More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0759 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 245 aa  496  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  82.46 
 
 		 239 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  82.14 
 
 		 279 aa  399  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  84.11 
 
 		 240 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  84.11 
 
 		 240 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  76.82 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  72.6 
 
 		 239 aa  343  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  75.48 
 
 		 268 aa  340  1e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  71.3 
 
 		 251 aa  340  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  67.71 
 
 		 242 aa  322  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  67.26 
 
 		 237 aa  318  6e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  67.26 
 
 		 237 aa  317  7.999999999999999e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  63.52 
 
 		 246 aa  317  1e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  63.52 
 
 		 246 aa  317  1e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  66.67 
 
 		 238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  65.5 
 
 		 235 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  64.49 
 
 		 317 aa  309  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  67.46 
 
 		 213 aa  306  2.0000000000000002e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  63.55 
 
 		 228 aa  302  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  66.99 
 
 		 213 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  66.99 
 
 		 213 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  62.66 
 
 		 246 aa  301  9e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  63.22 
 
 		 241 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  61.16 
 
 		 246 aa  297  8e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  61.16 
 
 		 246 aa  297  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  60.74 
 
 		 246 aa  296  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  61.76 
 
 		 240 aa  295  4e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  60.91 
 
 		 257 aa  295  4e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  66.37 
 
 		 256 aa  295  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  61.7 
 
 		 239 aa  293  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  60.49 
 
 		 247 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  60.33 
 
 		 245 aa  291  6e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  61.48 
 
 		 251 aa  290  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  63.27 
 
 		 251 aa  290  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  62.78 
 
 		 241 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  61.7 
 
 		 241 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  59.75 
 
 		 241 aa  289  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  62.33 
 
 		 241 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  59.09 
 
 		 243 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  62.44 
 
 		 227 aa  280  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  61.43 
 
 		 241 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  59.56 
 
 		 227 aa  273  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  52.34 
 
 		 214 aa  231  9e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 211 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 211 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  53.88 
 
 		 209 aa  220  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 211 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 		 209 aa  220  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0278  50S ribosomal protein L3  56.46 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  0.00000000129288 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0273  50S ribosomal protein L3  56.46 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.0000000000366458  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0612  50S ribosomal protein L3  49.1 
 
 		 231 aa  219  5e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  52.15 
 
 		 211 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 		 209 aa  217  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  52.15 
 
 		 211 aa  217  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  52.61 
 
 		 214 aa  217  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  52.15 
 
 		 211 aa  215  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  53.74 
 
 		 229 aa  214  7e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  214  8e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000254045  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  52.15 
 
 		 209 aa  214  9e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000109318  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  52.4 
 
 		 212 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 214 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 		 209 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  54.81 
 
 		 212 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 212 aa  211  7e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  51.94 
 
 		 212 aa  211  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  52.4 
 
 		 214 aa  211  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 210 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  50 
 
 		 215 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 210 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04308  50S ribosomal protein L3 (AFU_orthologue; AFUA_4G06000)  52.8 
 
 		 296 aa  209  2e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.569761  normal  0.446877 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 		 214 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 		 212 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  51.43 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0266  ribosomal protein L3  52.61 
 
 		 210 aa  208  5e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000356629  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 216 aa  207  8e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  52.58 
 
 		 226 aa  208  8e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0338  50S ribosomal protein L3  52.63 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274222  decreased coverage  0.000311926 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06250  50S ribosomal protein L3  52.53 
 
 		 200 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00608659  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 212 aa  206  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  52.63 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000698132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  51.21 
 
 		 215 aa  206  4e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  47.91 
 
 		 218 aa  205  4e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 		 212 aa  205  6e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000199127  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  49.29 
 
 		 214 aa  204  9e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_002978  WD0681  50S ribosomal protein L3  47.3 
 
 		 240 aa  204  1e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0111701  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 236 aa  203  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0409  50S ribosomal protein L3  47.3 
 
 		 231 aa  203  2e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.214097  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  51.69 
 
 		 217 aa  203  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4913  50S ribosomal protein L3  51.87 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00251627  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 		 212 aa  203  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  48.08 
 
 		 216 aa  203  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  47.66 
 
 		 218 aa  203  3e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>