More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4000 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  100 
 
 		 314 aa  612  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  48.88 
 
 		 317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  51.61 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  47.6 
 
 		 317 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  49.68 
 
 		 330 aa  265  8e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  49.68 
 
 		 330 aa  265  8e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  52.22 
 
 		 334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  49.53 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  49.53 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  49.53 
 
 		 334 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  40.76 
 
 		 326 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  42.86 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  40.89 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  42.86 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  44.13 
 
 		 327 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  48.41 
 
 		 328 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  41.85 
 
 		 325 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  51.57 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  51.57 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  44.34 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  42.58 
 
 		 330 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  51.22 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  45.81 
 
 		 321 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  42.07 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  42.81 
 
 		 327 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  40.13 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  40.89 
 
 		 332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  40.76 
 
 		 328 aa  215  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  41.9 
 
 		 327 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  40.91 
 
 		 327 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  37.74 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  36.94 
 
 		 329 aa  205  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  41.56 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  40.89 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  37.62 
 
 		 353 aa  198  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  39.29 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  38.26 
 
 		 311 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  37.3 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  38.54 
 
 		 327 aa  195  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  38.92 
 
 		 323 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  39.41 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  41.21 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  43.04 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  38.26 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  39.87 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  40 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  39.68 
 
 		 316 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  39.68 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  36.16 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  39.62 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  37.38 
 
 		 318 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  40.71 
 
 		 316 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  38.02 
 
 		 328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  38.24 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  39.86 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  38.14 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  35.37 
 
 		 333 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  36.71 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  39.16 
 
 		 321 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  37.74 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  35.39 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  39.3 
 
 		 340 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  35.28 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  36.54 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  35.14 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  34.2 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  37.26 
 
 		 318 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  38.31 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  36.31 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  39.15 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  37.3 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  33.96 
 
 		 329 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  33.01 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  37.74 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  36.89 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 329 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 329 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  33.87 
 
 		 317 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  33.87 
 
 		 317 aa  166  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  33.87 
 
 		 317 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  33.87 
 
 		 317 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  33.55 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  33.76 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  33.23 
 
 		 321 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  35.62 
 
 		 356 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  36.45 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0691  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  34.19 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  31.39 
 
 		 317 aa  145  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  31.65 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44140  PupR/FecR-like anti-sigma factor protein  35.9 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.272255  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  32.91 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  35.74 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1150  anti-FecI sigma factor, FecR  28.98 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  34.21 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  30.65 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  32.8 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>