78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4598 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4598  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  100 
 
 		 493 aa  997    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1082  histidine kinase  30.45 
 
 		 1220 aa  149  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1353  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 		 1197 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1712  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.23 
 
 		 1173 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3586  sensor histidine kinase/response regulator  29.27 
 
 		 1153 aa  139  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1762  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.79 
 
 		 1146 aa  136  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.468259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0670  sensor histidine kinase/response regulator  28.57 
 
 		 1170 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.315036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3398  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 		 1202 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.613847  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 		 555 aa  134  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1730  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 		 1195 aa  134  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.479441  normal  0.752594 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1446  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  28.78 
 
 		 1131 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.705679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 		 1122 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0612415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3498  two component sensor kinase  28.68 
 
 		 1125 aa  131  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4239  histidine kinase  26.95 
 
 		 1211 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3525  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.07 
 
 		 1197 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5667  histidine kinase  27.53 
 
 		 1140 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3731  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.53 
 
 		 1140 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4637  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.53 
 
 		 1140 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.619414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3865  ATP-binding region, ATPase-like  28.66 
 
 		 1122 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0653  sensor histidine kinase  28.19 
 
 		 1124 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.450749  normal  0.469118 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1586  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 		 1178 aa  126  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.830805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2985  fused histidine kinase sensor/response regulator  27.66 
 
 		 1121 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.446873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1442  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.74 
 
 		 1122 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0975  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.13 
 
 		 1130 aa  121  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.537982 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1894  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 1085 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  25.89 
 
 		 1127 aa  120  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6438  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.31 
 
 		 573 aa  120  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.54597 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2001  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.58 
 
 		 1121 aa  118  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3065  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.92 
 
 		 1128 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2976  two-component hybrid sensor and regulator  26.14 
 
 		 1132 aa  116  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.210238 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3868  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 		 1127 aa  116  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0592  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.42 
 
 		 1113 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0114606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4079  sensor histidine kinase/response regulator  26.58 
 
 		 1161 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0985  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.5 
 
 		 575 aa  114  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012046 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00879  two-component hybrid sensor and regulator  26.85 
 
 		 1100 aa  115  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0610  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin family protein  25.35 
 
 		 568 aa  115  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.82 
 
 		 445 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4180  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 		 1126 aa  114  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0796198 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0961  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.63 
 
 		 1154 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.544458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3320  histidine kinase  28.7 
 
 		 1128 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.515444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0219  histidine kinase  26.8 
 
 		 1166 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.803779  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3405  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.44 
 
 		 570 aa  108  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.286515  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3146  histidine kinase  25.5 
 
 		 1140 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.353593  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1280  hypothetical protein  27.22 
 
 		 596 aa  105  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.961931  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3691  histidine kinase  28.83 
 
 		 1071 aa  103  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3382  ATPase domain-containing protein  28.83 
 
 		 1071 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525319  normal  0.740946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3573  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.54 
 
 		 1120 aa  101  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5513  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.42 
 
 		 1124 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168644  normal  0.269782 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.26 
 
 		 438 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.84 
 
 		 438 aa  94.7  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0815  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.52 
 
 		 438 aa  91.7  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0413  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.67 
 
 		 432 aa  90.5  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.88 
 
 		 431 aa  89  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3060  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.3 
 
 		 460 aa  88.2  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  22.97 
 
 		 441 aa  87.4  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0978  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.64 
 
 		 1175 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  21.96 
 
 		 439 aa  84.3  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.09 
 
 		 431 aa  82.4  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  23.68 
 
 		 455 aa  79.7  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13491  integral membrane protein  25.82 
 
 		 443 aa  76.6  0.0000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.134076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2476  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.06 
 
 		 431 aa  76.6  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.584476  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3201  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.97 
 
 		 424 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0426  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.14 
 
 		 448 aa  72.4  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203282  normal  0.440595 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6285  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin tranporter  23.57 
 
 		 451 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.359285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3367  putative cytosine permease  23.12 
 
 		 439 aa  64.7  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130336  normal  0.0781791 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2380  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.65 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.87122  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0360  hypothetical protein  25.47 
 
 		 451 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1184  hypothetical protein  25.23 
 
 		 451 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.171029  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 874 aa  62.4  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0898  hypothetical protein  25.23 
 
 		 448 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2161  hypothetical protein  25.23 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0269  hypothetical protein  25.23 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.14281  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4407  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin tranporter  25 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.208993 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1718  hypothetical protein  25.35 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1885  hypothetical protein  25.23 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2956  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  23.7 
 
 		 451 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0619223  normal  0.882833 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1469  purine-cytosine permease or related protein  24.03 
 
 		 452 aa  47  0.0008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.454286  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4150  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.84 
 
 		 494 aa  43.9  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>