64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4354 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2167  hypothetical protein  64.57 
 
 		 616 aa  805    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.438661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4354  hypothetical protein  100 
 
 		 648 aa  1316    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1001  hypothetical protein  65.38 
 
 		 671 aa  862    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0577161  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0867  hypothetical protein  65.13 
 
 		 670 aa  839    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3575  hypothetical protein  65.13 
 
 		 617 aa  808    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20150  hypothetical protein  66.67 
 
 		 668 aa  849    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4633  hypothetical protein  66.56 
 
 		 639 aa  856    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.753582  normal  0.334854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3238  hypothetical protein  64.52 
 
 		 659 aa  812    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2651  hypothetical protein  63.09 
 
 		 650 aa  769    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.794837  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1684  hypothetical protein  64.44 
 
 		 619 aa  811    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1708  hypothetical protein  64.93 
 
 		 616 aa  811    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.948572  hitchhiker  0.0000786229 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38010  hypothetical protein  67.88 
 
 		 477 aa  645    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000364785  hitchhiker  0.00689119 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2858  hypothetical protein  49.84 
 
 		 655 aa  625  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231255  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2200  hypothetical protein  50.48 
 
 		 632 aa  610  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805392  normal  0.382024 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0550  hypothetical protein  49.68 
 
 		 628 aa  566  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003553  hypothetical protein  45.78 
 
 		 646 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.434143  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3710  hypothetical protein  50 
 
 		 633 aa  559  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0508  hypothetical protein  49.84 
 
 		 623 aa  561  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.740103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0423  hypothetical protein  49.51 
 
 		 615 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0574  hypothetical protein  46.6 
 
 		 649 aa  546  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3532  hypothetical protein  49.27 
 
 		 615 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02514  hypothetical protein  45.21 
 
 		 648 aa  544  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0867  hypothetical protein  44.37 
 
 		 622 aa  542  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.494606  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4176  hypothetical protein  51.04 
 
 		 577 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3347  hypothetical protein  47.44 
 
 		 626 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0286195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3931  hypothetical protein  42.98 
 
 		 714 aa  538  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0600  hypothetical protein  44.46 
 
 		 708 aa  529  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0435  hypothetical protein  49.04 
 
 		 628 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0451  hypothetical protein  48.73 
 
 		 628 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4072  hypothetical protein  46.58 
 
 		 661 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3879  hypothetical protein  48.3 
 
 		 616 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0461  hypothetical protein  48.63 
 
 		 616 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03641  peptide methionine sulfoxide reductase  54.91 
 
 		 370 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.152948  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5029  hypothetical protein  30.34 
 
 		 678 aa  196  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2457  hypothetical protein  28.3 
 
 		 773 aa  180  8e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1884  hypothetical protein  28.7 
 
 		 616 aa  177  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.397644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03640  hypothetical protein  41.53 
 
 		 233 aa  171  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2911  hypothetical protein  29.46 
 
 		 621 aa  165  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000948701  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0959  hypothetical protein  27.73 
 
 		 777 aa  161  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3135  hypothetical protein  29.33 
 
 		 706 aa  155  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00581399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38000  hypothetical protein  48.2 
 
 		 154 aa  115  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000738389  normal  0.0264076 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1184  hypothetical protein  26.48 
 
 		 590 aa  75.5  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.794398  hitchhiker  0.00359059 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1890  hypothetical protein  29.29 
 
 		 535 aa  75.1  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0891071 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1967  hypothetical protein  28.47 
 
 		 566 aa  74.7  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.16955  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2946  hypothetical protein  28.22 
 
 		 550 aa  68.2  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2674  hypothetical protein  28.11 
 
 		 565 aa  67.4  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0682  hypothetical protein  24.46 
 
 		 546 aa  67.4  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755064  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1409  hypothetical protein  27.05 
 
 		 531 aa  66.6  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.248641  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4021  hypothetical protein  23.83 
 
 		 559 aa  65.1  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1294  hypothetical protein  23.83 
 
 		 577 aa  65.9  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.450689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2815  hypothetical protein  26.09 
 
 		 552 aa  63.5  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00152436  hitchhiker  0.000205863 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2328  Phosphodiesterase/alkaline phosphatase D-like protein  25.27 
 
 		 520 aa  61.2  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0227  hypothetical protein  26.49 
 
 		 534 aa  60.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5691  hypothetical protein  25.1 
 
 		 548 aa  59.3  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.037527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3791  hypothetical protein  26.55 
 
 		 540 aa  58.2  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2527  hypothetical protein  28.04 
 
 		 540 aa  58.2  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2747  hypothetical protein  26.92 
 
 		 542 aa  57.8  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.401615  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0149  hypothetical protein  24.16 
 
 		 561 aa  55.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2209  hypothetical protein  24.44 
 
 		 569 aa  53.9  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2255  hypothetical protein  24.44 
 
 		 569 aa  53.9  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2198  hypothetical protein  24.44 
 
 		 569 aa  53.9  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3435  phosphodiesterase/alkaline phosphatase D-like  24.74 
 
 		 475 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.45907  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2427  hypothetical protein  41.82 
 
 		 636 aa  48.5  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.511382  normal  0.23616 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3232  Phosphodiesterase/alkaline phosphatase D-like protein  24.64 
 
 		 702 aa  46.2  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.752297 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>