More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0580 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 245 aa  497  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  84.45 
 
 		 240 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  79.1 
 
 		 246 aa  387  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  78.72 
 
 		 246 aa  381  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  78.3 
 
 		 246 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  78.72 
 
 		 246 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  81.17 
 
 		 241 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  81.61 
 
 		 251 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  79.2 
 
 		 241 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  79.2 
 
 		 241 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  78.76 
 
 		 241 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  73.55 
 
 		 243 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  74.27 
 
 		 241 aa  369  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  74.17 
 
 		 239 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  72.24 
 
 		 247 aa  363  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  75.74 
 
 		 241 aa  362  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  73.09 
 
 		 237 aa  331  5e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  73.09 
 
 		 237 aa  331  8e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  71.3 
 
 		 251 aa  330  1e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  73.54 
 
 		 242 aa  330  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  73.06 
 
 		 238 aa  327  8e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  75.36 
 
 		 213 aa  327  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  73.93 
 
 		 213 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  68.02 
 
 		 256 aa  316  3e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  71.03 
 
 		 228 aa  315  3e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  72.51 
 
 		 213 aa  313  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  59.61 
 
 		 257 aa  306  2.0000000000000002e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  67.11 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  67.58 
 
 		 239 aa  305  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  64.38 
 
 		 246 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  64.38 
 
 		 246 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  69.63 
 
 		 240 aa  304  8.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  69.63 
 
 		 240 aa  304  8.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  63.29 
 
 		 317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  66.21 
 
 		 279 aa  301  7.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  65.38 
 
 		 268 aa  301  8.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  66.67 
 
 		 227 aa  297  8e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  65.07 
 
 		 235 aa  297  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  63.93 
 
 		 290 aa  290  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  62.78 
 
 		 245 aa  286  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  63.47 
 
 		 227 aa  285  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  63.01 
 
 		 251 aa  285  5.999999999999999e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  50.95 
 
 		 214 aa  216  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 209 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  52.43 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 214 aa  203  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  201  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 		 214 aa  201  9e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 		 209 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0612  50S ribosomal protein L3  44.91 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 211 aa  198  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  51.4 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 214 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  195  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  48.82 
 
 		 212 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 211 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000358076  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 211 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  49.3 
 
 		 218 aa  192  3e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 211 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 		 212 aa  192  4e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000109318  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  48.57 
 
 		 216 aa  191  8e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133275  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  50 
 
 		 209 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000139517  hitchhiker  0.00000000018898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200962  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000546138  unclonable  0.00000936811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000284118  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50 
 
 		 209 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000029478  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  190  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  49.06 
 
 		 217 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855 
 
 
-
 
NC_002978  WD0681  50S ribosomal protein L3  43.38 
 
 		 240 aa  189  4e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0111701  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0756  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 216 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385888  normal  0.0180173 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  189  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 		 208 aa  189  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000158228  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_6632  Putative mitochondrial ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 211 aa  189  4e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0234782  hitchhiker  0.000000645255 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34483  predicted protein  47.37 
 
 		 262 aa  188  5.999999999999999e-47  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000711163 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 		 218 aa  188  5.999999999999999e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 209 aa  188  7e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0323  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 214 aa  188  8e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000334047  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  187  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>