More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2736 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  100 
 
 		 251 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  77.13 
 
 		 279 aa  361  7.0000000000000005e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  78.5 
 
 		 240 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  78.5 
 
 		 240 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  75.34 
 
 		 239 aa  355  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  74.89 
 
 		 237 aa  355  3.9999999999999996e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  74.89 
 
 		 237 aa  354  6.999999999999999e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  74.44 
 
 		 242 aa  351  8e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  75.81 
 
 		 228 aa  349  3e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  73.52 
 
 		 238 aa  346  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  74.43 
 
 		 239 aa  342  2.9999999999999997e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  71.3 
 
 		 245 aa  339  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  68.78 
 
 		 240 aa  338  4e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  72.6 
 
 		 290 aa  338  5.9999999999999996e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  76.67 
 
 		 213 aa  338  7e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  68.16 
 
 		 246 aa  337  8e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  68.16 
 
 		 246 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  67.76 
 
 		 246 aa  336  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  67.21 
 
 		 245 aa  335  5e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  70 
 
 		 241 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  67.35 
 
 		 246 aa  332  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  66.26 
 
 		 257 aa  331  8e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  67.65 
 
 		 246 aa  330  2e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  67.65 
 
 		 246 aa  330  2e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  69 
 
 		 235 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  74.29 
 
 		 213 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  69.91 
 
 		 241 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  67.37 
 
 		 239 aa  325  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  65.18 
 
 		 247 aa  325  5e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  68.78 
 
 		 241 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  63.04 
 
 		 317 aa  323  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  73.81 
 
 		 213 aa  323  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  67.78 
 
 		 243 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  69.96 
 
 		 251 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  68.02 
 
 		 268 aa  318  3.9999999999999996e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  65.42 
 
 		 241 aa  317  7.999999999999999e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  68.61 
 
 		 241 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  63.49 
 
 		 251 aa  311  6.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  69.06 
 
 		 241 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  65.77 
 
 		 256 aa  302  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  63.06 
 
 		 227 aa  286  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  61.88 
 
 		 227 aa  276  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  54.07 
 
 		 214 aa  227  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  54.93 
 
 		 214 aa  221  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  54.93 
 
 		 214 aa  218  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 212 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 214 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0612  50S ribosomal protein L3  48.61 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 		 212 aa  212  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 		 209 aa  211  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  52.61 
 
 		 212 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000109318  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  52.61 
 
 		 214 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  53.4 
 
 		 209 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0681  50S ribosomal protein L3  47.03 
 
 		 240 aa  210  2e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0111701  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  50.95 
 
 		 308 aa  209  3e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 209 aa  208  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  54.46 
 
 		 229 aa  208  8e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  52.61 
 
 		 211 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  52.61 
 
 		 211 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 211 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 211 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0409  50S ribosomal protein L3  47.47 
 
 		 231 aa  207  1e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.214097  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  52.4 
 
 		 216 aa  207  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  52.78 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  50.7 
 
 		 214 aa  206  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 		 209 aa  206  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0273  50S ribosomal protein L3  52.09 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.0000000000366458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0278  50S ribosomal protein L3  52.09 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  0.00000000129288 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 		 212 aa  206  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 211 aa  205  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 215 aa  204  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2632  50S ribosomal protein L3  51.15 
 
 		 219 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.000000000488611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  51.15 
 
 		 219 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000132844  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3776  50S ribosomal protein L3  51.15 
 
 		 219 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000325408  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  51.15 
 
 		 219 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000263976  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3478  50S ribosomal protein L3  51.15 
 
 		 219 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.00000000879138  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3746  50S ribosomal protein L3  51.15 
 
 		 219 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000021686  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  202  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000254045  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 209 aa  201  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3804  50S ribosomal protein L3  51.15 
 
 		 223 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000896818  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  201  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  201  7e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3068  50S ribosomal protein L3  50.69 
 
 		 219 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000718216  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  52.2 
 
 		 212 aa  200  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  52.43 
 
 		 209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  49.77 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 		 209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>