More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2688 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 235 aa  471  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  72.2 
 
 		 237 aa  338  5e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  71.75 
 
 		 237 aa  337  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  67.51 
 
 		 239 aa  334  7.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  72.15 
 
 		 239 aa  333  1e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  72.15 
 
 		 238 aa  333  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  69.64 
 
 		 279 aa  332  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  73.95 
 
 		 228 aa  332  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  69.96 
 
 		 242 aa  329  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  69.96 
 
 		 251 aa  326  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  76.08 
 
 		 213 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  71.03 
 
 		 240 aa  324  6e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  71.03 
 
 		 240 aa  324  6e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  75.6 
 
 		 213 aa  324  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  74.64 
 
 		 213 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  63.91 
 
 		 246 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  63.91 
 
 		 246 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  67.12 
 
 		 290 aa  312  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  65.62 
 
 		 245 aa  310  9e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  64.16 
 
 		 268 aa  306  1.0000000000000001e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  67.71 
 
 		 241 aa  305  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  66.37 
 
 		 246 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  65.92 
 
 		 246 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  65.92 
 
 		 246 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  64.63 
 
 		 246 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  65.94 
 
 		 240 aa  302  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  65.92 
 
 		 241 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  66.23 
 
 		 317 aa  300  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  66.22 
 
 		 257 aa  300  1e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  65.92 
 
 		 251 aa  298  6e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  65.07 
 
 		 245 aa  297  9e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  64.13 
 
 		 256 aa  297  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  65.33 
 
 		 227 aa  296  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  63.18 
 
 		 241 aa  294  7e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  63.64 
 
 		 239 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  65.47 
 
 		 251 aa  292  4e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  65.33 
 
 		 241 aa  291  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  62.98 
 
 		 247 aa  291  6e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  64.44 
 
 		 241 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  64.44 
 
 		 241 aa  286  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  64 
 
 		 243 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  63.39 
 
 		 227 aa  286  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  56.31 
 
 		 209 aa  228  7e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  55.4 
 
 		 214 aa  225  4e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 		 209 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 		 214 aa  223  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 		 209 aa  221  9e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 		 209 aa  221  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 		 209 aa  221  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  53.33 
 
 		 214 aa  221  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 		 209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  54.55 
 
 		 209 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  54.17 
 
 		 226 aa  219  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  54.03 
 
 		 211 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  54.93 
 
 		 218 aa  218  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  54.03 
 
 		 211 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0323  50S ribosomal protein L3  52.58 
 
 		 214 aa  218  7.999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000334047  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  54.03 
 
 		 211 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  54.03 
 
 		 211 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  53.55 
 
 		 211 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 		 209 aa  217  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  54.37 
 
 		 209 aa  217  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  52.61 
 
 		 214 aa  215  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  50.85 
 
 		 308 aa  215  5e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  214  8e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  51.89 
 
 		 212 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  212  3.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  52.09 
 
 		 216 aa  212  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 216 aa  211  7e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  7e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  52.88 
 
 		 212 aa  211  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  52.11 
 
 		 214 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0369  50S ribosomal protein L3  52.83 
 
 		 216 aa  209  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0394  50S ribosomal protein L3  52.83 
 
 		 216 aa  209  3e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0612  50S ribosomal protein L3  46.51 
 
 		 231 aa  209  3e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 212 aa  209  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>