More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2090 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2090  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 143 aa  297  4e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0211  transcriptional regulator, MerR family protein  50.37 
 
 		 148 aa  143  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1934  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 142 aa  137  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.210113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0271  MerR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 156 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00354  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  48.87 
 
 		 136 aa  132  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.784451  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00394  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  49.31 
 
 		 144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3788  MerR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 144 aa  128  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.318416  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3819  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0221891 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2256  MerR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 136 aa  101  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2675  MerR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 150 aa  98.2  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.995117  normal  0.398735 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1416  MerR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 175 aa  89  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.185788  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 141 aa  81.6  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  40.2 
 
 		 146 aa  79.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  36.67 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0420  transcriptional regulator, MerR family  34.58 
 
 		 255 aa  77.4  0.00000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  27.46 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  33.85 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 146 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  27.13 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  27.13 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  32.31 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  31.54 
 
 		 156 aa  72  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  30.99 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  33.57 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  33.08 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  31.54 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  32.06 
 
 		 129 aa  71.2  0.000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  32.06 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  33.59 
 
 		 143 aa  70.5  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3676  transcriptional regulator, MerR family  30.94 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.511555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  30.6 
 
 		 155 aa  69.7  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  32.06 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0115  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  30.3 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.889131  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  30.53 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  30.53 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  32.31 
 
 		 163 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3724  zinc-responsive transcriptional regulator  30.53 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299789  hitchhiker  0.00578388 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  30.53 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  30.53 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  30.53 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  32.06 
 
 		 144 aa  67  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 140 aa  67  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  32.06 
 
 		 141 aa  67  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  32.06 
 
 		 141 aa  67  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  30 
 
 		 153 aa  67  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  30.77 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  30.77 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  30.77 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  30.77 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  29.58 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  26.72 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2868  MerR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000311414  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  30.77 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  28.46 
 
 		 177 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0171  MerR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  32.58 
 
 		 173 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  33.58 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  29.41 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  29.41 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0800  MerR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.876996 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2322  MerR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0987  MerR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.758767  hitchhiker  0.000750648 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  29.46 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  29.1 
 
 		 144 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3156  MerR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 146 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215145  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4698  transcriptional regulator, MerR family  39.08 
 
 		 253 aa  62  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  26.87 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 173 aa  61.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2819  transcriptional regulator, MerR family protein  31.82 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  26.92 
 
 		 150 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4464  MerR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4295  MerR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4195  MerR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 136 aa  60.1  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  28.57 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  28.68 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  28.68 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>