55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4407 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4407  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin tranporter  100 
 
 		 440 aa  857    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.208993 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6285  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin tranporter  63.62 
 
 		 451 aa  504  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.359285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2476  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  60.86 
 
 		 431 aa  492  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.584476  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2956  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  63.47 
 
 		 451 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0619223  normal  0.882833 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1885  hypothetical protein  61.15 
 
 		 451 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2380  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  59.32 
 
 		 432 aa  475  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.87122  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2161  hypothetical protein  61.15 
 
 		 451 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0269  hypothetical protein  61.15 
 
 		 451 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.14281  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0360  hypothetical protein  60.92 
 
 		 451 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0898  hypothetical protein  61.15 
 
 		 448 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1718  hypothetical protein  61.15 
 
 		 451 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1184  hypothetical protein  60.92 
 
 		 451 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.171029  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0364  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  63.95 
 
 		 451 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3065  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.37 
 
 		 1128 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4598  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  25.81 
 
 		 493 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2310  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.88 
 
 		 555 aa  74.7  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3320  histidine kinase  24.88 
 
 		 1128 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.515444 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4079  sensor histidine kinase/response regulator  25.24 
 
 		 1161 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2985  fused histidine kinase sensor/response regulator  24.8 
 
 		 1121 aa  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.446873 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0592  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.92 
 
 		 1113 aa  63.5  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0114606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.93 
 
 		 1122 aa  63.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0612415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3498  two component sensor kinase  26.16 
 
 		 1125 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4180  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.36 
 
 		 1126 aa  63.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0796198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3865  ATP-binding region, ATPase-like  25.59 
 
 		 1122 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3868  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1127 aa  61.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0653  sensor histidine kinase  24.81 
 
 		 1124 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.450749  normal  0.469118 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6438  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.23 
 
 		 573 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.54597 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  24.87 
 
 		 1127 aa  57.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1442  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.12 
 
 		 1122 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2001  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.39 
 
 		 1121 aa  57.4  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0670  sensor histidine kinase/response regulator  28 
 
 		 1170 aa  53.9  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.315036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00879  two-component hybrid sensor and regulator  24.29 
 
 		 1100 aa  52.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3398  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  24.38 
 
 		 1202 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.613847  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1894  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 		 1085 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1762  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.26 
 
 		 1146 aa  50.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.468259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3525  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.19 
 
 		 1197 aa  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1280  hypothetical protein  24.62 
 
 		 596 aa  49.7  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.961931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0961  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.26 
 
 		 1154 aa  49.7  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.544458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0985  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.51 
 
 		 575 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012046 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2976  two-component hybrid sensor and regulator  24.16 
 
 		 1132 aa  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.210238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1446  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  25.2 
 
 		 1131 aa  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.705679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.43 
 
 		 438 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3573  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.69 
 
 		 1120 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3405  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.57 
 
 		 570 aa  47  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.286515  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3691  histidine kinase  31.15 
 
 		 1071 aa  47  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3382  ATPase domain-containing protein  31.15 
 
 		 1071 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525319  normal  0.740946 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1353  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  25.06 
 
 		 1197 aa  46.6  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0978  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.43 
 
 		 1175 aa  46.6  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3586  sensor histidine kinase/response regulator  26.26 
 
 		 1153 aa  45.8  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.21 
 
 		 874 aa  45.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5667  histidine kinase  22.98 
 
 		 1140 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4637  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  22.98 
 
 		 1140 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.619414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3731  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  22.98 
 
 		 1140 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1730  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.04 
 
 		 1195 aa  43.5  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.479441  normal  0.752594 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1712  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  24.94 
 
 		 1173 aa  43.5  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0980923  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>