More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1840 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 213 aa  433  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  89.2 
 
 		 213 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  90.48 
 
 		 228 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  88.73 
 
 		 213 aa  390  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  81.04 
 
 		 237 aa  357  7e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  81.04 
 
 		 237 aa  356  9.999999999999999e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  80.86 
 
 		 238 aa  354  5.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  79.05 
 
 		 242 aa  347  9e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  76.67 
 
 		 251 aa  335  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  75.12 
 
 		 246 aa  330  8e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  75.12 
 
 		 246 aa  330  8e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  74.64 
 
 		 235 aa  323  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  72.73 
 
 		 239 aa  321  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  72.25 
 
 		 279 aa  320  8e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  71.7 
 
 		 240 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  71.7 
 
 		 240 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  72.64 
 
 		 239 aa  316  1e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  72.51 
 
 		 245 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  72.73 
 
 		 246 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  70.33 
 
 		 290 aa  310  9e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  71.77 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  71.29 
 
 		 240 aa  308  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  71.77 
 
 		 241 aa  308  5e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  72.73 
 
 		 251 aa  308  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  71.77 
 
 		 246 aa  307  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  71.29 
 
 		 246 aa  306  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  71.29 
 
 		 246 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  72.25 
 
 		 241 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  67.46 
 
 		 245 aa  305  4.0000000000000004e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  70.81 
 
 		 239 aa  303  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  68.75 
 
 		 268 aa  302  3.0000000000000004e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  70.62 
 
 		 241 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  70.14 
 
 		 241 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  69.38 
 
 		 247 aa  298  3e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  70.62 
 
 		 241 aa  298  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  69.86 
 
 		 243 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  66.03 
 
 		 257 aa  292  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  67.3 
 
 		 256 aa  291  6e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  66.04 
 
 		 317 aa  289  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  64.11 
 
 		 251 aa  284  8e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  61.61 
 
 		 227 aa  273  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  60.19 
 
 		 227 aa  268  2.9999999999999997e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  51.67 
 
 		 214 aa  217  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  52.58 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 216 aa  210  1e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 214 aa  208  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 212 aa  207  6e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  50.69 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  50.94 
 
 		 214 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  48.84 
 
 		 215 aa  206  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 		 226 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 214 aa  203  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 214 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  48.11 
 
 		 212 aa  203  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000109318  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  49.06 
 
 		 212 aa  202  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000254045  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 216 aa  202  4e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0612  50S ribosomal protein L3  46.26 
 
 		 231 aa  201  6e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  50.47 
 
 		 214 aa  201  7e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  50.72 
 
 		 218 aa  201  8e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  50.94 
 
 		 212 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0409  50S ribosomal protein L3  46.95 
 
 		 231 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.214097  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  50.72 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 		 219 aa  199  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  198  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  48.11 
 
 		 212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2372  ribosomal protein L3  49.05 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  48.58 
 
 		 212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000263976  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2632  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.000000000488611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3776  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000325408  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000132844  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3746  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000021686  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3478  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.00000000879138  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3804  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000896818  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  48.79 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  47.17 
 
 		 212 aa  195  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000199127  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 209 aa  194  6e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3068  50S ribosomal protein L3  47.66 
 
 		 219 aa  194  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000718216  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  48.61 
 
 		 216 aa  194  7e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  49.29 
 
 		 226 aa  194  8.000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 211 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  48.8 
 
 		 219 aa  193  1e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  47.42 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 211 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 211 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 211 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  192  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  47.34 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  47.87 
 
 		 212 aa  192  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  47.37 
 
 		 217 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04308  50S ribosomal protein L3 (AFU_orthologue; AFUA_4G06000)  48.82 
 
 		 296 aa  192  3e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.569761  normal  0.446877 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  48.1 
 
 		 211 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  48.1 
 
 		 211 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3443  50S ribosomal protein L3  49.07 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000129848  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0266  ribosomal protein L3  48.56 
 
 		 210 aa  191  5e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000356629  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  46.89 
 
 		 217 aa  192  5e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  48.1 
 
 		 211 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 		 216 aa  191  7e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>