More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3326 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
323 aa  638    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  49.68 
 
 
313 aa  296  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  42.95 
 
 
327 aa  236  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  42.68 
 
 
321 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  38.01 
 
 
325 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  38.17 
 
 
317 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  36.2 
 
 
329 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  36.19 
 
 
317 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  32.2 
 
 
329 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  32.51 
 
 
329 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  37.42 
 
 
318 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  33.54 
 
 
328 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  38.08 
 
 
323 aa  165  8e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  31.58 
 
 
329 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  36.02 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  35.71 
 
 
323 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  35.05 
 
 
327 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  36.89 
 
 
318 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  35.87 
 
 
328 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  36.05 
 
 
325 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  34.91 
 
 
311 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  32.71 
 
 
320 aa  158  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  33.75 
 
 
326 aa  157  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  35.56 
 
 
330 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  35.56 
 
 
330 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  34.28 
 
 
311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  33.55 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  35.94 
 
 
314 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  35.17 
 
 
327 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  34.66 
 
 
327 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  35.42 
 
 
319 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  35.05 
 
 
313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  36.91 
 
 
315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  35.06 
 
 
315 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  34.59 
 
 
315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  34.1 
 
 
353 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  37.62 
 
 
316 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  34.06 
 
 
320 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  35.65 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  35.69 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  34.6 
 
 
318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  34.94 
 
 
316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  33.96 
 
 
325 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 
307 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  40.38 
 
 
318 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  33.23 
 
 
334 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  33.23 
 
 
334 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  34.92 
 
 
313 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  33.23 
 
 
334 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  41.89 
 
 
327 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  33.74 
 
 
314 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  35.29 
 
 
318 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  34.29 
 
 
318 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  35.2 
 
 
356 aa  143  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  31.78 
 
 
318 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  33.23 
 
 
320 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  30.34 
 
 
333 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  38.43 
 
 
321 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  34.29 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 
318 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  33.33 
 
 
330 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  35.06 
 
 
315 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  38.03 
 
 
321 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  39.13 
 
 
318 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  30.82 
 
 
318 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  33.54 
 
 
308 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  38.32 
 
 
314 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  35.22 
 
 
311 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  38.32 
 
 
314 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  36.03 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  30.28 
 
 
318 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  37.85 
 
 
314 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  33.74 
 
 
332 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  35.87 
 
 
324 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  31.11 
 
 
305 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  41.43 
 
 
317 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  33.96 
 
 
317 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  31.9 
 
 
328 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  32.7 
 
 
316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2302  anti-FecI sigma factor, FecR  35.87 
 
 
314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.473605  normal  0.152451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  31.76 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  33 
 
 
340 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  31.37 
 
 
321 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  36.44 
 
 
323 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  31.53 
 
 
317 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  31.53 
 
 
317 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  31.53 
 
 
317 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  36.79 
 
 
323 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  31.53 
 
 
317 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  32.68 
 
 
320 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  31.53 
 
 
317 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0859  anti-FecI sigma factor, FecR  36.97 
 
 
323 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  41.83 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0845  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 
323 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.981282  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  31.87 
 
 
328 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37980  putative Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  32.81 
 
 
317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00265184  normal  0.0208679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  38.16 
 
 
340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  30.89 
 
 
313 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  30.74 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02240  anti-sigma factor, FecR family  40 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>