174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0424 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0424  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 91 aa  179  9.000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0320  30S ribosomal protein S20  83.52 
 
 		 91 aa  150  4e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0389  30S ribosomal protein S20  81.32 
 
 		 91 aa  150  5e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.17035  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0456  30S ribosomal protein S20  81.11 
 
 		 93 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0421  30S ribosomal protein S20  78.02 
 
 		 91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.297781  normal  0.0196002 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1759  30S ribosomal protein S20  81.32 
 
 		 91 aa  125  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000334596  normal  0.310649 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0388  30S ribosomal protein S20  76.92 
 
 		 91 aa  125  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000000012628  normal  0.0229043 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12880  ribosomal protein S20  45.35 
 
 		 87 aa  64.3  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  4.40535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 87 aa  62  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  37.21 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058734  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2436  ribosomal protein S20  43.96 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000012228  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0225  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477404  normal  0.0381808 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  40 
 
 		 89 aa  53.5  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  43.42 
 
 		 88 aa  53.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0292  30S ribosomal protein S20  41.76 
 
 		 87 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 		 90 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1295  ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 89 aa  51.6  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.312929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  35.63 
 
 		 86 aa  51.6  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  41.11 
 
 		 88 aa  51.6  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  41.11 
 
 		 88 aa  51.2  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1979  ribosomal protein S20  37.21 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  39.47 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1039  ribosomal protein S20  37.08 
 
 		 115 aa  50.4  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000562255  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 91 aa  50.4  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2297  30S ribosomal protein S20  36.05 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000110534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  40.24 
 
 		 85 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  0.0000000000117943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  41.89 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0196  ribosomal protein S20  39.76 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  38.82 
 
 		 89 aa  48.9  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000240091  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  40.26 
 
 		 91 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503412 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  40 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0647  30S ribosomal protein S20  37.04 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000292559  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6841  ribosomal protein S20  34.88 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.600797 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1172  30S ribosomal protein S20  37.08 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000300859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4441  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000591712  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4403  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4221  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000214767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4059  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.2501  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4069  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00157919  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1416  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 87 aa  48.5  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.719270000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4547  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1037  ribosomal protein S20  40 
 
 		 87 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4455  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000115322  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4344  30S ribosomal protein S20  39.02 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153456 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1134  30S ribosomal protein S20  37.08 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000567629  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1723  30S ribosomal protein S20  41.38 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1854  SSU ribosomal protein S20P  37.33 
 
 		 87 aa  48.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.997447 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  40 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  36.47 
 
 		 92 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1384  ribosomal protein S20  36.36 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4173  30S ribosomal protein S20  37.8 
 
 		 85 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124088  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 		 89 aa  47.8  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2505  30S ribosomal protein S20  37.65 
 
 		 88 aa  48.1  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3465  30S ribosomal protein S20  39.29 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1153  30S ribosomal protein S20  40 
 
 		 83 aa  47.4  0.00006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.320164  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0416  30S ribosomal protein S20  37.66 
 
 		 87 aa  47.8  0.00006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000443906  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3844  30S ribosomal protein S20  39.29 
 
 		 88 aa  47.8  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160691  hitchhiker  0.0019697 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3510  30S ribosomal protein S20  37.04 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3582  30S ribosomal protein S20  37.04 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0144899 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3522  30S ribosomal protein S20  37.04 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.824464  normal  0.131692 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  37.8 
 
 		 87 aa  47.4  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0524  ribosomal protein S20  36.05 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000452156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  40.26 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  40.26 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2972  30S ribosomal protein S20  38.27 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000017573 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1552  ribosomal protein S20  37.65 
 
 		 86 aa  47  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0324223  normal  0.177559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  38.89 
 
 		 86 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0917  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  38.89 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  37.8 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  37.8 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2206  30S ribosomal protein S20  33.33 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.935236  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2765  30S ribosomal protein S20  36 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  38.89 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1919  30S ribosomal protein S20  38.1 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000179184  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  37.8 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0819  30S ribosomal protein S20  37.21 
 
 		 84 aa  45.4  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  38.89 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3076  30S ribosomal protein S20  39.47 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000126326  hitchhiker  0.00230121 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  38.89 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  38.89 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0771  30S ribosomal protein S20  32.56 
 
 		 87 aa  45.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1639  30S ribosomal protein S20  36.56 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000663879  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0756  30S ribosomal protein S20  32.56 
 
 		 87 aa  45.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000125202  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1176  SSU ribosomal protein S20P  37.08 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.150472  hitchhiker  0.00109182 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1383  30S ribosomal protein S20  35.96 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000140868  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1678  30S ribosomal protein S20  36.84 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0500  30S ribosomal protein S20  36.84 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.166841  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1521  ribosomal protein S20  36.56 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000787873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>