More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1614 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
256 aa  521  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  65.29 
 
 
245 aa  323  1e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  69.2 
 
 
241 aa  317  9e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  65.27 
 
 
268 aa  317  2e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  65.55 
 
 
240 aa  315  4e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  66.95 
 
 
241 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  64.08 
 
 
246 aa  314  8e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  65.67 
 
 
239 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  68.75 
 
 
239 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  63.67 
 
 
246 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  63.67 
 
 
246 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  62.25 
 
 
317 aa  311  4.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  62.6 
 
 
247 aa  311  7.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  64.44 
 
 
243 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  64.71 
 
 
241 aa  310  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  64.49 
 
 
246 aa  308  5e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  65.09 
 
 
241 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  64.41 
 
 
237 aa  306  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  64.41 
 
 
237 aa  306  3e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  65.6 
 
 
238 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  65.77 
 
 
242 aa  305  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  66.07 
 
 
241 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  65.33 
 
 
251 aa  304  8.000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  70.28 
 
 
240 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  70.28 
 
 
240 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  66.06 
 
 
239 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  65.92 
 
 
279 aa  302  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  60.74 
 
 
257 aa  301  8.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  65.33 
 
 
241 aa  301  9e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  66.67 
 
 
251 aa  301  9e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  64.32 
 
 
235 aa  300  1e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  67.92 
 
 
228 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  67.77 
 
 
213 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  66.37 
 
 
245 aa  295  4e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  58.85 
 
 
246 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  58.85 
 
 
246 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  67.3 
 
 
213 aa  292  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  62.5 
 
 
227 aa  287  1e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  65.88 
 
 
213 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  59.2 
 
 
251 aa  285  7e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  63.3 
 
 
290 aa  283  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  60.54 
 
 
227 aa  279  3e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  51.66 
 
 
214 aa  222  4.9999999999999996e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  53.85 
 
 
212 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  54.33 
 
 
214 aa  211  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_6632  Putative mitochondrial ribosomal protein L3  50 
 
 
211 aa  211  1e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0234782  hitchhiker  0.000000645255 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  50.97 
 
 
209 aa  207  9e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 
209 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 
217 aa  204  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000108395  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0276  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 
216 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000762346  normal  0.121842 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0267  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 
217 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000416166  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  50 
 
 
229 aa  203  2e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
214 aa  203  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2759  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 
217 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000332087  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0348  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 
217 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000116037  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0327  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 
216 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000900525  normal  0.0194513 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04308  50S ribosomal protein L3 (AFU_orthologue; AFUA_4G06000)  51.8 
 
 
296 aa  202  4e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.569761  normal  0.446877 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  49.76 
 
 
308 aa  202  5e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
219 aa  202  6e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  49.29 
 
 
214 aa  201  7e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  201  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
212 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
212 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000358076  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  52.4 
 
 
212 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000132844  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000139517  hitchhiker  0.00000000018898 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3746  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000021686  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2632  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.000000000488611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3478  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.00000000879138  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3776  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000325408  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200962  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000546138  unclonable  0.00000936811 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000263976  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  49.29 
 
 
216 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133275  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3804  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000896818  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
212 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0323  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
214 aa  199  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000334047  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2950  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
217 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000276942  decreased coverage  0.000000134206 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
212 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000029478  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
217 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000538385  hitchhiker  0.0000807722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
212 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000284118  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3179  50S ribosomal protein L3  46.95 
 
 
216 aa  198  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000128128  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3068  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
219 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000718216  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  50.72 
 
 
212 aa  198  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
212 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2840  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
219 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
212 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
212 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
212 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  48.83 
 
 
226 aa  197  9e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0249  50S ribosomal protein L3  47.12 
 
 
216 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158016  normal  0.145495 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
211 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
212 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
211 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>