More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4747 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
275 aa  535  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.931612  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.74 
 
 
282 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25108  normal  0.29825 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.96 
 
 
282 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270529  normal  0.113224 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7253  ABC transporter  68.4 
 
 
282 aa  374  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417168  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
294 aa  216  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
282 aa  217  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
290 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
281 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  42.97 
 
 
298 aa  209  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.59 
 
 
298 aa  208  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
294 aa  208  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  42.26 
 
 
298 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  42.21 
 
 
300 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  41.89 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  41.89 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
277 aa  205  5e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.281492  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
298 aa  205  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
295 aa  205  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
289 aa  205  6e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
278 aa  205  8e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  40.91 
 
 
301 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
276 aa  203  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  43.89 
 
 
280 aa  202  5e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
292 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  40.67 
 
 
374 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  43.13 
 
 
299 aa  199  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  43.13 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
278 aa  199  5e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
283 aa  198  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  40.81 
 
 
392 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
399 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.28 
 
 
283 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  39.42 
 
 
422 aa  195  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
282 aa  195  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  38.38 
 
 
652 aa  195  6e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  39.18 
 
 
355 aa  195  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  39.93 
 
 
283 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  39.05 
 
 
400 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.11 
 
 
293 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.93 
 
 
376 aa  193  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  40.23 
 
 
400 aa  192  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
283 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.260591  normal  0.31699 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
272 aa  191  8e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  38.69 
 
 
388 aa  191  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  38.69 
 
 
388 aa  191  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
283 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
283 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  41.85 
 
 
274 aa  191  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  38.69 
 
 
388 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.15 
 
 
288 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
283 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0151467  normal  0.023955 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  40.23 
 
 
354 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
354 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  40.23 
 
 
354 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.3 
 
 
283 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  39.93 
 
 
354 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  40.23 
 
 
354 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
277 aa  190  2e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.316827  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  40.23 
 
 
354 aa  191  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  39.93 
 
 
354 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  39.93 
 
 
354 aa  190  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  39.93 
 
 
354 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
283 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0381143  normal  0.921004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  44.3 
 
 
283 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  40.3 
 
 
354 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  40.3 
 
 
354 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  40.15 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  40.15 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  39.93 
 
 
354 aa  188  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
279 aa  188  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  36.5 
 
 
356 aa  188  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  37.27 
 
 
363 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
451 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  39.93 
 
 
354 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  39.93 
 
 
354 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  43.29 
 
 
321 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16981  ABC transporter,membrane component, glycine betaine/proline family protein  43.24 
 
 
304 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.659645 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
283 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  43.86 
 
 
283 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  39.69 
 
 
276 aa  185  5e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
400 aa  186  5e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
383 aa  185  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
400 aa  185  7e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.712139 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.57 
 
 
287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.659983  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
409 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.584645  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>