More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1946 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 227 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  77.23 
 
 		 227 aa  359  2e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  61.78 
 
 		 317 aa  297  8e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  62.5 
 
 		 257 aa  296  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  61.88 
 
 		 251 aa  292  3e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  65.3 
 
 		 239 aa  290  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  63.39 
 
 		 235 aa  286  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  60.99 
 
 		 246 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  63.47 
 
 		 245 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  60.99 
 
 		 246 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  60.54 
 
 		 246 aa  284  7e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  62.95 
 
 		 279 aa  283  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  62.78 
 
 		 240 aa  283  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  61.88 
 
 		 251 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  60.99 
 
 		 241 aa  281  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  60.54 
 
 		 241 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  60.54 
 
 		 246 aa  280  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  60.54 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  60.99 
 
 		 237 aa  279  3e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  60.54 
 
 		 256 aa  278  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  60.99 
 
 		 237 aa  278  5e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  61.43 
 
 		 239 aa  278  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  59.64 
 
 		 243 aa  278  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  64.42 
 
 		 268 aa  276  1e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  59.64 
 
 		 241 aa  277  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  61.88 
 
 		 251 aa  276  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  62.56 
 
 		 213 aa  275  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  58.3 
 
 		 241 aa  273  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  62.56 
 
 		 213 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  57.85 
 
 		 242 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  59.56 
 
 		 245 aa  273  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  58.3 
 
 		 239 aa  272  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  59.82 
 
 		 238 aa  272  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  58.3 
 
 		 247 aa  271  7e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  62.44 
 
 		 240 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  62.44 
 
 		 240 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  59.64 
 
 		 241 aa  270  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  60.19 
 
 		 213 aa  268  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  58.22 
 
 		 228 aa  268  5e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  60 
 
 		 290 aa  265  4e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  54.46 
 
 		 246 aa  250  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  54.46 
 
 		 246 aa  250  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 		 214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 209 aa  218  6e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 		 209 aa  216  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  51.2 
 
 		 214 aa  217  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 209 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 209 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 209 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  54.5 
 
 		 214 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  51.94 
 
 		 209 aa  214  9e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 211 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 211 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 211 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  52.91 
 
 		 209 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  50.48 
 
 		 212 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 208 aa  212  4.9999999999999996e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000158228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  54.07 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000698132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  52.43 
 
 		 209 aa  211  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  211  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  211  7.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 212 aa  211  7.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  52.15 
 
 		 210 aa  210  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  52.15 
 
 		 210 aa  210  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  51.69 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 209 aa  209  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  208  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  208  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  208  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  208  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 211 aa  208  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  48.8 
 
 		 211 aa  208  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 211 aa  208  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  48.8 
 
 		 211 aa  208  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  208  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 214 aa  207  8e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3804  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 223 aa  207  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000896818  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000132844  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000263976  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2632  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.000000000488611  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  48.8 
 
 		 211 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3776  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000325408  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3746  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000021686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  49.54 
 
 		 218 aa  207  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  50.97 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3478  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.00000000879138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>