293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0179 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 318 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  87.74 
 
 		 318 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  88.05 
 
 		 318 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  52.32 
 
 		 333 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  48.3 
 
 		 328 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  48.44 
 
 		 332 aa  278  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  37.82 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  37.85 
 
 		 318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  37.22 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  37.22 
 
 		 316 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  39.03 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  36.14 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  40.32 
 
 		 316 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  34.71 
 
 		 327 aa  184  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  38.64 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  36.19 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  35.56 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  38.96 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  36.01 
 
 		 318 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  34.38 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  37.18 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  34.65 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  34.18 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  36.39 
 
 		 327 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  33.23 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  34.08 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  34.08 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  34.91 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  33.97 
 
 		 318 aa  165  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  35.28 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  33.65 
 
 		 325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  35.31 
 
 		 314 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  33.33 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  33.33 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  33.86 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  32.92 
 
 		 327 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  34.78 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  33.33 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  35.15 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0691  anti-FecI sigma factor, FecR  32.05 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  29.62 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  34.63 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  31.63 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  36.25 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  37.1 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1827  anti-FecI sigma factor, FecR  37.07 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  0.321003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  36.39 
 
 		 336 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  31.63 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  32.6 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  32.48 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  35.44 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  34.59 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  33.86 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  34.59 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  34.59 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  34.45 
 
 		 324 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  31.53 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  36.07 
 
 		 317 aa  146  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  30.99 
 
 		 329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  37.98 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  32.05 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  34.18 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  34.39 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  31.35 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  31.46 
 
 		 329 aa  142  8e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  31.75 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  34.48 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44140  PupR/FecR-like anti-sigma factor protein  35.67 
 
 		 324 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.272255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  30.96 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  32.5 
 
 		 321 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  32.05 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  32.69 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  32.69 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  35.66 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  35.66 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  31.43 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  35.31 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4300  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  26.67 
 
 		 313 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.060712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  31.71 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  29.25 
 
 		 320 aa  125  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  30.45 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  30.45 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  30.45 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  30.61 
 
 		 353 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  30.45 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  30.45 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  31.61 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  31.21 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  30.91 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  31.23 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  28.3 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  34.86 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  31.25 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  29.94 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2195  anti-FecI sigma factor, FecR  34.51 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02240  anti-sigma factor, FecR family  31.11 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  29.71 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>