More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2893 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 88 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  94.32 
 
 		 88 aa  164  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  93.18 
 
 		 88 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  93.18 
 
 		 88 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  93.18 
 
 		 88 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  93.18 
 
 		 88 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  90.91 
 
 		 88 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  92.05 
 
 		 88 aa  159  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  92.05 
 
 		 88 aa  159  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  92.05 
 
 		 88 aa  159  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  89.77 
 
 		 88 aa  156  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  89.77 
 
 		 88 aa  155  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  88.64 
 
 		 88 aa  154  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2726  30S ribosomal protein S20  94.32 
 
 		 88 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000316732  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1080  30S ribosomal protein S20  85.23 
 
 		 88 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000335633  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1288  30S ribosomal protein S20  85.23 
 
 		 88 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000699661  normal  0.326601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  70.93 
 
 		 86 aa  120  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  68.6 
 
 		 87 aa  117  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004422  SSU ribosomal protein S20p  73.26 
 
 		 86 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000816133  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  68.6 
 
 		 87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3181  30S ribosomal protein S20  73.56 
 
 		 87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0928109  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0577  30S ribosomal protein S20  74.42 
 
 		 86 aa  115  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000729927  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  67.44 
 
 		 86 aa  114  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00027  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000413778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3575  ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3631  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000506786  normal  0.726814 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0023  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000255802  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0026  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000013085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00026  hypothetical protein  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000313857  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0025  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.87642e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0027  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000024189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0022  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  8.999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000378838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  67.44 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3462  30S ribosomal protein S20  67.44 
 
 		 87 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000449993  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000161385  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0792  30S ribosomal protein S20  67.44 
 
 		 87 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000429038  normal  0.540603 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  67.44 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000398649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0582  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  112  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000160392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  63.64 
 
 		 88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0047  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000872417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0047  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000090572  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  62.79 
 
 		 88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000542728  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3590  30S ribosomal protein S20  67.44 
 
 		 87 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000579115  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0211  30S ribosomal protein S20  70.93 
 
 		 86 aa  110  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000112504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0478  SSU ribosomal protein S20P  62.5 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.075192  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 91 aa  108  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  61.36 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 92 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 92 aa  107  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0416  30S ribosomal protein S20  62.07 
 
 		 87 aa  107  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000443906  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  61.63 
 
 		 92 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  61.63 
 
 		 92 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  61.63 
 
 		 92 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  61.63 
 
 		 92 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3274  ribosomal protein S20  60.47 
 
 		 86 aa  106  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0554  ribosomal protein S20  66.27 
 
 		 87 aa  105  2e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  60.23 
 
 		 88 aa  104  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 91 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503412 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  60.23 
 
 		 88 aa  104  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2689  30S ribosomal protein S20  62.5 
 
 		 88 aa  103  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2561  30S ribosomal protein S20  62.5 
 
 		 88 aa  103  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0947  30S ribosomal protein S20  60.23 
 
 		 88 aa  103  9e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000396831  normal  0.19884 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 92 aa  101  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0492  ribosomal protein S20  59.77 
 
 		 87 aa  99.8  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0859  30S ribosomal protein S20  61.63 
 
 		 89 aa  99.4  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000132311  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5203  30S ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 91 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.614694  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  55.17 
 
 		 87 aa  94.4  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  56.98 
 
 		 109 aa  94  6e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  56.98 
 
 		 109 aa  94  6e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  54.55 
 
 		 88 aa  94  7e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4233  ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 87 aa  91.3  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000543427  hitchhiker  0.000000915309 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3035  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 		 89 aa  87.4  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.051603  normal  0.325405 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2188  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 91 aa  87  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0220995  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1846  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 91 aa  87  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2211  30S ribosomal protein S20  54.02 
 
 		 87 aa  86.7  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.829407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3210  30S ribosomal protein S20  55.81 
 
 		 86 aa  84.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0094  ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 89 aa  84  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3802  SSU ribosomal protein S20P  54.55 
 
 		 88 aa  83.6  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.042204  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1122  30S ribosomal protein S20  60.23 
 
 		 89 aa  83.6  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.453734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00014  30S ribosomal protein S20  60.23 
 
 		 89 aa  82.8  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000123306  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  82.8  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3922  30S ribosomal protein S20  48.86 
 
 		 88 aa  82.8  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 		 89 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000240091  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 		 89 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2765  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 		 88 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2678  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 		 88 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.855392  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1678  30S ribosomal protein S20  48.86 
 
 		 90 aa  78.2  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0500  30S ribosomal protein S20  48.86 
 
 		 90 aa  78.2  0.00000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.166841  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4514  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 89 aa  78.2  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2181  30S ribosomal protein S20  51.81 
 
 		 97 aa  77.4  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.752642  normal  0.564535 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2904  30S ribosomal protein S20  52.27 
 
 		 88 aa  77.4  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  48.86 
 
 		 89 aa  76.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  54.12 
 
 		 85 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1854  SSU ribosomal protein S20P  47.13 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.997447 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1454  30S ribosomal protein S20  52.44 
 
 		 104 aa  74.7  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1756  30S ribosomal protein S20  52.27 
 
 		 88 aa  73.9  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.443874  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3027  30S ribosomal protein S20  49.4 
 
 		 97 aa  73.9  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.865381  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>