More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6614 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  100 
 
 
216 aa  432  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  76.85 
 
 
218 aa  344  6e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  75.12 
 
 
219 aa  339  2e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  80 
 
 
213 aa  335  1.9999999999999998e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  78.95 
 
 
221 aa  328  3e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  74.18 
 
 
219 aa  326  1.0000000000000001e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  74.18 
 
 
215 aa  325  4.0000000000000003e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  78.47 
 
 
220 aa  323  9e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  72.3 
 
 
235 aa  322  4e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  75 
 
 
217 aa  320  7e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  72.09 
 
 
216 aa  318  5e-86  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  72.99 
 
 
216 aa  315  3e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  70.95 
 
 
236 aa  315  4e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  71.09 
 
 
219 aa  314  7e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  68.84 
 
 
216 aa  313  9.999999999999999e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  74.06 
 
 
218 aa  312  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  73.24 
 
 
218 aa  310  7.999999999999999e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  70.42 
 
 
218 aa  309  2e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  72.3 
 
 
222 aa  309  2e-83  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  73.08 
 
 
219 aa  309  2e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  70.42 
 
 
217 aa  308  2.9999999999999997e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  69.48 
 
 
219 aa  308  4e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  68.08 
 
 
216 aa  308  5.9999999999999995e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1185  50S ribosomal protein L3  75.23 
 
 
220 aa  307  5.9999999999999995e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  69.95 
 
 
219 aa  307  8e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  72.04 
 
 
219 aa  307  8e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  72.64 
 
 
217 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  68.72 
 
 
216 aa  306  2.0000000000000002e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  72.64 
 
 
217 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  71.63 
 
 
219 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  72.64 
 
 
217 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  67.29 
 
 
216 aa  301  4.0000000000000003e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  70.95 
 
 
226 aa  301  5.000000000000001e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  71.7 
 
 
217 aa  300  9e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  71.15 
 
 
220 aa  298  3e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  68.25 
 
 
223 aa  298  3e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  61.68 
 
 
213 aa  276  1e-73  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  59.91 
 
 
216 aa  266  2e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  54.33 
 
 
212 aa  233  2.0000000000000002e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  54.85 
 
 
206 aa  232  3e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  55.61 
 
 
209 aa  228  5e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  56.31 
 
 
209 aa  226  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  55.83 
 
 
206 aa  226  3e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  55.83 
 
 
214 aa  225  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 
209 aa  224  6e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  55.83 
 
 
209 aa  224  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  56.31 
 
 
218 aa  223  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  55.29 
 
 
214 aa  223  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  55.83 
 
 
209 aa  223  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  56.4 
 
 
214 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  55.34 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 
209 aa  218  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
211 aa  218  3.9999999999999997e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 
209 aa  218  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 
209 aa  218  3.9999999999999997e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
211 aa  218  6e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  55.83 
 
 
206 aa  217  8.999999999999998e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 
211 aa  217  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  54.85 
 
 
240 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  54.85 
 
 
240 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  54.37 
 
 
209 aa  216  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  53.4 
 
 
204 aa  216  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
209 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
239 aa  215  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 
209 aa  214  5.9999999999999996e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  5.9999999999999996e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
279 aa  214  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  53.62 
 
 
209 aa  214  8e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  51.72 
 
 
205 aa  214  9.999999999999999e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  53.85 
 
 
212 aa  213  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  51.69 
 
 
210 aa  213  9.999999999999999e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  53.4 
 
 
211 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16240  LSU ribosomal protein L3P  56.31 
 
 
206 aa  213  9.999999999999999e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0560879  hitchhiker  0.00000737829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0295  ribosomal protein L3  53.11 
 
 
212 aa  213  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000479422  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0398  ribosomal protein L3  50.96 
 
 
213 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
209 aa  213  9.999999999999999e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  53.88 
 
 
209 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  52.15 
 
 
214 aa  213  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 
209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
211 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  51.47 
 
 
212 aa  211  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000167398  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
211 aa  211  5.999999999999999e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
210 aa  211  5.999999999999999e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  52.74 
 
 
213 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  52.91 
 
 
212 aa  211  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>