 318 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  39.62 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  37.11 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  40.15 
 
 		 317 aa  177  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  36.91 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  35.83 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  35.87 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  38.92 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  38.92 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  34.98 
 
 		 317 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  38.92 
 
 		 334 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  36.77 
 
 		 318 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  36.77 
 
 		 313 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  35.64 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  35.97 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  34.98 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  34.98 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  35.97 
 
 		 316 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  34.98 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  34.98 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  34.82 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  35.64 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  36.45 
 
 		 318 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  36.28 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  31.73 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  34.1 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  33.12 
 
 		 325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  34.87 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  36.93 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  35.71 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  33.01 
 
 		 327 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  40.78 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  40.78 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  35.19 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  35.6 
 
 		 353 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  40.43 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  35 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  34.17 
 
 		 318 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  35.53 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  34.48 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  32.18 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  37.46 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  36.94 
 
 		 318 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  33.83 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  33.66 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0691  anti-FecI sigma factor, FecR  33.96 
 
 		 332 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  33 
 
 		 340 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  31.61 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  32.6 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  35.18 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  35.22 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  33.23 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  34.06 
 
 		 336 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  33.23 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  32.69 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  32.36 
 
 		 329 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  32.36 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  35.02 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  33.84 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  33.66 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  32.69 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  32.33 
 
 		 340 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  32.26 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  34.81 
 
 		 356 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  30.7 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  32.34 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4300  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  29.87 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.060712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  29.75 
 
 		 328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  31.46 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1150  anti-FecI sigma factor, FecR  29.17 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  32.81 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02240  anti-sigma factor, FecR family  31.25 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  28.01 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>