More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1249 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
251 aa  515  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  79.18 
 
 
257 aa  394  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  74.6 
 
 
317 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  66.37 
 
 
227 aa  319  3e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  66.07 
 
 
251 aa  307  1.0000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  65.92 
 
 
242 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  60.66 
 
 
246 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  66.99 
 
 
213 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  60.17 
 
 
246 aa  298  6e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  64.57 
 
 
237 aa  297  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  59.75 
 
 
246 aa  296  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  64.57 
 
 
237 aa  297  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  59.75 
 
 
246 aa  297  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  62.56 
 
 
251 aa  295  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  66.51 
 
 
213 aa  295  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  64.47 
 
 
235 aa  295  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  61.7 
 
 
268 aa  295  6e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  60.25 
 
 
240 aa  295  7e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  64.84 
 
 
238 aa  293  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  60.49 
 
 
247 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  61.88 
 
 
227 aa  293  3e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  61.02 
 
 
239 aa  291  7e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  60.24 
 
 
245 aa  291  8e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  62.39 
 
 
241 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  60.53 
 
 
241 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  63.27 
 
 
245 aa  289  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  62.39 
 
 
241 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  62.56 
 
 
239 aa  289  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  64.59 
 
 
228 aa  288  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  66.51 
 
 
240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  66.51 
 
 
240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  59.83 
 
 
241 aa  287  9e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  61.34 
 
 
239 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  63.68 
 
 
279 aa  286  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  64.11 
 
 
213 aa  285  7e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  59 
 
 
243 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  61.78 
 
 
241 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  58.06 
 
 
246 aa  281  8.000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  58.06 
 
 
246 aa  281  8.000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  61.33 
 
 
241 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  61.64 
 
 
290 aa  277  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  59.2 
 
 
256 aa  276  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  51.2 
 
 
214 aa  216  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_002978  WD0681  50S ribosomal protein L3  44.59 
 
 
240 aa  211  7e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0111701  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  53.08 
 
 
212 aa  209  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 
212 aa  208  6e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  207  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  49.3 
 
 
308 aa  206  2e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_6632  Putative mitochondrial ribosomal protein L3  48.33 
 
 
211 aa  206  3e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0234782  hitchhiker  0.000000645255 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  204  7e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  204  9e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 
209 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  51.66 
 
 
214 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  51.66 
 
 
214 aa  203  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  50.72 
 
 
211 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
211 aa  202  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
211 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  50.49 
 
 
209 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 
209 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  202  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  202  6e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  201  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
214 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  49.06 
 
 
214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
212 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000284118  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  199  5e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
212 aa  199  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000029478  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  50.95 
 
 
212 aa  199  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  47.66 
 
 
236 aa  198  6e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  52.8 
 
 
229 aa  198  7e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
212 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200962  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
212 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133275  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
212 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000546138  unclonable  0.00000936811 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
212 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000139517  hitchhiker  0.00000000018898 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  48.57 
 
 
212 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0213  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
212 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000046877  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  49.03 
 
 
209 aa  196  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 
212 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000358076  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  49.03 
 
 
209 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  49.03 
 
 
209 aa  196  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  49.03 
 
 
209 aa  196  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  49.03 
 
 
209 aa  196  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
208 aa  196  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000158228  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  49.03 
 
 
209 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>