More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1039 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1039  ribosomal protein S20  100 
 
 		 115 aa  219  9e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000562255  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1979  ribosomal protein S20  67.06 
 
 		 85 aa  105  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176977  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1576  ribosomal protein S20  51.85 
 
 		 89 aa  81.3  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1176  SSU ribosomal protein S20P  55.95 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.150472  hitchhiker  0.00109182 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4315  30S ribosomal protein S20  48.75 
 
 		 90 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000159944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2505  30S ribosomal protein S20  48.81 
 
 		 88 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0577  SSU ribosomal protein S20P  42.73 
 
 		 105 aa  74.7  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2005  ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.894621  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1172  30S ribosomal protein S20  46.07 
 
 		 96 aa  73.9  0.0000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000300859  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3259  ribosomal protein S20  47.62 
 
 		 88 aa  73.6  0.0000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.602906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1134  30S ribosomal protein S20  46.07 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000567629  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2299  30S ribosomal protein S20  50.59 
 
 		 87 aa  72  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00503928  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2014  30S ribosomal protein S20  50.59 
 
 		 87 aa  72  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4173  30S ribosomal protein S20  47.06 
 
 		 85 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124088  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  47.06 
 
 		 85 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2090  30S ribosomal protein S20  47.19 
 
 		 94 aa  70.1  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000134662  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1153  30S ribosomal protein S20  46.91 
 
 		 83 aa  69.7  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.320164  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4403  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4221  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000214767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4059  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.2501  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4069  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00157919  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4455  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000115322  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4441  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000591712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4547  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4344  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153456 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  0.0000000000117943 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1678  30S ribosomal protein S20  46.91 
 
 		 83 aa  67.8  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1643  30S ribosomal protein S20  46.91 
 
 		 83 aa  67.8  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.137149  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3076  30S ribosomal protein S20  48.72 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000126326  hitchhiker  0.00230121 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1740  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 86 aa  65.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 86 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 89 aa  64.7  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000240091  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 89 aa  64.3  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12880  ribosomal protein S20  46.43 
 
 		 87 aa  64.3  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  4.40535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2067  ribosomal protein S20  41.67 
 
 		 88 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2318  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 		 87 aa  63.5  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000431209  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2972  30S ribosomal protein S20  48.75 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000017573 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2105  30S ribosomal protein S20  44.32 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 87 aa  60.8  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1520  30S ribosomal protein S20  41.76 
 
 		 98 aa  60.8  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.171164 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1106  30S ribosomal protein S20  47.19 
 
 		 93 aa  60.5  0.000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00644283  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2206  30S ribosomal protein S20  44.05 
 
 		 87 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.935236  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1295  ribosomal protein S20  41.67 
 
 		 89 aa  60.1  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.312929  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7071  ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 88 aa  59.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595098  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13310  SSU ribosomal protein S20P  41.18 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.153651 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0490  ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 99 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3510  30S ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  42.17 
 
 		 88 aa  60.1  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3522  30S ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.824464  normal  0.131692 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3582  30S ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0144899 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17390  SSU ribosomal protein S20P  45.68 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3443  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  39.24 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  44.71 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1184  ribosomal protein S20  45.24 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0001  ribosomal protein S20  43.68 
 
 		 87 aa  58.5  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0152754  hitchhiker  4.7444199999999996e-21 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 87 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2817  30S ribosomal protein S20  44.3 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2909  30S ribosomal protein S20  44.3 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1583  30S ribosomal protein S20  42.5 
 
 		 83 aa  57.8  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.74402  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1919  30S ribosomal protein S20  40.48 
 
 		 99 aa  57  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000179184  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0856  ribosomal protein S20  38.64 
 
 		 104 aa  57  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.819382  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  43.53 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 87 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17380  SSU ribosomal protein S20P  44.44 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.573431  hitchhiker  0.00388054 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1261  30S ribosomal protein S20  41.98 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0399917 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  43.53 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1552  ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0324223  normal  0.177559 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2800  ribosomal protein S20  41.67 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.207865  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2470  30S ribosomal protein S20  43.82 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0125567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1939  30S ribosomal protein S20  43.82 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2575  30S ribosomal protein S20  43.82 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.931195 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2600  30S ribosomal protein S20  43.82 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0850  30S ribosomal protein S20  49.37 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00000116553  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2551  30S ribosomal protein S20  43.82 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1755  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00299182  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1556  30S ribosomal protein S20  47.06 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0745  30S ribosomal protein S20  43.82 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.426088 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0290  ribosomal protein S20  53.12 
 
 		 73 aa  55.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000431613  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2725  30S ribosomal protein S20  41.77 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0313698  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12440  30S ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2665  30S ribosomal protein S20  39.29 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3462  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000449993  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0739  30S ribosomal protein S20  41.11 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0554  ribosomal protein S20  40.48 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3590  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000579115  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0792  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000429038  normal  0.540603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  43.18 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  43.18 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  43.18 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5883  30S ribosomal protein S20  42.7 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0196  ribosomal protein S20  43.37 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0776  SSU ribosomal protein S20P  40.26 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38047  normal  0.149543 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  42.86 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058734  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  43.18 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>